Наступило тяжелое время. В 1238 году татары опустошили Рязань, Суздаль, Владимир. В 1239 году они двинулись на Южную Россию, опустошили левобережье Днепра, земли черниговские и переяславские. Осенью 1240 года монголы подступили к Киеву. Ханские послы предложили Киеву добровольно покориться, но благоверный князь не стал вести с ними переговоры. Князь Михаил срочно уехал в Венгрию, чтобы побудить венгерского короля Бела совместными силами организовать отпор общему врагу. Пытался святой Михаил поднять на борьбу с монголами и Польшу, и германского императора. Но момент для объединенного отпора был упущен: Русь была разгромлена, позже пришел черед Венгрии и Польши. Не получив поддержки, благоверный князь Михаил возвратился в разрушенный Киев и некоторое время жил неподалеку от города, на острове, а затем переселился в Чернигов.
Вскоре на Русь явились ханские послы, чтобы провести перепись русского населения и обложить его данью. От князей требовалась полная покорность татарскому хану, а на княжение - его особое разрешение - ярлык. Послы сообщили князю Михаилу, что и ему нужно отправиться в Орду для подтверждения прав на княжение ханским ярлыком. Видя бедственное положение Руси, благоверный князь Михаил сознавал необходимость повиноваться хану, но как ревностный христианин он знал, что от веры своей перед язычниками не отступит. От духовного отца, епископа Иоанна, он получил благословение ехать в Орду и быть там истинным исповедником Имени Христова.
Вместе со святым князем Михаилом отправился в Орду его верный друг и сподвижник боярин Феодор. В Орде знали о попытках князя Михаила организовать выступление против татар. Враги давно искали случая убить его. Когда в 1246 году благоверный князь Михаил и боярин Феодор прибыли в Орду, им приказали перед тем, как идти к хану, пройти через огненный костер, что якобы должно было очистить их от злых намерений, и поклониться обожествляемым монголами стихиям: солнцу и огню. В ответ жрецам, повелевавшим исполнить языческий обряд, благоверный князь сказал: "Христианин кланяется только Богу, Творцу мира, а не твари". Хану донесли о непокорности русского князя. Батый через своего приближенного Эльдегу передал условие: если не будет выполнено требование жрецов, непокорные умрут в мучениях. Но и на это последовал решительный ответ святого князя Михаила: "Я готов поклониться царю, так как ему Бог вручил судьбу земных царств, но, как христианин, не могу поклоняться идолам". Судьба мужественных христиан была решена. Святой князь и преданный его боярин приготовились к мученической кончине и приобщились Святых Таин, которые предусмотрительно дал им с собой духовный отец. Татарские палачи схватили благоверного князя и долго, жестоко избивали, пока земля не обагрилась кровью. Наконец один из отступников от Христовой веры, по имени Даман, отсек голову святому мученику.
14 февраля 1572 года, по желанию Царя Иоанна Васильевича Грозного, с благословения митрополита Антония, мощи святых мучеников были перенесены в Москву, в храм, посвященный их имени, оттуда в 1770 году они были перенесены в Сретенский собор, а 21 ноября 1774 года - в Архангельский собор Московского Кремля.
Также в этот день, 20 сентября 1754 года, в Санкт-Петербурге родился Великий князь Павел Петрович - будущий Император Павел I.