В отличие от Юбилейного Собора 2000 года, на котором были приняты важнейшие документы ("Основы социальной концепции РПЦ", "Основные принципы отношения к инославию" и "Устав РПЦ"), определившие стратегию Церкви на многие годы, нынешний был более ориентирован на решение актуальных задач. В частности, он единодушно одобрил курс на сближение с Русской Православной Церковью Заграницей (РПЦЗ), принял положение о создании Церковного суда и высказался о возможности конструктивного диалога с Римско-Католической Церковью.
Террористическая атака, обрушившаяся на Россию и повлекшая за собой некоторые изменения в политической системе государства, внесла свои коррективы и в работу Собора. В докладе на пленарном заседании Алексий II призвал общество и государство выработать идеологию, которая "помогла бы дать адекватный ответ человеконенавистническому мировоззрению терроризма". Очевидно, такая идеология должна быть основана на духовных ценностях христианства.
Участники Собора придали исключительно важное значение итоговому заявлению о противодействии экстремизму и терроризму. Таким образом, РПЦ вновь заявила о своих претензиях на формирование государственной идеологии и роль "духовной и нравственной опоры" нации.
Одной из важнейших тем Собора стало обсуждение путей сближения РПЦ и РПЦЗ. Ожидалось, что после официального визита в Россию в мае этого года Митрополита Лавра (Шкурлы), главы РПЦЗ, именно этот Собор должен восстановить общение в молитве и евхаристии (причастии) между двумя Церквами. Тем более что в сентябре на совместной встрече в Мюнхене представителей РПЦ и РПЦЗ были согласованы позиции почти по всем спорным вопросам. Однако на нынешнем Соборе никаких значимых решений по вопросу воссоединения двух ветвей русского православия принято не было.
По-видимому, церковные комиссии, занимающиеся вопросами двухстороннего диалога, не смогли до конца разобраться во всех существующих противоречиях, без разрешения которых воссоединение Церквей едва ли возможно. Прежде всего это касается неопределенности статуса приходов РПЦЗ на канонической территории РПЦ, положения клириков, запрещенных в служении Московской Патриархией, но принятых в РПЦЗ, а также отношений РПЦЗ с не признанными РПЦ старостильными православными Церквами в Греции, Румынии и Болгарии.
На пресс-конференции, посвященной итогам Собора, председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев) сообщил, что Синоду РПЦ поручено "совершить каноническое деяние по восстановлению единства РПЦ". Он также выразил надежду, что "этот вопрос будет решен к следующему Архиерейскому Собору 2008 года", в котором примут участие и представители РПЦЗ. Возможно, проблемы, которые стоят перед двумя Церквами, будут решены и в более короткий срок. Тема сближения с Московским Патриархатом будет одной из центральных и на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ, которое состоится 26 октября.
Митрополит Кирилл также заявил, что наметился прогресс и в отношениях между Русской Православной и Римско-Католической Церквами, чему способствовало признание Ватиканом существующих проблем, прежде всего католического прозелитизма на канонической территории РПЦ. Это признание, по мнению митрополита Кирилла, открывает новые возможности для ведения дальнейшего диалога.
Собор также уделил внимание и вопросам внутренней церковной жизни, приняв "Временное положение об учреждении Церковного суда". Впервые о необходимости создания такого положения в Церкви заговорили еще в 1988 году, а более года назад Историко-правовая комиссия РПЦ под руководством протоиерея Владислава Цыпина приступила к его разработке. Правда, не совсем понятно, почему церковной комиссии в течение довольно длительного срока по силам было выработать только временное положение о суде.
На этой же пресс-конференции управляющий делами Московской Патриархии митрополит Калужский и Боровский Климент (Капалин) дал некоторые разъяснения по соборным решениям о Церковном суде. Вся судебная власть в епархиях будет принадлежать правящим архиереям, поэтому епархиальный суд не будет принимать решений, а только "организовывать разбирательство" и предоставлять материалы епископу.
Институт Церковного суда в течение двух лет будет проходить апробацию в разных епархиях. По мнению экспертов, положение нынешнего Собора о суде носит исключительно компромиссный характер, потому что новая структура на данном этапе не является органом правосудия внутри Церкви.
Принципиально важным документом, озвученным на Соборе, стало заявление о необходимости разработки целостной концепции межрелигиозных отношений: "Синоду поручается создать рабочую группу для составления концептуального документа, излагающего позицию Русской Православной Церкви в сфере межрелигиозных отношений". Это заявление, имеющее явно политическую направленность и, несомненно, обращенное к государству, в перспективе должно вызвать интерес и других религиозных организаций.
Участники Собора обратились со специальным посланием к президенту Российской Федерации. В нем, в частности, говорилось: "Церковь на протяжении многих веков была основой российской государственности, и мы уверены, что и в будущем ее роль в жизни общества будет так же важна". Перед террористической угрозой "должны исчезнуть искусственные барьеры между Церковью, обществом и светской властью, которые достались нам в наследство от тоталитарного прошлого".
Кульминацией Собора стало приглашение архиереев в Кремль на встречу с президентом. А обращение к ним Владимира Путина можно расценивать как реакцию власти на пожелания Церкви.
В ответ на предложения Архиерейского Собора, "которые могли бы послужить развитию церковно-государственного партнерства", Путин заявил: "Государство высоко ценит историческую роль Русской Православной Церкви. И сегодня мы рассчитываем на ваше содействие в деле распространения гуманизма и укрепления общероссийского единства. Со своей стороны, государство также будет оказывать необходимое содействие деятельности религиозных объединений". Это заявление, безусловно, свидетельствует о том, что сотрудничество Церкви и государства, которое в трудный час всегда рассчитывало на поддержку всех общественных институтов, в дальнейшем будет развиваться.
Московский Патриархат чувствует, что становится востребованным государством. Поэтому, получив в безвозмездное пользование землю и надеясь на реституцию церковной собственности, РПЦ считает себя обязанной содействовать власти во всех ее начинаниях.
После трагических событий в Беслане, обострения ситуации на Северном Кавказе, а также непопулярных политических мер власть пытается опереться на все общественные институты, сохраняющие лояльность по отношению к Кремлю.