Что касается России, то Комиссия США сочла особенно недопустимым появление "нового органа при Министерстве юстиции с беспрецедентными полномочиями по контролю и мониторингу религиозных групп". Речь идет об Экспертном совете по проведению государственной религиоведческой экспертизы при Минюсте России, созданном в начале этого года приказом N 53 от 18.02.2009 г. Как известно, создание данного совета, назначенный состав его членов и избранный руководитель вызвали негативную реакцию в религиозной, научной и экспертной среде России, а также бурную дискуссию в СМИ. Комиссия США по международной религиозной свободе также осудила "увеличение нарушений религиозной свободы со стороны государственных должностных лиц Российской Федерации, в частности, в отношении так называемых "нетрадиционных" религиозных групп и мусульман".
Список "стран, представляющих особое беспокойство", который ведет Комиссия США по международной религиозной свободе, представляет собой перечисление стран, в которых, по мнению членов Комиссии, ущемляется право граждан на свободу вероисповедания или на свободу не исповедовать какую-либо религию. Причиной этого могут быть гонения правительства на религиозные группы, ущемление религиозных свобод, нежелание властей остановить столкновения на религиозной почве и т. д. Этот список предоставляется Конгрессу США с рекомендациями, относительно каких стран можно рассматривать необходимость введения государственных санкций для влияния на них с целью изменения государственной политики в этой сфере. Окончательное решение о применении таких санкций принимает Госдепартамент США.