В России в XVI-XVIII века анафеме предавались не только извратители веры и враги Церкви, но и государственные преступники; анафематствование часто влекло за собой смертную казнь. В 1766 году Святейший Синод Русской Церкви одобрил новую редакцию "Последования в неделю Православия", обязательную для всех епархий; чин стал совершаться только епархиальным архиереями в кафедральных соборах. В 1801 году чин анафематствования был сокращён: в нём перечислялись теперь только сами ереси, без упоминания имён еретиков. Согласно определению Синода в 1902 году, во всех сельских и городских храмах (не кафедральных соборах) стало совершаться "Последование молебнаго пения об обращении заблудших, певаемаго в неделю Православия и во иных случаях" - без анафематизмов. В современной церковной практике в России, начиная с 1919 года, анафематствования, как правило, опускаются.
В Определении Архиерейского собора 1994 года Русская Православная Церковь впервые использовала формулировку "сами себя отлучившие" в отношении последователей языческих, теософских, оккультных сект и новых религиозных движений. Однозначного мнения как расценивать данное Определение не существует. Одни богословы утверждают, что это была анафема, другие - что анафемы не было, а было простое выражение неприятия данного учения Церковью.
Известный петербургский священник, настоятель Леушинского подворья протоиерей Геннадий Беловолов в комментарии "Русской линии" отметил, что по уставу Церкви анафематствование читается только на архиерейских службах. "Приходской священник не может совершать этот чин чисто практически. Это архиерейская и патриаршая прерогатива. Анафематствование - достаточно строгая мера наказания и оценки какого-то явления, личности, идеи. Эта мера является выражением соборного мнения всей Церкви. В этом смысле естественно, что этот чин совершался всегда архиереями, которые выражают полноту церковного бытия", - сказал отец Геннадий.
"Если бы право выносить решение об анафеме получил бы каждый батюшка, то мы бы имели ситуацию "кто в лес, кто по дрова". Известно, что среди наших священников все-таки существует определенное разномыслие. В результате, одни бы анафематствовали демократию, другие бы анафематствовали монархию, и мы бы имели внутри Церкви некое подобие гражданской войны", - заметил священник.
Объясняя смысл анафемы как суровой оценки и меры наказания, отец Геннадий подчеркнул, что для Православия никогда не являлось самоцелью кого-то отлучить от Церкви и предать анафеме. "Цель Церкви - душепопечение и душеспасение, - пояснил он. - Анафематствование всегда употреблялось, с одной стороны, для спасения непосредственно отлучившихся от Церкви, с другой - для вразумления последователей того или иного учения или ересиарха. Если анафематствование этой цели не достигает, то, конечно, нет смысла его и употреблять. Если сейчас предать анафеме каких-то экстрасенсов или каких-то противников Церкви, то вряд ли это достигнет цели. Они просто не станут прислушиваться к Ее мнению". "Достигает ли это цели спасения души человеческой - вот единственное, из чего должна исходить Церковь, провозглашая кому-либо анафему", - заключил протоиерей Геннадий Беловолов.