Возникновение идеи Московского Патриаршества тесно связано с установлением автокефалии Русской Церкви. После утверждения независимого от греков статуса Московской митрополии стало осознаваться то исключительное значение Русской Церкви в православном мире, которое она получила как наиболее влиятельная, многочисленная, а главное - связанная с бытием единственного в мире православного государства Поместная Церковь. Было очевидно, что рано или поздно, Патриарший престол будет утвержден в Москве, государь которой стал преемником Императоров Ромеев и уже к середине XVI в. увенчался царским титулом. Однако возведению Московской Митрополии на степень Патриаршества в то время мешали напряженные отношения с Константинопольским Патриархатом, обиженным на Русь за переход к автокефалии и горделиво не желавшим ее признавать. В то же время без согласия Восточных Патриархов самостоятельное провозглашение Русского Митрополита Патриархом было бы незаконным. Если царя на Москве можно было поставить самим, силой и авторитетом православной державы, то учреждать Патриаршество без предварительного решения этого вопроса первенствующими кафедрами было невозможно. Исторические обстоятельства сложились благоприятно для завершения программы автокефалии Русской Церкви через установление Патриаршества лишь к исходу XVI столетия, в правление царя Феодора Иоанновича.
По традиции, идущей от Карамзина, Феодора нередко изображают слабовольным, едва ли не слабоумным и недалеким монархом, что мало соответствует действительности. Феодор лично водил в бой русские полки, был образован, отличался глубокой верой и необычайным благочестием. Отход Феодора от дел управления скорее был следствием того, что глубоко верующий царь не мог примирить в своем сознании несоответствие христианских идеалов и жестоких реалий политической жизни Русского государства, сложившихся в годы жестокого правления его отца - Иоанна Грозного. Феодор избирал своим уделом молитву и тихую, мирную жизнь рядом со своей верной супругой - Ириной Годуновой. Реальным правителем государства стал ее брат Борис Годунов - талантливый и энергичный политик.
Безусловно, Годунов был честолюбив. Но в то же время это был великий государственник и патриот, создавший масштабную программу реформ с целью преобразования Российского государства, усиления его мощи и международного престижа. Но, к сожалению, великое предприятие Годунова не имело под собой прочного духовного основания и далеко не всегда исполнялось приемлемыми в нравственном отношении средствами (хотя доказательств причастности Годунова к убийству царевича Димитрия, как не было ранее, так нет и сейчас), что стало одной из причин краха его замыслов. Кроме того, и сам русский народ после ужасов опричнины сильно оскудел в духовно-нравственном смысле и был весьма далек от блестящих державных замыслов Бориса. Тем не менее, Годунов ревновал о величии России. И идея Русского Патриаршества в значительной степени также укладывалась в разработанную им программу, что сделало Годунова решительным ее сторонником. Именно Борис помог довести программу утверждения Патриаршества на Руси до логического конца.
Первый этап подготовки к установлению Русского Патриаршества был связан с приездом в Москву Антиохийского Патриарха Иоакима в 1586 г. Это событие инициировало активность годуновских дипломатов в достижении Патриаршего достоинства для Предстоятеля Русской Церкви. Иоаким приехал сначала в пределы Западной Руси, а оттуда направился за милостыней в Москву. И если в Речи Посполитой Патриарху пришлось быть свидетелем нового натиска католиков на Православие и практически полного развала церковной жизни Киевской митрополии накануне Брестской унии, то в царственной Москве Иоаким увидел воистину величие и славу Третьего Рима. Когда Патриарх Иоаким прибыл в Россию, его встретили с большим почетом.
Главной целью Патриаршего визита было собирание милостыни. На Антиохийской кафедре висел гигантский по тем временам долг - 8 тыс. золотых. Русских появление Иоакима в Москве весьма заинтересовало: впервые в истории Восточный Патриарх приехал в Москву. Но в сознании Годунова и его помощников этот беспрецедентный эпизод почти мгновенно и неожиданно вызвал к жизни проект, призванный реализовать на практике идею учреждения Московского Патриаршества.
После того, как Иоаким был с почетом принят царем в Кремле, ему, естественно, нужно было встретиться с Митрополитом Московским и всея Руси Дионисием. Но Предстоятель Русской Церкви почему-то не давал о себе знать и никаких шагов навстречу Иоакиму не делал, визита не наносил. Митрополит Дионисий, хотя и конфликтовал с Годуновым позднее, но, вероятно, в это время действовал с ним вполне согласованно.
Иоакима почтили по московским меркам невероятно: пригласили на обед к царю сразу в тот же день, когда состоялся первый прием у государя. В ожидании обеда его отправили в Успенский собор Московского Кремля, где совершал богослужение Дионисий. Похоже, что все было тщательно продумано: Иоаким прибыл как смиренный проситель, а Дионисий вдруг предстал пред ним в блеске роскошных облачений, окруженный многочисленным русским духовенством в блистающем своим великолепии соборе. Его облик вполне соответствовал положению Предстоятеля самой крупной и влиятельной в мире Поместной Православной Церкви, хотя носил он при этом всего лишь скромный сан митрополита.
Далее произошло нечто невообразимое. Когда Патриарх Иоаким вошел в Успенский собор, он был встречен здесь Митрополитом Дионисием. Но Иоаким не успел и рта раскрыть, как вдруг его, Патриарха, благословил Митрополит Дионисий. Митрополит Московский благословил Патриарха Антиохийского. Патриарх, конечно, был удивлен и возмущен такой дерзостью. Иоаким начал было говорить нечто насчет того, что негоже Митрополиту первым благословлять Патриарха. Но слушать его не стали и даже не пригласили служить литургию (иначе, ее пришлось бы возглавлять не Дионисию, а Иоакиму). Более того, Патриарху не предложили хотя бы пройти в алтарь. Бедный восточный проситель простоял у заднего столпа Успенского собора во продолжение всей службы.
Таким образом, Иоакиму было явно показано, кто здесь проситель милостыни, а кто Предстоятель по-настоящему великой Церкви. Это конечно было оскорблением, и нанесено оно было Патриарху вполне сознательно. Похоже, все было рассчитано и продумано до мелочей. Насколько здесь имела место личная инициатива Дионисия, сказать трудно. Вероятнее, что все режиссировал Годунов. Смысл акции был вполне прозрачен: к Русскому государю греческие Патриархи обращаются за помощью, но при этом на Московской кафедре почему-то находится всего лишь Митрополит. Это был явный знак Восточным Патриархам, предложение подумать над устранением этого несоответствия. Иоакиму дали понять: раз уж просите и получаете, то должны и отплатить приведением статуса Предстоятеля Русской Церкви в соответствие с ее реальным местом в православном мире.
Понятно, что больше никакой охоты встречаться с Дионисием у Иоакима не появлялось. Дальнейшее обсуждение проблемы Русского Патриаршества с греками взял на себя Годунов, который и вел тайные переговоры с Иоакимом. Иоаким не был готов к столь неожиданному для него предложению об учреждении в Москве Патриаршего престола. Решить этот вопрос самостоятельно он, конечно, не мог, но обещал посоветоваться об этом с другими Восточными Патриархами. На данном этапе Москва удовлетворилась достигнутым.
Теперь решающее слово было за Константинополем. Но в Стамбуле в это время происходили весьма драматические события. Незадолго до приезда Иоакима в Россию там был низложен Патриарх Иеремия II Транос, на место которого турки поставили Пахомия. Последний, в свою очередь, также вскоре был изгнан и заменен Феолиптом, сумевшим заплатить турецким властям немалую сумму за Патриаршую кафедру. Но и Феолипт недолго пробыл на Патриаршестве. Он также был смещен, после чего из ссылки в Стамбул возвратили Иеремию. Первоначальные хлопоты об утверждении Московского Патриаршества пришлись как раз на время этой смуты на Константинопольской Патриаршей кафедре. Естественно, что послание Московского государя и деньги, посланные Феолипту, где-то затерялись. Феолипт вообще отличался жадностью и мздоимством. После того как он был низложен, и в Константинополе вновь утвердился Иеремия II, обнаружилось, что дела Патриархии находятся в крайне плачевном состоянии. Храмы были разграблены, денежные средства разворованы, Патриаршая резиденция отобрана турками за долги. Патриарший собор Божией Матери Всеблаженной - Паммакаристы за долги Феолипта также был отобран мусульманами и обращен в мечеть. Иеремия вернулся из ссылки на пепелище. Нужно было устраивать новую Патриархию: кафедральный храм, резиденцию. Но денег на все это у Иеремии не было. Однако опыт Иоакима Антиохийского показал: можно обратиться в богатую Москву, которая столь уважает Восточных Патриархов, что в деньгах не откажет. Однако Иеремия был не в курсе уже имевших место переговоров относительно Московского Патриаршества, начатых при его предшественнике.
Иеремия выехал в Москву. Этой поездке суждено было стать судьбоносной для Русской Церкви. Промысл Божий даже беды Православия, как всегда, обернул в конечном счете к его благу. Тяготы Константинопольского Патриархата обратились утверждением Патриархата Московского к вящей славе Божией и укреплению Православия. Иеремия в 1588 г. так же, как и Иоаким, сначала отправился в Западную Русь, откуда поехал далее, в Московию. В Речи Посполитой Патриарху Константинопольскому также довелось стать свидетелем крайнего ухудшения положения православных. Тем большим был контраст, когда Иеремия прибыл в блистательную столицу православного царства.
Надо отметить, что Иеремия, прибыв в Смоленск, свалился буквально "как снег на голову", к полному изумлению московских властей, потому что здесь еще ничего не знали о переменах происшедших на Константинопольской кафедре. Москвичи не ожидали увидеть Иеремию, о возвращении которого на кафедру здесь не знали. При этом вместо ожидаемого благоприятного ответа на просьбу Московского государя об учреждении на Руси Патриаршества москвичи услышали от Иеремии только разговоры о милостыне. Нетрудно представить себе настроение людей Годунова, столкнувшихся с неизвестным им Первосвятителем, который к тому же ничего не ведал о чаяниях Москвы иметь собственного Патриарха.
Тем не менее, Патриарха Иеремию приняли пышно, с максимальными почестями, которые стали еще большими после того, как разведка донесла: Патриарх настоящий, законный, а не самозванец. Сопровождали Иеремию в его поездке в Россию митрополит Иерофей Монемвасийский и архиепископ Арсений Элассонский, ранее преподававший греческий язык во Львовской братской школе. Оба эти архиерея оставили ценные воспоминания о поездке Иеремии в Москву, по которым мы отчасти можем судить о том, как протекали переговоры об учреждении Московского Патриаршества.
Ввиду перемен на Константинопольской кафедре пришлось все переговоры о Московском Патриархате начинать сначала. Но изменения произошли не только в Стамбуле, но и в Москве. К этому времени конфликт между Годуновым и митрополитом Дионисием закончился в 1587 г. низложением последнего (Дионисий ввязался в боярский заговор и вместе с другими противниками Годунова выступил перед царем Феодором с безнравственным предложением развестись с Ириной Годуновой по причине ее бесплодия). На место Дионисия был возведен Ростовский архиепископ Иов, которому и суждено будет стать первым Русским Патриархом
Иова историки нередко представляют как послушного исполнителя воли Бориса Годунова и чуть ли не соучастника его интриг. Едва ли это справедливо. Иов несомненно был человеком святой жизни. То, что Церковь причислила Иова к лику святых в 1989 г., когда праздновалось 400-летие Московского Патриаршества, - это, конечно, не случайность, связанная с юбилеем. Канонизация Иова готовилась еще в середине XVII в., при первых Романовых, не любивших Годунова, при котором их род сильно пострадал. Но в середине XVII в. прославление не успели подготовить, а при Петре I, когда упразднили Патриаршество, канонизировать первого Русского Патриарха уже было невозможно по политическим мотивам. Так что святость Иова, напротив, может стать отправной точкой для предположения, что, быть может, не все то негативное, что традиционно приписывали Годунову, имело место в действительности? Об этом заставляет задуматься прежде всего та поддержка, которую действительно оказывал Годунову св. Иов в его лучших начинаниях.
Факты подтверждают, что святитель Иов вовсе не был послушным слугой Годунова, а при случае мог и резко возразить Борису. Это подтверждает знаменитый эпизод, связанный с попыткой Годунова открыть в Москве некое подобие университета на западноевропейский манер. Иов решительно воспротивился этому: пример вовлечения тысяч православных недорослей в католичество через иезуитские школы Речи Посполитой был слишком свеж и нагляден. Годунов тогда был вынужден отступить.
Иов был настолько яркой личностью, что еще в молодости был замечен Иоанном Грозным. Будущий Патриарх пользовался огромным авторитетом и у Феодора Иоанновича. Иов отличался огромным умом и великолепной памятью, был весьма начитан. Причем, все это сочеталось с глубоко духовным устроением души святителя. Но даже если предположить, что проводя Иова в Митрополиты, а затем и в Патриархи, Годунов действовал по политическим соображениям, это отнюдь не бросает тени на св. Иова. Ведь Борис выступал за утверждение Патриаршества в Москве, усиление престижа Русской Церкви и Русского государства. Поэтому неудивительно, что в Предстоятели Русской Церкви, которой скоро суждено будет стать Патриархатом, был выдвинут Борисом именно Иов как человек самых выдающихся качеств. Какие бы политические цели Годунов не преследовал, дело утверждения Патриаршества на Руси, совершаемое через него, было в конечном счете проявлением Промысла Божия, а не плодом чьего-либо расчета. Борис Годунов стал по сути орудием этого Промысла.
Иеремия Константинопольский был принят в Москве с большими почестями. Его поселили на Рязанском подворье. Но... облекли не только почетом, но и надзором. Какое-либо общение Патриарха с кем бы то ни было, особенно с иностранцами, категорически воспрещалось. Вскоре Иеремию принял царь. Причем, Патриарх ехал во дворец с почетом - "на осляти". Прием был роскошным. Патриарх Иеремия прибыл не с пустыми руками. Он привез в Москву множество мощей, в том числе: шуйцу апостола Иакова, перст Иоанна Златоуста, часть мощей св. царя Константина и проч. Иеремию одарили ответно кубками, деньгами, соболями и бархатом.
Затем начались переговоры с Патриархом, которые вел Годунов. Прежде всего речь шла о главном - о Русском Патриаршестве. Но каких-либо обязательств на сей счет перед русскими Иеремия не имел. Конечно, это не могло не вызвать разочарования Годунова. Но Борис как тонкий политик решает действовать более настойчиво. Можно было бы, разумеется, вновь писать письма другим Восточным Патриархам, ждать, пока они соберутся и совместно обсудят вопрос и что-либо решат. Но Годунов сообразил, что при умелом подходе все можно сделать гораздо быстрее, так как неожиданно в Москве впервые оказался сам Константинопольский Патриарх. В этом видели несомненный Промысл Божий, о чем прямо сказал царь Федор Иоаннович в своей речи в боярской думе. Теперь предстояло повернуть дело так, чтобы Иеремия согласился на поставление Патриарха Московского. Это была сложная задача для годуновских дипломатов. Но они с блеском с ней справились.
Прежде всего Иеремию просто оставили в покое на его Рязанском подворье на довольно длительное время. Приехавший в Москву в июне 1588 г. Патриарх в итоге вынужден был пробыть в Белокаменной почти целый год. Иеремия жил на царском содержании, в полном достатке и, наверняка, в гораздо лучших условиях, чем у себя в Стамбуле. Но никому из москвичей или иностранцев видеться с Патриархом по-прежнему не дозволялось. Фактически это был домашний арест в самых роскошных условиях.
Горделивые греки не сразу вникли в ситуацию. Поначалу Иеремия, которому через посыльных от царя и Годунова настойчиво предлагали идею Русского Патриаршества, наотрез отказывался, говоря, что без соборного обсуждения сам он такого важного вопроса решить не может. Но томление в "золотой клетке" стало сказываться, и Патриарх ответил, что он, впрочем, мог бы учредить на Москве такую автокефалию, какую имела Охридская архиепископия. При этом от москвичей требовалось поминать Константинопольского Патриарха за богослужением и брать от него Святое Миро. Понятно, что такое предложение в Москве всерьез воспринимать не могли: уже полтора века Русская Церковь была полностью автокефальной, и времена были не те, чтобы получать от греков подобные подачки.
Тем не менее, Иерофей Монемвасийский осуждал Иеремию даже за эту мизерную уступку русским. А дальше в поведении Иеремии появляются весьма своеобразные черты. Иерофей отмечал в своих записках, что Иеремия поначалу заявил о своем нежелании давать Москве Патриаршество, но потом начал говорить, что если русские захотят, то он сам останется здесь Патриархом. Едва ли самому Иеремии принадлежала идея остаться в Москве навсегда. Скорее всего это был хитроумный план Годунова, в основе которого лежала мысль о том, что дело следует начать с предложения Иеремии самому остаться в России. Вероятно, впервые эта мысль была высказана при Иеремии с подачи Годунова теми рядовыми лицами из числа русских, которые были приставлены к Патриарху для услужения (и надзора) - их мнение было неофициальным и ни к чему не обязывало.
Иеремия, по словам укорявшего его за это Иерофея, увлекся этим предложением и, не посоветовавшись с другими греками, действительно решил остаться в России. Но Патриарх обманулся приманкой - на деле то была лишь затравка, с которой начались уже настоящие переговоры не о переезде в Москву Патриарха из Стамбула, а об учреждении нового Патриаршества - Московского и всея Руси. Хотя, быть может, москвичи в качестве запасного варианта все же были готовы и на то, чтобы Константинопольский Патриарх остался жить в Москве. Такой вариант мог оказаться очень ценным и для Москвы, и для Православия в целом. Москва получила бы фактическое подтверждение своего преемства от Царьграда и буквальное основание для именования Третьим Римом. При этом Западная Русь, находившаяся в юрисдикции Константинополя, автоматически переходила бы в ведение Патриарха, переезжавшего в Москву. Тем самым создавалась реальная основа для воссоединения воедино двух половин Русской Церкви (кстати, наличие именно такого варианта - перенесения Вселенского Патриаршества в Москву, ставшего известным в Риме и Речи Посполитой, подстегнуло в дальнейшем действия западнорусских епископов-предателей к заключению унии с Римом). Москва в данном случае могла бы полностью подтвердить свое реальное первенство в православном мире, получив первое место в диптихах Патриархов.
Но у этого проекта были и отрицательные стороны, которые в конце концов перевесили его преимущества и заставили Годунова добиваться создания нового, именно Русского Патриархата в Москве, а не довольствоваться переносом Патриаршей кафедры из Стамбула. Во-первых, неизвестно было, как на все это отреагируют турки и греки: вполне возможно было, что почин Иеремии не нашел бы отклика в Константинополе, и там могли просто избрать на его место нового Патриарха. Россия при таком повороте событий осталась бы ни с чем. Во-вторых, сказывалось уже ставшее на Руси традицией подозрительное отношение к грекам, истоки которого восходили к Флорентийской унии. При всем уважении к достоинству Восточных Патриархов русские по-прежнему не доверяли грекам. Здесь было и некоторое сомнение в их Православии, и политическое недоверие как к возможным агентам Османской империи. Кроме того, Вселенский Патриарх-грек был бы в Москве фигурой, влиять на которую царю было бы намного труднее: а власть на Руси к этому времени уже привыкла держать под своим контролем дела церковные. И наконец, можно было опасаться, что Патриарх-грек будет больше печься о делах своих соотечественников, чем о Русской Церкви. Сбор милостыни для Восточных кафедр в таких условиях грозил вылиться в серьезное перераспределение русского золота в пользу греческих Патриархатов.
Поэтому правительство Годунова решило все же добиваться своего, Русского Патриаршества. И тогда в ход пошла хитрая дипломатическая комбинация: ссылаясь на то, что на Московской Митрополичьей кафедре уже пребывает Иов, Иеремии было предложено жить во Владимире, а не в Москве. При этом русские дипломатично ссылались на то, что Владимир - это формально первая кафедра на Руси (если не считать потерянного к этому времени Киева).
Но как ни велико было желание Иеремии жить в России, в почете и богатстве, без страха пережить от турок новые гонения и унижения, Патриарх прекрасно понимал, что предложенный ему вариант абсолютно неприемлем. Владимир был весьма захолустным городишком. Древняя столица, центр Русской Церкви - все это было в прошлом. К концу XVI в. Владимир стал заурядной провинцией. Поэтому естественно, что Иеремия дал отрицательный ответ на это предложение. Он говорил, что Патриарх должен быть рядом с государем, как это издревле было в Константинополе. Иеремия настаивал на Москве. Завязались новые переговоры, во время которых Иеремия, очевидно, поставил себя в безвыходное положение, сгоряча дав какие-то обещания, от которых ему затем неудобно было отказаться. В конце концов посланцы царя Феодора завили Иеремии что, если он сам не хочет быть Патриархом на Руси, то должен поставить на Москву Патриарха из русских. Иеремия пытался возражать, заявляя, что он не может этого решить самолично, но все же в итоге вынужден был дать обещание поставить Иова Патриархом Московским.
17 января 1589 г. царь созвал боярскую думу вместе с Церковным Собором: в Москву прибыли 3 архиепископа, 6 епископов, 5 архимандритов и 3 соборных старца монастырских. Феодор объявил о том, что Иеремия не желает быть Патриархом во Владимире, а свести ради него с Московской кафедры такого достойного Митрополита, как Иов, невозможно. Кроме того, Иеремия в Москве едва ли, как сказал Феодор, смог бы исполнять при царе свое Патриаршее служение, не зная ни языка, ни особенностей русской жизни. Поэтому царь объявил о своем решении просить у Иеремии благословения на поставление Иова в Патриархи града Москвы.
После заявления царя в думе уже началось обсуждение таких тонкостей, как вопрос о необходимости участия Иеремии в чине поставления Иова и возведении ряда русских епархий на степень митрополий и архиепископий. Судя по всему, вопрос об учреждении Патриаршества на Руси сочли окончательно решенным. Речь царя доказывала, что Иеремия в ходе переговоров с Годуновым полностью сдался на требования Москвы и готов поставить Русского Патриарха.
Так все было решено. Конечно, у всей этой затеи был сильный политический привкус, и в нажиме на Иеремию можно усмотреть много моментов, способных вызвать смущение. И все же устроение Патриаршества на Руси было не какой-то пустой игрой амбиций, а делом, крайне важным для Русской Церкви и мирового Православия. И это подтверждается исключительно высоким авторитетом тех людей, праведных и святых, которые выступили инициаторами этого начинания - царя Феодора Иоанновича и будущего св. Патриарха Иова.
С самого начала царь и Годунов, вероятно, не мыслили иных кандидатов на Патриаршество помимо Иова. И хотя Московский Синодальный Сборник говорит о том, что Патриархом решено было поставить "кого Господь Бог и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы московские изберут", в том, что именно Иов будет возведен в сан Патриарха, сомнений ни у кого не было. Но такой выбор был вполне оправдан: Иов наиболее подходил на роль Патриарха, что было особенно важно при учреждении нового Патриаршего устроения Русской Церкви. Впрочем, в данном случае нельзя говорить о какой-либо неканоничности: ведь и в Византии было в порядке вещей назначать Патриарха одним лишь императорским указом.
В то же время 17 января была собрана дума совместно с Освященным Собором, и государь предложил обратиться к Иову, спросив Митрополита, как он размыслит относительно всего дела с учреждением Патриаршества. Иов ответил, что он вместе со всеми архиереями и Освященным Собором "положили на волю благочестивого государя царя и великого князя, как о том благочестивый государь, царь и великий князь Феодор Иоаннович произволит".
После этого заседания думы вопрос об учреждении Патриаршества казался уже настолько решенным, что царь послал к Патриарху Иеремии думного дьяка Щелкалова за письменным изложением константинопольского чина Патриаршего поставления. Иеремия чин представил, но он показался русским чрезвычайно скромным. Тогда решено было создать свой собственный чин, переработав константинопольский Патриарший и московский Митрополичий чины интронизации. Причем, в новый московский Патриарший чин ввели характерную особенность старого русского чина, которая, конечно, была совершенно нелогичной и ненужной: стало традицией, что Митрополита Московского на Руси при настоловании повторно хиротонисали. Этот обычай появился скорее всего по той причине, что в XVI столетии было немало случаев, когда на Митрополию избирали игуменов и архимандритов - лиц, не имевших архиерейского сана, которых затем рукополагали вместе с интронизацией.
Прошло полгода со времени приезда Иеремии в Москву, прежде чем все дело установления Русского Патриаршества успешно завершилось. На 23 января 1589 г. было назначено избрание Патриарха, что было соблюдено уже почти что как формальность. Решено было избрать трех кандидатов, на которых указали власти: Александра, архиепископа Новгородского, Варлаама, архиепископа Крутицкого и Иова, Митрополита Московского и всея Руси.
23 января в Успенский собор прибыли Иеремия и члены Освященного Собора. Здесь в Похвальском приделе - традиционном месте избрания кандидатов в Митрополиты, было совершено избрание кандидатов на Патриаршество. Интересно, что в выборах не участвовали Иеремия и сами кандидаты, уже заранее знавшие о том, что их изберут. Затем все участвовавшие в выборах архиереи во главе с Патриархом Константинопольским прибыли во дворец. Здесь Патриарх Иеремия доложил царю о кандидатах, и Феодор из троих выбрал на Московское Патриаршество Иова. Только лишь после этого избранного Патриарха Московского призвали во дворец, и он впервые в жизни встретился с Иеремией.
Наречение Иова в Патриархи было произведено в царских палатах, а не в Успенском соборе, как ранее планировал Иеремия. Это было сделано умышленно. Если бы наречение совершалось в соборе, то царь и Иов должны были бы благодарить Иеремию всенародно за оказанную им честь. Но чтобы избежать этого и не поднимать авторитет Константинопольского Патриарха слишком высоко, наречение было произведено в царских палатах, а само поставление совершено в Успенском соборе Московского Кремля 26 января 1589 г.
В Успенском соборе посредине храма были поставлены сидения для царя (в центре) и Патриархов (по бокам). Первым прибыл и облачился Иов, затем - Иеремия, после этого в храм торжественно вошел царь Феодор. Иеремия благословил его, после чего государь сел на свое место и пригласил Иеремию также сесть рядом, справа о себя. На скамьях воссело духовенство. Затем ввели Иова, который, как при архиерейской хиротонии, прочел исповедание веры и присягу. Затем Иеремия объявил его Патриархом Московским и всея России и благословил. После этого Иов также благословил Иеремию. Затем они облобызались, и Иов обошел с целованием других архиереев. Затем Иеремия вновь его благословил, и Иов удалился в Похвальский придел. Началась литургия, которую возглавлял Патриарх Иеремия. Центральным моментом поставления было следующее действие: Иеремия после Малого входа стоял у престола, а Иов по окончании Трисвятого был введен в алтарь через Царские врата. Иеремия совершил над ним вместе с всеми присутствовавшими архиереями полное епископское рукоположение вплоть до произнесения молитвы "Божественная благодать...". Далее литургию возглавляли уже два Патриарха вместе. После совершения литургии Иова вывели из алтаря на середину храма и произвели собственно настолование. Его трижды сажали на Патриаршее место с пением "Ис полла эти, деспота". После этого Иеремия и царь вручили разоблачившемуся Иову по панагии. Иеремия также передал ему роскошный клобук, украшенный золотом, жемчугом и каменьями, и не менее драгоценную и изукрашенную бархатную мантию. Все это богатство должно было еще раз наглядно показать Иеремии, где теперь воистину пребывают Рим и империя. После взаимных приветствий все трое - царь и два Патриарха - воссели на своих тронах. Затем царь, встав, произнес речь по случаю настолования и вручил Иову посох святого Петра, Митрополита Московского. Иов отвечал царю речью.
Интересно отметить, что Иов получил уже третью в своей жизни архиерейскую хиротонию, так как его уже рукополагали при поставлении на Коломенскую епископскую кафедру, затем - при поставлении в Московские Митрополиты, и вот теперь - при возведении на Патриаршество.
Затем был дан парадный обед у государя, во время которого Иов отлучался для того, чтобы совершить объезд Москвы "на осляти" с окроплением града святой водой. На следующий день Иеремия был впервые зван в палаты к Иову. Здесь произошел трогательный казус: Иеремия не хотел благословить Иова первым, ожидая благословения от нового Патриарха. Иов настаивал на том, что Иеремия как отец должен его благословить первым. Наконец, Иеремию удалось уговорить, и он благословил Иова, а затем сам принял благословение от него. В этот же день обоих Патриархов приняла у себя царица Ирина Годунова. Иеремию осыпали богатыми подарками и царь, и Иов, и прочие.
Вскоре после Патриаршей интронизации состоялось поставление в митрополиты Александра Новгородского и Варлаама Ростовского. Затем на степень митрополий были возведены также Казанская епархия, где митрополитом стал будущий святитель Ермоген, и Крутицкая епархия. Архиепископиями должны были стать 6 епархий: Тверская, Вологодская, Суздальская, Рязанская, Смоленская, а также еще не существовавшая к этому времени Нижегородская (но открыть ее в то время не удалось, и она была учреждена только в 1672 г.). К двум прежним епископиям - Черниговской и Коломенской - было решено добавить еще 6: Псковскую, Белозерскую, Устюжскую, Ржевскую, Дмитровскую и Брянскую, что, правда, выполнить при Иове так и не удалось (из названных кафедр открылась только Псковская).
С началом Великого Поста Иеремия стал проситься назад, в Стамбул. Годунов отговаривал его, ссылаясь на весеннюю распутицу и необходимость оформить документ об учреждении Патриаршества на Москве. В итоге была приготовлена т.н. "уложенная грамота". Характерным моментом этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех Восточных Патриархов на учреждение в Москве Патриаршества, что вообще-то пока не соответствовало действительности. Устами Иеремии грамота вспоминает идею Москвы - III Рима, что не было одним лишь "красным словом". Следующим шагом утверждения авторитета Московского Патриархата должно было стать внесение его в Патриаршие диптихи на определенное место, соответствующее положению России, достаточно высокое. Русь претендовала на то, чтобы имя Московского Патриарха поминалось на третьем месте, после Константинопольского и Александрийского, перед Антиохийским и Иерусалимским.
Лишь после подписания грамоты обласканный и щедро одаренный царем Иеремия уехал в мае 1589 г. домой. По дороге он устраивал дела Киевской митрополии, и лишь весной 1590 г. вернулся в Стамбул. В мае 1590 г. там был собран Собор. На нем предстояло задним числом утвердить Патриаршее достоинство Московского Первосвятителя. На этом Соборе в Константинополе было только три Восточных Патриарха: Иеремия Константинопольский, Иоаким Антиохийский и Софроний Иерусалимский. Сильвестр Александрийский был болен и к началу Собора скончался. Замещавший его Мелетий Пигас, вскоре ставший новым Александрийским Папой, Иеремию не поддерживал, а потому не был приглашен. Но зато на Соборе было 42 митрополита, 19 архиепископов, 20 епископов, т.е. он был достаточно представителен. Естественно, что Иеремия, совершивший такой беспрецедентный в каноническом отношении акт, должен был оправдывать свои совершенные в Москве действия. Отсюда его ревность в защите достоинства Русского Патриарха. В итоге Собор признал Патриарший статус за Русской Церковью в целом, а не за одним лишь Иовом персонально, но утвердил за Московским Патриархом только пятое место в диптихах.
С критикой действий Иеремии вскоре выступил новый Александрийский Патриарх Мелетий, который считал неканоничными действия Константинопольского Патриарха в Москве. Но Мелетий все же понял, что происшедшее послужит благу Церкви. Как ревнитель православного просвещения он весьма надеялся на помощь Москвы. В итоге он признал за Москвой Патриаршее достоинство. На состоявшемся в Константинополе в феврале 1593 г. новом Соборе Восточных Патриархов Мелетий Александрийский, председательствовавший на заседаниях, выступил за Патриаршество Московское. На Соборе еще раз со ссылкой на 28 правило Халкидонского Собора было подтверждено, что Патриаршество на Москве, в городе православного царя, целиком законно, и что в дальнейшем право избрания Московского Патриарха будет принадлежать российским архиереям. Это было очень важно потому, что тем самым наконец-то был окончательно исчерпан вопрос об автокефалии Русской Православной Церкви: Константинопольский Собор признал ее законной. Но третьего места Московскому Патриарху все же не предоставили: Собор 1593 г. подтвердил только пятое место Русского Первосвятителя в диптихах. По этой причине в Москве на отцов этого Собора обиделись и положили его деяния под сукно.
Таким образом, учреждение Патриаршества в Москве завершило растянувшийся на полтора века период обретения Русской Церковью автокефалии, которая теперь уже становилась совершенно безупречной в каноническом аспекте.