В 1993 году боснийские мусульмане оказались втянутыми в войну с хорватами Херцег-Босны — автономного образования, созданного хорватами Боснии и Герцеговины при военной, политической и финансовой поддержке Хорватии. Сама инициатива начала войны принадлежала, судя по всему, официальному Загребу. Это подтверждают и переговоры между Милошевичем и Туджманом в марте 1991 года в Воеводине, в поселке Караджорджево, в бывшей резиденции Иосипа Броза Тито, которую он «национализировал» у королевской династии Караджорджевичей, о которых упорно твердилось, пусть и неофициально, как об источнике планов раздела Боснии и Герцеговины между сербской и хорватской сторонами.
Впоследствии это было подтверждено как югославскими политиками и военными, в частности министром внутренних дел Хорватии Иосипом Больковцем, так и иностранными дипломатами, в том числе перед международным трибуналом в Гааге. Слободан Милошевич достаточно твёрдо держался достигнутого им договора с Франьо Туджманом. При этом надо понимать, что главным противником для президента Хорватии Франьо Туджмана было командование ЮНА во главе с министром обороны генералом Велько Кадиевичем и начальником генерального штаба генералом Благое Аджичем, а вовсе не республиканское руководство Сербии во главе со Слободаном Милошевичем.
В данном случае нет смысла во всем винить Милошевича, ибо он, будучи реалистом, прекрасно понимал, что в своей массе в Белграде народ совершенно не готов к войне до победного конца, ибо в этом случае Милошевич хорошо знал, с кем он имеет дело в мировой политике, в отличие от оппозиционных ему политиков в Белграде. Вероятно, определенные предположения имелись и в Генеральном штабе ЮНА, т.к. еще 22 октября 1991 года Велько Кадиевич на расширенном заседании президиума СФРЮ сделал доклад, в котором предупреждал о «готовящемся страшном кровопролитии» в случае осуществления Европейским сообществом выдвинутых идей на международной конференции в Гааге 18 октября 1991 года. Тогда же Кадиевич предложил провести мобилизацию в той части Югославии, где ЮНА пользовалась поддержкой. Однако, как пишет сам Кадиевич в своей книге "Контрудар", Слободан Милошевич и член Президиума СФРЮ Борисав Йович на словах приняли его предложение, а на деле отказались проводить мобилизацию. Тогда 7 ноября Кадиевич опять потребовал проведения этих мер, пригрозив, в противном случае, своей отставкой. Однако Милошевичу к этому времени мобилизация не была нужна, ибо поставленные цели были осуществлены и Велько Кадиевич уже не был ему нужен. Последний писал в своих мемуарах о том, что Милошевич несколько раз предлагал ему с началом столкновений в 1991 году вывести ЮНА со «всех территорий, где ей стреляют в спину» и когда это «де-факто» произошло, то Милошевичу не было никакого смысла что-либо менять, тем более что к этому времени — к началу 1992 года — сербы контролировали в Хорватии около 26% ее территории.
Оставшись без поддержки Сербии, командование ЮНА 23 ноября в лице генерала Велько Кадиевича и хорватское руководство в лице президента Туджмана подписали соглашение о прекращении огня, а этот договор был верифицирован в Сараево 2 января 1992 года. Слободан Милошевич и Франьо Туджман не имели между собой ключевых противоречий и, избавившись от ЮНА, с распадом СФРЮ они могли посвятить свое время осуществлению планов по разделу Боснии и Герцеговины. В данном случае они рассчитывали на определенное понимание в «международном сообществе», и потому уже 30 января 1992 года официальные Белград и Загреб подписали миротворческий план ООН, сочиненный под руководством бывшего государственного секретаря США Сайруса Вэнса, поэтому и получивший название «план Вэнса», тогда как миротворческие войска ООН в бывшей Югославии, введенные на ее территорию резолюцией 743 Совета Безопасности ООН, должны были быть гарантией выполнения соглашения.
Сама война подготавливалась официальным Загребом еще в 1991 году, когда в Президиуме Боснии и Герцеговины находилось два хорвата, представители партии хорватов Боснии и Герцеговины — ХДЗ (HDZ-Hrvatska Demokratska zajednica-Хорватское Демократическое Обьединение): Степан Клюич, представлявший либеральное направление, и Франьо Борес, представлявший направление националистическое. Так как Туджман поддерживал только националистов, то, в отличие от Бореса, Степан Клюич остался в Сараево и тем самым примкнул к лидеру СДА (SDA Stranka demokratske Akcije — Партией Демократической Акции) Алии Изетбетовичу.
Президент Хорватии Франьо Туджман тогда открыто говорил о том, что национальные цели как Хорватии, так и Сербии надо удовлетворить за счёт Боснии и Герцеговины, оставив мусульманам небольшой район в центре Боснии как своего рода буфер между Сербией и Хорватией. После подписанного в январе 1991 года соглашения с командованием ЮНА (Югославской Народной Армии-JNA Jugoslovenska Narodna Armija) руководство Хорватии начало осуществлять план по созданию на территории Боснии и Герцеговины подчиненных Загребу хорватских автономий.
На двух встречах 13 и 20 июня 1992 года Франьо Туджмана с руководством Герцеговинской и Травнической хорватских автономий он договорился с ними о создании Херцег-Босны — территориального образования хорватов Боснии и Герцеговины. 18 ноября в городке Груды хорваты провозгласили т.н. ХЗХБ (Hrvatska Zajednica Herceg Bosne — Хорватское Объединение Херцег-Босна). Во главе ее встал Матэ Бобан, чей штаб находился в Мостаре, а заместителем Матэ Бобана стал Дарио Кардич, имевший свой собственный штаб в Новом Травнике. При этом Матэ Бобан и Радован Караджич встречались еще до войны в Граце (Австрия) и обсуждали вопросы будущего устройства Боснии и Герцеговины.
Главным конкурентом ХДЗ Матэ Бобана в Герцеговине была ХСП (Hrvatska stranka prava — Хорватская партия права) и созданные ею с помощью хорватской эмиграции силы ХОС (Hrvatske odbrambeni snage — Хорватские оборонительные силы), среди которых было много добровольцев из хорватской эмиграции, а также иностранных добровольцев.
Изначально ХОС были созданы 25 июня 1991 года в Хорватии Добросавом Парагой — лидером националистической Хорватской партии права (Hvatska stranka prava), возникшей в Хорватии. Они имели в 1991–1992 годах статус самостоятельного рода войск и подчинялись Главному командованию ЗНГ (созданному в Хорватии ополчению), а затем и Хорватской армии в Хорватии. Со временем их численность и подготовка выросли благодаря помощи из эмиграции, и Добросав Парага в Хорватии в 1991 году имел под командованием в ХОСе 15 тысяч человек. Рост сил ХОСа не мог не вызвать недовольства правящей в Хорватии партии — ХДЗ, по чьим указаниям на командиров ХОС и функционеров ХСП было организовано несколько вооруженных нападений, в ходе которых погиб и командующий ХОСом Антэ Параджик, который участвовал в антикоммунистической деятельности еще с событий 1971 года в Загребе.
В 1991 году, после попадания в сербские руки Вуковара, сам Парага был арестован вместе с командующим обороной Вуковара Милэ Дедаковичем по обвинению в сотрудничестве с Военной безопасностью ЮНА. На суде он был оправдан, однако за это время Антэ Джапич, герцеговинский хорват, ставший исполняющим обязанности командующего ХОСом в Хорватии, под влиянием президента Хорватии Франьо Туджмана осуществил раскол в партии ХСП, и решением суда в Загребе в 1993 году он получил право быть главой Хорватской партии права. Аналогичную судьбу ХОС имел и в соседней Боснии и Герцеговине.
Командующий силами ХОСа в Боснии и Герцеговине был генерал Блажо Кралевич, и он командовал воинской организацией, насчитывавшей около 5 тысяч военнослужащих, разделенных на отдельные батальоны и роты. Штаб ХОСа находился в городе Любушки и имел в подчинении лагеря для пленных сербов в Чаплине и в Мостаре. При этом около трети его личного состава были мусульманами, и потому он был против командиров из мусульман. Блажо Кральевич до войны жил в Австралии, где активно участвовал в деятельности хорватской антикоммунистической («усташской») эмиграции. Как раз усташская эмиграция и создала ХОС и тем самым вступила в конфликт с номенклатурным руководством в Загребе во главе с Франьо Туджманом, создавшим ХВО (Хорватское вече обороны — HVO-Hrvatsko Veče Odbrane) Боснии и Герцеговины — вооруженные силы Херцег Босны.
Силы ХОСа сыграли важную роль в захвате Столаца летом 1992 года и в успешном хорватском наступлении на сербское Требинье. В ходе этой операции Матэ Бобан вызвал генерала Кралевича на встречу в Мостар. После возвращения с этой встречи генерал и восемь человек из его штаба были убиты в засаде, устроенной группой ХВО 9 августа 1992 года под Крушево. После этого было начато разоружение ХОСа, а 23 августа было подписано соглашение о вхождении подразделений ХОСа в ХВО. Силы ХОСа были включены в состав ХВО Херцег-Босны, хотя многие подразделения ХОСа из мусульман вошли в состав армии Боснии и Герцеговины, а в Центральной Боснии силы ХОСа под командованием Младена Холмана вошли лишь в апреле 1993 года в состав ХВО.
К концу 1992 года штабу ХВО (начальник — бригадир Миливой Петкович) подчинялись отдельные роты и батальоны военной полиции. Также в ХВО входили подразделения специального назначения "Антэ Бруно Бушич (Ante Bruno Busic)" и "Людвиг Павлович (Ludvig Pavlovic)", которые подчинялись напрямую министру обороны Херцег-Босны Бруно Стоичу, и одна «антитеррористическая группа» Младена Налетича — "Туты", а также управление спецслужбы СИС. Сами силы ХВО были разделены на бригады, подчиненные штабам т.н. оперативных зон. Существовали Оперативная зона «Северо-Западная Герцеговина» (штаб в городе Томиславград, командующий Желько Шилег), Оперативная зона «Юго-Восточная Герцеговина» (штаб в городе Широки Брег, командующий Миленко Ласич), Оперативная зона «Средняя Босния» (штаб в городе Витез, командующий Тихомир Блашкич) и Оперативная зона «Посавина» (штаб в городе Орашье, командующий Джуро Матузович). Бригады ХВО представляли собою легкопехотные (партизанские) бригады формации «Р»(“R”) — резервные, согласно классификации ЮНА, и насчитывали от тысячи с лишним до почти 3 тысяч военнослужащих. В этих зонах число хорватов к концу 1992 года значительно увеличилось после разгрома сербами объединенных хорватских и мусульманских сил в Боснийской Краине летом 1992 года. Тогда большое число хорватских бойцов ХВО с семьями бежало на территорию, оставшуюся под контролем ХВО в «Средней» Боснии.
Так как заместителем командующего Оперативной зоны «Северо-Западная Герцеговина» был «усташский» эмигрант из Канады Никола Гласнович, организовавший набор добровольцев и наемников в Германии и Великобритании, то в составе сил ХВО было большое число иностранных добровольцев из Западной Европы и Северной Америки, в первую очередь в бригаде ХВО "Краль Томислав", дислоцированной в Томиславграде, а также существовали отдельные добровольческие отряды, включавшие и иностранных добровольцев, как, например, "Альфа" в Витезе или "Твыртко-2" в долине Лашвы.
Западные добровольцы, прежде всего британские, немецкие, канадские, американские и голландские в составе бригады ХВО "Краль Томислав", сыграли важную роль в хорватско-мусульманской войне, и, как известно, до трех десятков этих добровольцев погибло.
В феврале 1993 года, согласно данным комиссии ЕС по мониторингу, ХВО имела около 45–55 тысяч военнослужащих, и такие же приблизительно цифры указывают и издания за 1992–1993 годы справочника Military Balance.
Согласно данным самого штаба ХВО, в феврале 1993 года в оперативной зоне «Юго-Восточная Герцеговина» насчитывалось 6000 военнослужащих, в оперативной зоне «Северо-Западная Герцеговина» — 8700, в оперативной зоне «Средняя Босния» — 8750 и в остальных регионах насчитывалось еще 10630 военнослужащих ХВО. Вместе с тем куда более важную роль играло то, что целые части армии и полиции Хорватии действовали на территории Херцег-Босны, но, естественно, о военнослужащих армии и полиции Хорватии штаб ХВО никогда не сообщал. С конца 1992 года отношения между хорватами и мусульманами стали обостряться на всей территории Боснии и Герцеговины. Происходили столкновения в населенных пунктах со смешанным национальным составом, устанавливались посты на въездах и выездах из «неприятельских» районов. Мусульмане, недовольные привилегированным положением хорватов, наживавшихся, по их мнению, на конвоях, направленных мусульманам арабскими странами, сами стали грабить конвои хорватов, шедших в хорватские районы в Центральной и Средней Боснии. Всё же следует быть объективными, ибо ведущую роль в начинавшейся войне сыграл официальный Загреб, и верхушка ХДЗ, с одобрения Загреба, шла на разрыв союза с мусульманами.
Это понимали и в Сараево, и тогда член тогдашнего Президиума Боснии и Герцеговины, оставшийся в Сараево хорват по национальности Миле Акмаджич заявил газете "Борба" в номере от 26 января 1993 года, что «государство Босния и Герцеговина находится в клинической смерти». Именно из Загреба поступил приказ руководителю Херцег-Босны Матэ Бобану начать военные операции против мусульман, вопреки протестам ряда местных хорватских политиков. Хорватские политики протестовали не случайно, так как положение многих хорватских районов в Средней и особенно Центральной Боснии было критическим.
Хотя между хорватами и мусульманами столкновения происходили в 1992 году в Мостаре и Киселяке, но настоящая война между ними началась в Прозоре, небольшом городке в Средней Боснии, находившемся под хорватской властью. Мусульмане, в большом количестве его населявшие, находились, в лице своих политических представителей (СДА), в союзе с главной хорватской политической партией ХДЗ. Как следствие, ХДЗ не допустил создания больших вооруженных отрядов "Патриотской лиги", создаваемых по инициативе руководства боснийских мусульман. Поэтому под предлогом единства борьбы с сербами все деньги, собираемые с населения — как с хорватского, так и мусульманского, — направлялись для вооружения ХВО. Силы местной Территориальной Обороны, бывшей ранее организованным резервом Югославской Народной Армии, были слабы и находились под командованием офицеров, как мусульман, так и хорватов, не способных между собой договориться.
Силы ХВО 27 и 28 августа 1992 года совершили нападения на силы мусульман в Прозоре в целях их устрашения. Затем в октябре (16–17) произошли обстрелы штаба ТО якобы сербами, хотя быстро выяснилось, что это сделали силы ХВО. Так как во второй половине 1992 года произошло качественное улучшение вооруженных сил боснийских мусульман путем создания Армии Боснии и Герцеговины, то командование ХВО стало опасаться потери своего влияния в Прозоре.
20 октября 1992 года силы мусульман в деревне Ахмичи в долине реки Лашва отказались пропускать через свой пост подразделение ХВО, и в бою один мусульманин был убит, а семеро ранены, но после вмешательства сил UNPROFOR движение по дороге было восстановлено. 23 октября силами ХВО в Прозоре начался обстрел всех тех объектов, которые служили политическими и военными центрами мусульман, а на следующий день две бригады ХВО ("Рама" и "Краль Томислав"), вместе со «специальным» отрядом из Мостара "Казнена бойна", вошли в Прозор. Общее руководство операцией осуществлял генерал ХВО Слободан Праляк (бывший драматург), и ХВО, достаточно легко преодолев сопротивление мусульман, взял весь город под свою власть, арестовав 2000 мусульман, а остальное мусульманское население покинуло город вместе с подразделениями Армии Боснии и Герцеговины и местной ТО и ушло в село Хера, а остуда они отступили в город Горни Вакуф
В городе Горнем Вакуфе, соседнем Прозору, до января 1993 года население составляло 10 тысяч хорватов и 14 тысяч мусульман, причем села в основном были мусульманские. 10 января главная дорога на Новый Травник была блокирована мусульманами, а 13 января 1993 года командующий оперативной зоной ХВО «Северо-Западная Герцеговина» Желько Шилег поставил ультиматум силам Армии Боснии и Герцеговины, оборонявшим Горни Вакуф, чтобы те перешли под командование ХВО. После отказа от такого рода капитуляции, 13 января начались бои между ХВО Херцег-Босны (бригады ХВО "Антэ Старчевич (Ante Starcevic)", усиленной подразделением военной полиции ХВО и подразделением специального назначения "Бруно Бушич (Bruno Busic)") и силами армии Боснии и Герцеговины (305-й и 317-й бригад армии Боснии и Герцеговины), причем бои велись в самом городе, а также в соседних селах — Узричье, Храснице и Душа. Мусульманам, однако, удалось выстоять, и они в полуокружении продержались до подписанного в феврале 1993 года перемирия в этом районе.
В тот период мусульманское руководство было не в состоянии вести войну на два фронта — и против сербов, и против хорватов, — и потому решило сохранить с хорватами мир. Последние, как ни странно, не стали продолжать боевые действия, хотя на встречах с руководством РС с их стороны звучали заявления, что «с исламской державой покончено». Мусульмане же так не считали, и пока хорваты занимались бизнесом, беря большие проценты за проезд через свою территорию конвоев с оружием для мусульман, у последних в тяжелых боях с сербскими войсками росли опыт и численность созданных ими сил специального назначения. Эти отряды научились воевать в пехотных порядках, против превосходящих сил артиллерии и танков противника.
Поведение же хорватской верхушки (а руководство Херцег-Босны было полностью подчинено Загребу), по мнению хорватских политиков из Центральной и «Средней» Боснии, было ущербно для интересов тамошних хорватов, и вместо того, чтобы в октябре развернуть наступление на мусульман, оно отложило наступление до весны 1993 года. Мусульманские силы к тому времени обладали большим опытом и большим боевым духом, нежели силы ХВО, и число убитых (3500) и изгнанных (128000) хорватов в Средней и Центральной Боснии в войне с мусульманами подтверждает правоту этих политиков. Хорваты Посавины (с центром в Орашье) — региона, граничившего с Хорватией на севере Боснии, также не видели смысла в войне против мусульман, с которыми они были союзниками в ходе боевых действий весны-осени 1992 года в регионах Посавины и Боснийской Краины.
Единственные, кто поддерживал полностью Загреб в решении начать войну против мусульман, были хорваты Герцеговины. Они, в силу кланового характера своего общества, как и достаточно высокой агрессивности, получили большое влияние в правящей в Хорватии партии Франьо Туджмана ХДЗ, и поэтому именно они правили Херцег-Босной. Однако, несмотря на то что главной движущей силой в этой войне были хорваты — «герцеговцы», началась она в Средней Боснии, прежде всего в долине реки Лашвы, и в ней больше всего пострадали именно местные хорваты.
