Он родился 15 декабря 1800 года в г. Ельце Орловской губернии в семье священника и в миру звался Иоанном Алексеевичем Борисовым. Окончив Орловскую духовную семинарию и Киевскую духовную академию первым учеником, в 1823 году будущий владыка был назначен инспектором и профессором церковной истории и греческого языка Петербургской духовной семинарии, а через три месяца - ректором Петербургского Александро-Невского училища.
10 декабря 1823 года Иоанн Борисов был пострижен в монашество с именем Иннокентия и в тот же день рукоположен во иеродиакона, а спустя несколько дней - во иеромонаха. Через полтора года молодой иеромонах уже был инспектором Петербургской духовной академии, а в 1826 г. стал экстраординарным профессором богословия, с возведением в сан архимандрита. За это время, по всеобщему мнению, о. Иннокентий прославился как превосходный духовный проповедник, который своими вдохновенными речами пробуждал, увлекал и восторгал умы слушателей. А обширную научную деятельность в 1829 г. профессору-архимандриту Иннокентию была присвоена степень доктора богословия.
В 1830 г. архимандрит Иннокентий был назначен ректором Киевской духовной академии. 3 октября 1836 г. в С.-Петербурге состоялась его хиротония во епископа Чигиринского, викария Киевской епархии. Затем последовали его назначения Вологодским, а затем Харьковским епископом. 15 апреля 1845 года "за отличное управление Харьковской епархией" епископ Иннокентий был возведен в сан архиепископа.
Но особо заметными остался его след в управлении Херсоно-Таврической епархии, которую владыка возглавлял с 1848 г. По-прежнему, стремясь воспитывать в своей пастве дух религиозного благочестия, высокопреосвященный Иннокентий учредил в Одессе два новых торжественных крестных хода, открыл в Крыму несколько монашеских скитов, восстановил Тотемский, Ахтырский, Святогорский и Георгиевский-Балаклавский монастыри, собрал в Одессе и поместил в особой часовне копии со всех чудотворных икон России, заложил и обновил множество храмов.
При этом крымский период архипастырской деятельности высокопреосвященного Иннокентия протекал в обстановке тяжелых испытаний для нашей страны. В 1853 г. началась Крымская война. В это-то время проявилась еще одна замечательная черта его характера - истинного патриота. В период обороны Севастополя и Одессы он, несмотря на опасность, приезжал прямо к местам боев, воодушевляя солдат своими проповедями, сам совершал богослужения в походных храмах, проявил исключительную заботу о раненых воинах. Проповеди святителя Иннокентия поддерживали дух защитников Отечества и своей паствы. Святитель бесстрашно ходил под неприятельскими выстрелами по рядам войск, ободряя солдат и полководцев, он ездил на буксире по бухте тогда, когда впереди и сзади сыпались бомбы. "Мы монахи, нам терять нечего", - так отвечал архипастырь поражавшимся его бесстрашию перед неприятелем людям. Народ в простоте сердца выражал общее тогда убеждение: "Если бы командование армией доверили Иннокентию, Россия выиграла бы Крымскую войну".
Вскоре по окончании войны владыка сильно заболел. В день своей кончины, которая пришлась в 1857 г. на праздник Святой Троицы, архиепископ Иннокентий на рассвете, поддерживаемый келейниками несколько раз тихо прошелся по комнате, тревожно и внимательно оглядывая окружающие предметы, затем умильно произнес: "Господи, какой день!" Через мгновение он опустился на колени и скончался на руках подоспевших келейников.
В 1997 г. архиепископ Херсонский и Таврический Иннокентий был причислен к лику местночтимых одесских святых, тогда же состоялось и обретение мощей святителя.
В этот же день, 26 мая 1883 года, состоялось торжественное освящение Храма Христа Спасителя, приуроченное к коронационным торжествам Государя Императора Александра III.