Как не имеющий паспорта, Иоанн был взят сыскной командой и доставлен в Санкт-Петербург. Шесть лет тяжких испытаний, лишений и скорбей изменили его неузнаваемо. Он был сух и бледен лицом, одет во власяницу, подпоясан простым ремнем. Но особенно поражала всех лежащая на нем печать глубокого смирения. "Не вменяю тебе побега в проступок и жалую прежним чином", - сказала Императрица Елизавета Петровна. На это он ответил смиренной просьбой - дайте умереть монахом. После трехлетнего послушнического искуса в Александро-Невской Лавре, 13 августа 1748 года тридцатилетний Иоанн Ушаков был пострижен в монахи с именем Феодор.
В 1757 году он выехал в Саровскую пустынь. С ним выехали некоторые ученики и ученицы. Старец поместил учениц в Арзамасском девичьем Никольском монастыре, а сам с учениками поселился в Саровской пустыни. Вскоре ученицы преподобного переведены были в Алексеевскую общину, где жили в строгом следовании уставу, данному старцем.
Прожив в Саровской пустыни два года, отец Феодор возымел намерение возобновить обедневшую Санаксарскую обитель, находящуюся в трех верстах от уездного города Темникова, на левом берегу реки Мокши. К приезду отца Феодора единственная церковь обители была ветха и бедна, деревянные кельи и ограда почти развалились, кровли сгнили. В строительстве отцу Феодору помогали средствами благотворители, почитавшие его за добродетельную жизнь в Александро-Невской Лавре.
Преосвященный Пахомий, Епископ Тамбовский, призвал к себе преподобного и умолял его быть в Санаксаре настоятелем, приняв священство. Старец по смирению отказывался от хиротонии, но, убежденный Епископом, 13 декабря 1762 года был рукоположен в иеромонаха. Настоятелем преподобный Феодор был твердым и строгим. На богослужения посвящалось в сутки часов девять, а в воскресные и полиелейные дни - десять и более того; при всенощном бдении до двенадцати. В церкви он требовал раздельного неспешного чтения. О необходимости хорошего чтения настоятель говорил так: "Если, по слову апостола, в воинских полках труба будет издавать неопределенный звук, кто станет готовиться к сражению? (см.: 1 Кор. 14,8) Так и мы скорочтением будем только воздух церковный наполнять, а силы внутреннего смысла читаемого не поймем. Души наши останутся голодными духовно, без назидания. Не чтение слова Божия, а внутренняя сила и дух оного, понимаемые нами, служат нам ко спасению".
Старец завел в обители личное руководительство братии и полное откровение помыслов. Днем или ночью всякий мог идти к настоятелю. При выходе от старца чувствовалась на душе свобода и тишина.
Пища в обители была самая грубая. На монастырские послушания выходили все, во главе с настоятелем. Избегая поводов тщеславия, он не постился более, чем было установлено, и на братской трапезе питался наравне со всеми, беря всего понемногу.
Когда были вырыты рвы в основании каменной двухэтажной церкви, во время молебна прилетел рой пчел и сел на горнем месте будущего алтаря, прообразуя обильную благодать в обители и множество монахов в ней. С тех пор, от прилетевшего роя, в обители повелись пчелы.
Но старца вновь ждало тяжелое испытание. По ложному доносу Темниковского воеводы Неелова старец в 1774 г. был сослан в Соловецкий монастырь. Для допросов отец Феодор был вызываем в Воронеж, а оттуда заезжал в Задонский монастырь к пребывающему там на покое Святителю Тихону. Он принял отца Феодора с великой любовью; три дня продолжалась между ними духовная беседа. При отъезде Святитель Тихон провожал отца Феодора через весь монастырь, низко кланяясь напоследок. В Соловецком монастыре старец прожил девять лет в строгом заключении, нуждаясь в самом необходимом и испытывая страдания от холода и сильного угара. Не раз его едва живого выносили из кельи и оттирали снегом. Но и в месте заключения братия Санаксарской обители и сестры Алексеевской общины не оставляли своего любимого наставника, оказывая материальную поддержку и испрашивая его молитв.
Наконец, по ходатайству Митрополита Санкт-Петербургского Гавриила и Высочайшему повелению Екатерины II отец Феодор получил полную свободу и возвратился в Санаксарскую обитель. Монахи встречали любимого духовного отца, плача от радости, целуя ему руки и кланяясь до земли в ноги. Преподав пастырское благословение, он благодарил всех за память и любовь.
В любимой обители старец продолжал усердно работать Господу. После непродолжительной болезни отец Феодор скончался в ночь на 19 февраля 1791 г. Тело его, хотя и лежавшее в теплой келье до погребения, не издавало запаха тления. На могиле преподобного была положена аспидного камня плита с надписью: "Здесь погребен 73-летний старец иеромонах Феодор, по фамилии Ушаков, возобновитель Санаксарского монастыря, который пострижен в Александро-Невской Лавре, продолжал монашеское житие 45 лет; со всеми видами истинного христианина и доброго монаха 19 февраля 1791 года скончался".
Память преподобного Феодора Санаксарского празднуется в день его кончины - 19 февраля (по старому стилю) (4 марта, а в високосный год 3 марта по новому стилю), а также в день обретения его многоцелебных мощей - 21 апреля (4 мая н. ст.).