В обители святой совершенно предал себя иноческим трудам, с усердием выполняя монастырские послушания на скотном дворе. Трудами и постом преподобный Арсений изнурял свою тело, умерщвляя страсти, и в то же время он старался укрепить свою душу молитвой, чтением Священного Писания, и душеспасительных книг, которые святой переписывал для своего монастыря и для других церквей.
В 1525-1527 гг. св. Арсений был игуменом Троице-Сергиевой лавры. В этом сане он не изменил своей любви к посту и нищете. Часто он удалялся в уединенную Махрищскую обитель. Великий князь Василий IV (1505-1533), посетивший в то время монастырь, был удивлен, увидев на игумене богатой обители ветхую одежду, покрытую заплатами. Братия объяснила, что преподобный Арсений желает удалиться в пустынь.
Отойдя вместе со своим келейным старцем в Комельские леса, расположенные в 50 верстах от Вологды, преподобный Арсений сделал большой деревянный крест и с этим крестом на плечах отправился через лес искать место будущей пустынной обители. Проходя болотистое место по трясине, преподобный споткнулся под тяжестью креста и упал. Небесный луч, озаривший в ту же минуту подвижника, заставил его остановиться на этом месте. Он водрузил крест и поставил первую келлию.
Местные жители, приходившие сюда для звериной ловли, убили келейника преподобного Арсения, а его самого вынудили удалиться в Шилегонский лес. Вскоре в его новую пустынь собралось несколько иноков, а затем в ней поселились бежавшие от татарского набега окрестные жители. Преподобный Арсений, ища безмолвия, пожелал жить в более глухом месте. В 1530 году великий князь Василий выдал ему грамоту на землю в Комельском лесу на реке Кохтыше. Со своим учеником Герасимом преподобный основал здесь обитель в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне. В служении Богу и ближним, в труде и молитве прошла жизнь преподобного Арсения. 24 августа 1550 г., причастившись Святых Христовых Таин, преподобный Арсений мирно отошел Господу. Вскоре после праведной его кончины у гробницы святого стали совершаться чудесные исцеления от различных болезней.