Начало истории Церкви в Македонии восходит к I веку по Рождеству Христову. Святой апостол Павел во время своих благовестнических путешествий посетил ряд городов Македонии и основал в них христианские общины.
Вскоре после издания Миланского эдикта (313 г.) в Македонии была основана христианская епископия. Первым документально засвидетельствованным епископом был Паригорий, участвовавший в деяниях Поместного Сардикийского Собора 347 г.
В IV -V веках Македония, входившая в состав префектуры Восточной Иллирии, в церковном отношении подчинялась попеременно Риму и Константинополю. 527 -565 гг. Скопийскому епископу были предоставлены права самостоятельного управления своим округом.
В VII веке округ был подчинен Салоникийскому архиепископу, находившемуся в юрисдикционном ведении попеременно Рима и Константинополя. В 1767 г. вслед за подчинением Константинополю Печской Патриархии в его юрисдикцию вошла и Охридская Архиепископия
После освобождения от Османского ига в результате Балканских войн Македония была разделена между союзниками (в период первой Балканской войны) - Сербией, Болгарией и Грецией. К Сербии отошла территория нынешней Республики Македонии, к Болгарии - восточная часть (Пиринская Македония), а к Греции - южные районы до Эгейского моря. На территории каждой из этих частей разделенной Македонии была установлена юрисдикция соответствующей Церкви: Сербской, Болгарской и - в случае с Грецией - Константинопольской..
С 1945 г. в Скопье, столице страны, состоялось несколько Соборов, на которых поднимался вопрос о самостоятельности Македонской Церкви, ее выходе из Сербского Патриархата. Но ввиду несогласия сербских иерархов предоставить Македонской Церкви автокефалию решение вопроса долго откладывалось.
В 1958 г. в Охриде состоялся "Церковный собор Македонской Православной Церкви". Собор объявил о восстановлении древней Охридской Митрополии, в качестве "компромиссного решения" провозгласил автономию (а не автокефалию) Македонской Православной Церкви и избрал ее первого митрополита в лице молодого сотрудника Белградской Патриархии - епископа Досифея.
Однако состоявший в 1959 г. Собор Сербской Церкви не признал македонскую автономию.
В 1966 г. Македонская Церковь вновь потребовала автокефалии от Сербского Патриархата.. Это требование Архиерейский Собор Сербской Церкви отклонил и заявил, что если Македонская Церковь станет упорствовать и объявит автокефалию, она будет почитаться раскольнической и окажется отлученной от общения.
В 1967 г. Охридский Собор македонского духовенства и мирян без благословения и соответствующего решения кириархальной - Сербской - Церкви объявил свою Церковь автокефальной.
Маршал Тито поддержал неканоничную Церковь, что соответствовало политике гонений на Сербскую Православную Церковь. Важнейшей задачей для режима Тито стало размывание, раскол и денационализация Церкви как основного препятствия на пути созидания нового строя.
В 1991 г. после получения независимости Республикой Македония руководство молодого государства продолжило линию на укрепление позиций пусть неканоничной, но "своей" церкви.
14 января 2001 г. в монастыре св.Наума под Охридом сербская и македонская стороны приняли текст проекта договора о восстановлении церковного единства. 17 мая того же года, специальные комиссии улучшили и точнее сформулировали проект договора и довели его до формы, в которой он был приемлем для всех Православных Церквей. Однако Македонский Священный Синод не принял проект договора
21 января 2002 г. состоялась пресс-конференция, на которой Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и Предстоятель Сербской Церкви совместно выразили беспокойство попытками церковного разделения в Македонии и Черногории, а также на Украине. Святейший Патриарх заметил: "Эта проблема общая для наших Церквей. "Раскольники часто поддерживаются властями", - подчеркнул первоиерарх Русской Церкви. "Сохранить единство Святой Соборной Апостольской Церкви можно только совместно", - резюмировал он..
20 июня 2002 г. было обнародовано открытое письмо Патриарха Сербского священноначалию и чадам Македонской Церкви. В нем говорилось: "С отеческой и братской любовью в едином Господе обращаемся ко всем вам и призываем каждого из вас в отдельности как личность и как православного христианина взять на себя свою личную и соборную ответственность пред Богом Живым и пред святой Его Церковью и вместе с нами сделать все возможное и необходимое для преодоления раскола в нашей Православной Церкви, для исцеления раны разъединения и разобщенности между нами, ради возобновления торжества братской христианской любви над злыми силами и страстями и во славу Божию, во свидетельство истины святого Православия в сегодняшнем неспокойном мире и на духовную пользу и спасение наших душ. Сущность духовного подвига, на который нас призывает Господь, есть восстановление литургического общения и канонического единства всех вас не только с Сербской Православной Церковью, но одновременно и со всеми святыми Поместными Православными Церквями. Другими словами, с совокупной православной духовной семьей, "Семьей Единородного" по словам святителя. Иоанна Златоуста".
21 июня того же года Священным Синодом СПЦ был получен ответ на обращение Сербского Патриарха от архиепископа Велешского и Повардаского Иоанна (Вранишковского), в котором говорилось: "Архиепископ Велешский и Повардарский, со всем священством, монашеством и богобоязненным народом нашей святой митрополии, отвечая на братский призыв, направленный иерархии и верующему народу Православной церкви в Македонии со стороны Ваших Преосвященств, извещает Вас, что искренне, свободно и ответственно принимает предложенное литургическое и каноническое единство с Сербской Православной Церковью".
В 2003 г. архиерейский синод Македонской Церкви объявил о лишении священного сана архиепископа Иоанна (Вранишковского), принявшего решение соединиться с канонической иерархией.
В ночь на 16 октября 2004 года по распоряжению македонских властей был разрушен монастырь св. Иоанна Златоуста в окрестностях города Битола. Эта обитель подчинялась верной СПЦ Охридской архиепископии на территории Македонии. По официальной версии, сооружение было разрушено, так как его построили без разрешения властей.
15 - 26 мая 2005 г. на Архиерейском Соборе Сербской Православной Церкви была провозглашена автономия Охридской архиепископии, которая действует на территории Македонии параллельно с Македонской Православной Церковью (МПЦ). К Архиепископии принадлежат храмы и монастыри, верные Сербскому Патриарху.
Тот же Собор принял следующее определение: "...с епископами, священниками раскольнической македонской православной "церкви", основанной в 1967 г., и с верными, остающимися в общении с ними, Святой Архиерейский Собор прекращает всякий вид богослужебного общения. Общение прерывается и с народом в Македонии, который останется в религиозном единстве с епископами и священниками раскольнической организации в Республике Македония, ложно именующей себя "Церковью".
23 июня 2005 г. апелляционный суд г. Битола подтвердил вынесенный в 2004 г. приговор архиепископу Иоанну (Вранишковскому) к полутора годам тюремного заключения за "разжигание национальной, расовой и религиозной ненависти". Не позднее 1 июля 2005 г. 39-летнему архиепископу Иоанну, назначенному в конце мая Архиерейским Собором Сербской Православной Церкви на кафедру автономной Охридской Архиепископии, предписано Битольским судом явиться в тюрьму "Черный мост" для отбытия определенного судом срока заключения.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II не рекомендовал Святейшему Патриарху Сербскому Павлу осуществлять проект создания "параллельной" иерархии для Македонской Церкви и подчеркнул, что любой ценой нужно сохранять церковное единство. "Параллельная" иерархия - это путь к углублению раскола", - подчеркнул Предстоятель Русской Церкви.
2 июня 2005 г. власти Македонии обратились к Константинопольскому Патриарху Варфоломею с предложением стать посредником в конфликте между Сербской и Македонской Православными Церквами.
Македонская Православная Церковь в настоящее время возглавляется архиепископом и имеет 8 епархий, свыше 200 священников, 225 приходов, около 30 женских и мужских монастырей. Впрочем, статистические данные о числе приходов и количестве паствы МПЦ противоречивы. К МПЦ принадлежит большинство православных граждан македонской республики (всего православных в стране - 67% населения, насчитывающего в целом около 2 млн. человек). В эмиграции проживает около 700 тыс. македонцев, но в подавляющем большинстве они посещают славяноязычные приходы канонических Православных Церквей - чаще всего Болгарской, но также Сербской и Русской. В США у МПЦ всего 4 прихода, в Канаде - 1, в Австралии - 9.
http://www.patriarchia.ru/db/print/27203.html