Стремясь опереться на церковный авторитет, в 1565 году Иван Грозный предложил ему занять пост митрополита. Филипп соглашался при условии отмены царем опричнины. Иван Грозный сумел уговорить Филиппа, чтобы тот не вмешивался в государственные дела, но зато получил право "советования" с государем, включавшее возможность "печалования" за опальных.
В первое время святительства Филиппа (1567-1568 гг.) утихли ужасы опричнины, но так было недолго. Вскоре опять начались грабежи и убийства мирных граждан, Русь пришла в великое неустройство. Митрополит несколько раз в уединенных беседах с царем старался вразумить его, но, видя, что убеждения помогают, решился действовать открыто, призвав Грозного к милосердию публично.
В марте перед Великим постом, в неделю Крестопоклонную, царь в черной одежде опричника пришел к литургии в Успенский собор и просил митрополита Филиппа благословить его. Тот отказался, осудив самозванное иночество Грозного. Задыхаясь от гнева, вышел Грозный из собора.
В ноябре 1568 года послушные царю иерархи на церковном Соборе признали Филиппа виновным в колдовстве и чародействе, что не соответствовало действительности. Через три дня на литургию в Успенский собор Кремля ворвались опричники, содрали с Филиппа ризы и с позором потащили вон из храма, посадили на повозку и повезли за пределы города. Иные же ругались над ним и метлами били. А народ московский, забыв о страхе, с плачем бежали за ним.
Митрополит был заточен в Богоявленский монастырь, а потом свезен в Тверской Отрочь монастырь. Здесь, по приказу Ивана Грозного, 3 декабря 1569 года он был задушен главой опричников Малютой Скуратовым. Нетленные его мощи были погребены в Соловецком монастыре, а потом, усердием царя Алексея Михайловича, перевезены в Москву и положены в Успенском соборе Кремля. В 1648 году он был причислен к лику святых.
http://www.patriarchia.ru/db/text/186899.html