В результате, как пишет летописец, "была между боярами брань великая и слово недоброе". Войска Василия были наголову разбиты отрядами его дяди Юрия, который вскоре захватил Великокняжеский престол, а племянника своего Великого Князя Василия отправил княжить в Коломну. Но будучи изгнанным из Москвы, Василий вскоре собрал вокруг себя всю московскую знать не желавшую находиться под Галицким князем Юрием и последний был вынужден уступить ему - Василий II снова вернулся в Москву.
Однако сыновья князя Юрия - Василий Косой и Дмитрий Шемяка - не смирились и начали войну с Великим Князем Василием. Успех переходил из рук в руки, Василия II не раз изгоняли из Москвы и даже ослепили (за что он и получил прозвище Темный). Война эта осложнялась еще и вмешательством казанских татар. В июле 1445 г. татары разбили около Суздаля русские войска, и раненый Василий II Васильевич был взят в плен.
Но, в конце концов, он победил и передал Престол своему сыну Ивану, объединившему Русь и свергшему монголо-татарское иго. Твердости сего Великого Князя мы обязаны решительным отвержением унии с Римом. Последний московский митрополит из греков Исидор в 1439 г. подписал Флорентийскую унию, после чего получил от Папы сан кардинала. В 1441 г. он торжественно въехал в Москву, провозгласил акт унии и стал поминать за Божественной Литургией Папу Римского, после чего Василий Васильевич объявил его еретиком и арестовал. Исидор, правда, из-под ареста бежал в Рим, но с того времени Москва стала выбирать себе митрополитов на собрании русских епископов. Кроме того, Великий Князь Василий II в 1450-е гг. значительно ограничил политическую самостоятельность Новгорода, Пскова, Рязани, чем способствовал укреплению единого Русского государства.
В 1462 г. Василий тяжело заболел и 27 марта, в субботу, на четвертой неделе Великого поста, скончался. Погребен Великий Князь в Москве в Архангельском соборе.