В 1873 году Николай пришел в Оптину пустынь, неся в котомке за спиной одно лишь Евангелие. Здесь его принял преподобный старец Амвросий. О чем была их беседа, преподобный Нектарий никому не открывал, но после нее навсегда остался в скиту. Стал он духовным сыном преподобного Анатолия (Зерцалова), а на совет ходил к преподобному старцу Амвросию.
У преподобного Нектария была келия, выходившая дверью в церковь, в ней он прожил двадцать лет, не разговаривая ни с кем из монахов. Сам он в последствии любил повторять, что для монаха есть только два выхода из келии - в храм и в могилу. Под руководством своих великих наставников преподобный Нектарий быстро возрастал духовно. 14 марта 1887 года он был пострижен в мантию, а 19 января 1894 года был посвящен в иеродиакона, и еще через четыре года был рукоположен Калужским архиереем в иеромонаха.
Уже в эти годы он исцелял больных, обладал даром прозорливости, чудотворения и рассуждения. Но по своему смирению эти высокие духовные дарования он скрывал под внешним юродством.
В 1912 году оптинская братия избрала его в старцы. Но преподобный Нектарий отказывался, говоря: "Нет, отцы и братия! Я скудоумен и такой тяготы понести не могу". И только по послушанию он согласился принять на себя старчество. Принимал преподобный старец Нектарий посетителей в "хибарке" прежних старцев. Для каждого человека у старца был свой подход, порой он оставлял посетителя одного в тишине "хибарки" побыть наедине со своими мыслями, иногда долго и оживленно беседовал, удивляя собеседника своими познаниями. "Вся наша образованность от Писания", - говорил о себе старец.
После закрытия монастыря в 1923 году преподобного Нектария арестовали. По выходе из тюрьмы старец жил в селе Холмищи у одного крестьянина, но и туда, невзирая на трудности, добирались духовные чада в поисках утешения и совета. Старец Нектарий, будучи провидцем, предсказывал в 1917 году: "Россия воспрянет и будет материально не богата, но духом будет богата, и в Оптиной будет еще семь светильников, семь столпов".
Скончался преподобный Нектарий в глубокой старости 29 апреля 1928 года и был похоронен на местном кладбище. После возрождения Оптиной пустыни, 3 июля 1989 года, в день памяти митрополита Московского Филиппа, состоялось обретение мощей преподобного Нектария. Когда торжественная процессия двигалась по обители, от мощей исходило чудное благоухание: мантия старца оказалась нетленной, мощи были янтарного цвета. В настоящее время рака с мощами старца Нектария находится в западной части Амвросиевского придела Введенского собора обители.
29 апреля 1881 г. был опубликован Манифест Императора Александра III о незыблимости Самодержавия. В нем, в частности, говорилось: "... Посреди великой Нашей скорби глас Божий повелевает Нам стать бодро на дело Правления в уповании на Божественный Промысел, с верою в силу и истину Самодержавной власти, которую Мы призваны утверждать и охранять для блага народного от всяких на нее поползновений.
Да ободрятся же пораженные смущением и ужасом сердца верных наших подданных, всегда любящих Отечество и всегда преданных из рода в род Наследственной Царской власти. Под сению ее в неразрывном с Нею союзе земля наша переживала не раз великие смуты и приходила в силу и славу посреди тяжких испытаний и бедствий, с верою в Бога, устрояющего судьбы ее.
Посвящая себя великому Нашему служению, Мы призываем всех верных подданных Наших служить Нам и Государству верой и правдой, к искоренению гнусной крамолы, позорящей землю Русскую, - к утверждению веры и нравственности, - к доброму воспитанию детей, - к истреблению неправды и хищения, - к водворению порядка и правды в действии учреждений, дарованных России Благодетелем ея, возлюбленным Нашим Родителем".
Составителем Манифеста был видный государственный деятель эпохи К.П.Победоносцев (день памяти 23 марта). Манифестом был взят курс на укрепление Самодержавия, в отставку были отправлены сановники, разрабатывавшие планы по ограничению власти Царя и внедрению конституции.