Мария Могила пожертвовала новому храму богатую церковную утварь и икону Божией Матери «Знамение», которую стали почитать как чудотворную. Князь Януш подарил церкви иконостас и два колокола.
В течение XVII-XVIII веков, пока Кедайняй входил в состав Речи Посполитой, Преображенская церковь была монастырской церковью. После присоединения Литовского края к Российской империи в 1795 году помещение храма использовалась для удовлетворения духовных нужд дислоцированных в Кедайняе воинских частей русской армии. Новое каменное здание Преображенского храма, построенное в 1861, за год до рождения Петра Аркадьевича Столыпина, стало приходским храмом.
А летом 1889 года, когда П. А. Столыпин начал служить в качестве Ковенского (Каунасского) предводителя дворянства, он встречал у храма епископа Ковенского Кирилла (Орлова). После литургии владыка посетил Калнабярже.
В октябре 1893 года церковь сгорела - от нее остались только каменные стены. Сразу же был создан Строительный комитет, который возглавил Петр Аркадьевич. Он несколько раз ездил в Санкт-Петербург, хлопотал перед Св. Синодом, и ему обещали ассигновать семь тысяч рублей. В Москве он смог собрать значительную сумму. Протоиерей из Кронштадта Иоанн Сергиев пожертвовал на церковь в Кедайняе 1700 рублей.
К зиме 1894 года была закончена кирпичная кладка здания. Надо было расплатиться с рабочими, а деньги от Св. Синода еще не поступили в Кедайняй. Чтобы выдать каменщикам зарплату, Петр Аркадьевич занял в Коммерческом банке две тысячи рублей под свои векселя.
Новое здание храма выгодно отличалось от прежнего. Была пристроена колокольня и алтарная часть. Над зданием вознеслись две башни с золочеными крестами. Внутри своды приподняли, сделали полукупол, оборудовали отдельные помещения для ризницы и пономарской, сложили четыре облицованные кафелем печи. В церкви уже могли поместиться до 500 прихожан.
Был установлен новый двухъярусный иконостас с позолотой. Вот как его описывал современник:
«Иконостас...из соснового дерева, чистой столярной работы, с Царскими боковыми и решетчатыми дверьми, с двумя заветами и верхним крестом с подножием, резной работы из липового дерева. Два завета вызолочены червленым золотом. Икон в иконостасе двенадцать. С левой стороны от Царских врат помещена чудотворная икона Знамения Пресвятой Богородицы древней Кейданской церкви с украшением серебром и золотом по дну иконной доски».
Среди икон была и икона в киоте с надписью:
«Жертва крестьян Кейданской, Бобтовской, Александровской, Яновской, Румшишской, Сурвилишской, Красносельской, Жейминской волостей в память чудесного спасения драгоценной жизни Их Императорских Величеств Государя Императора Александра Александровича и Его Августейшей семьи 17 октября 1888 года при крушении императорского поезда на Курско-Харьково-Азовской железной дороге».
Российский Императорский дом прислал в дар храму серебряные сосуды. Богатую ризницу и церковную утварь пожертвовали местные помещики и дислоцированные в Кедайняе артиллерийские части. Военное ведомство выделило 100 пудов медно-бронзового лома на главный колокол храма.
9 октября 1895 года церковь в честь Преображения Господня была освящена. После благодарственного молебна епископ Христофор (Смирнов) благословил председателя Строительного комитета П. А. Столыпина иконой Спасителя. А настоятель церкви о. Антоний Лихачевский сказал:
«Немало труда и забот выпало на долю Строительного комитета, во главе которого был поставлен Ковенский предводитель дворянства Петр Аркадьевич Столыпин, человек выдающейся энергии и любви к святому делу».
В 1896 году были построен дом причта, а позднее - здание церковно-приходской школы. Несколько лет Петр Аркадьевич возглавлял Попечительский Совет прихода. По его предложению при общине организовали Общество мелкого кредита, которое давало возможность прихожанам не обращаться к услугам ростовщиков. Когда П. А. Столыпин стал Председателем Совета Министров Российской империи, его избрали почетным членом Преображенского православного братства. При поддержке Петра Аркадьевича была открыта новая церковно-приходская школа (их стало три в приходе). Он же обеспечил новую школу дорогими пособиями для внешкольных занятий детей. Ее называли «Столыпинско-Кедайняйской».
Занимая высокий пост, Петр Аркадьевич проводил летние месяцы в своем, как он говорил, «любимом Калнабярже». Он молился в Преображенском храме, а после окончания службы заходил в гости к настоятелю о. Антонию Лихачевскому. Последний раз П. А. Столыпин был в храме с семьей за две недели до покушения на него 15 августа (по старому стилю) 1911 года на богослужении по случаю праздника Успения Пресвятой Богородицы.
Сейчас по истечении 100 лет после его гибели усадьба Калнабярже пребывает в запустении. Преображенский храм после испытаний в годы Второй мировой войны и после нее, с 1989 года, когда его стал окормлять протоиерей Николай Мурашов, начал восстанавливать свое былое благолепие. На средства, пожертвованные каунасскими предпринимателями супругами Вальчукасами, полностью заменили покрытие пола. В 1994 году внутренние стены храма были частично расписаны вильнюсским художником Виталием Серапинасом, который позже был рукоположен в священнический сан. При поддержке концерна «Viconda» произведен наружный ремонт здания церкви. В 2000 году этот же концерн выделил средства для капитального ремонта внутри. Прихожанка Ирина Дима, преподаватель художественной школы в Кедайняе, окончившая Литовскую художественную академию, занимается реставрацией икон. В 2002 году начался новый этап работ по обновлению настенных росписей Преображенского храма.
Внутри здания между окнами на южной стороне была следующая надпись на штукатурке:
"Расписан храм сей в память статс-секретаря Петра Аркадьевича Столыпина вечными молитвенницами о нем в 1913 году при настоятеле протоиерее Антонии Лихачевском и ктиторе Викторе Тарабанько".
Эта надпись в точности воспроизведена в возрождающемся храме.
Анатолий ВАСИЛЕНКО