В тот день батальоны 11-го Восточно-Сибирского стрелкового полка находились в центре боя, японцы открыли сильный артиллерийский огонь и стали обходить левый фланг. Растянутые противником с обоих флангов батальоны полка, чтобы пробиться, несколько раз под звуки полкового марша и гимна "Боже, Царя храни", исполняемого полковым оркестром под огнём противника, бросались в штыки. Но японцы не принимали штыкового удара. Тогда отец Щербаковский благословил солдат и пошёл впереди Боевого Знамени с поднятым в руке крестом. Пробиваясь сквозь японскую цепь солдат вместе с батальонами полка, сей неустрашимый пастырь был ранен двумя пулями, вскоре потерял сознание и был вынесен уже на перевязочный пункт церковником Иосифом Перчем. Только такое мужество пастыря и воинов 11 полка дали им возможность пробиться сквозь японцев. По свидетельству участников Тюренченского боя, потери японцев были очень велики.
Вот как он сам вспоминал тот день: "Встал я 18-го числа рано, в три часа ночи. Я знал, что бой будет отчаянный, и решил исполнить свой пастырский долг до конца, показав воинам пример самоотвержения и любви своею смертию.... В 4 часа утра я помолился Богу, составил завещание и встал в знамённой роте.... В три часа пополудни полк выстроился и под звуки полкового марша двинулся в атаку на наступавших японцев. Я надел епитрахиль, взял крест, благословил солдат и с пением "Христос Воскресе" пошёл во главе стрелков знамённой роты. Картина была поразительная, грандиозная. Без малейшего колебания шли славные стрелки на верную смерть, в адский огонь, среди рвущихся снарядов. Только каждый, перед тем как двинуться в бой, крестился. Потом всё смешалось. Музыка тотчас же смолкла. Кто побежал вперёд, кто упал убитым или раненым. Я почувствовал сильный удар в руку и в ногу и упал навзничь, потеряв сознание".
"И нас повел, вперед идя,
Но пуля вражья поразила
На смерть любимого вождя.
Тогда на место командира
Священник наш отец Стефан
С крестом в руках встает пред нами
Подъемля крест пред небесами"
(М.Н.Левитский "Под Тюренченом")
Командующий Русской армией генерал А.Н.Куропаткин лично наградил героя-священника, посетив его при излечении в лазарете Елизаветинской общины Красного Креста в Харбине и представив к офицерскому Георгиевскому кресту. Так 29-тилетний батюшка стал первым священником, награждённым Георгиевским крестом в Русско-японскую войну и всего лишь пятым георгиевским кавалером среди священнослужителей, за всю историю существования Военного ордена.
Отличался о. Стефан Щербаковский и далее. За свою службу в годы Русско-японской войны он был награжден орденами святого великомученика и Победоносца Георгия 4-й степени, святого Владимира 4-й степени с мечами, святой Анны 2-й степени с мечами, золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте. А в годы Первой мировой войны, за бои 30 июля 1914 года у деревни Ваббельн и 6 августа 1914 года при деревне Каушен о. Стефан был удостоен ордена святого Владимира 3-й степени с мечами и за бои 24 сентября представлен к ордену святой Анны 1-й степени.