Приказ о передаче храма стал одним из первых документов, подписанных на посту министра обороны Сергеем Шойгу. Церемонию передачи приурочили к празднику святителя Николая Чудотворца.
Божественную литургию в храме совершил его настоятель - председатель епархиального отдела по связям с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями протоиерей Александр Ганьжин.
Территория военной части, на которой расположен храм, до недавнего времени была секретным объектом. Теперь все желающие смогли пройти внутрь храма, который занимал тренировочный центр подводников. В алтаре все еще находятся бассейн, туалет и сауна.
После благодарственного молебна отец Александр вручил председателю попечительского совета храма, руководителю фонда «Северная столица» Михаилу Романову митрополичью награду - серебряную медаль святого апостола Петра.
«Служу России, Отечеству и Церкви. Постараюсь сделать все, чтобы храм с Божией помощью был восстановлен в кратчайшие сроки и предстал в первоначальном виде», - сказал благотворитель. Он сообщил, что в ближайших планах совета - строительство часовни и создание при храме первого в России духовного центра Вооруженных сил и правоохранительных учреждений.
Храм иконы Божией Матери «Милующей» в Гавани был построен по проекту выдающегося архитектора Василия Косякова в память коронования Императора Александра III, который передал на его возведение 25 тыс руб. Звонницу украшала большая золоченая корона. Часть денег на строительство внесли моряки Российского флота. Рядом располагалась первая в России база подводников. Главный алтарь храма был освящен в 1898 году епископом Ямбургским Вениамином и протоиереем Иоанном Кронштадтским.
Как напоминает сайт Минобороны РФ, в 1932 г. церковь была закрыта и передана в распоряжение Учебного отряда подводного плавания. По решению руководства Наркомата ВМФ СССР в здании церкви был оборудован уникальный для своего времени учебно-тренажерный комплекс, предназначенный для подготовки экипажей подводных лодок и военных водолазов, что спасло храм от полного разрушения. В нем, в частности, тренировался отец нынешнего Президента России Владимир Спиридонович Путин.
В 2006 г. храм был вновь открыт для посещения верующими, настоятелем стал председатель отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами Санкт-Петербургской епархии протоиерей Александр Ганьжин.