Преподобный Агапит родился в Каппадокии в царствование императоров Диоклетиана и Максимиана. Родители его были христианами. Еще в молодых годах он принял иночество и поступил в один из монастырей своей родины, где подвизалось более тысячи иноков.
Научившись от них добрым иноческим навыкам, преподобный вскоре стал искусным исполнителем заповедей Господних. Он так ревностно подвизался в посте, бодрствовании и молитве, что у всех вызывал удивление и за свои строгие подвиги пользовался в обители всеобщей любовью. Он носил одежду из древесной коры, питался нередко в течение восьмидесяти дней золою вместо хлеба, отказывался от сна и, почитая и называя всех иноков обители своими господами, старался быть полезным им разными монастырскими услугами.
За такие подвиги Господь сподобил преподобного благодати чудотворения. Молитвою он однажды умертвил змея, а потом исцелил одну девицу, которая страдала от тяжкого недуга.