Далее Святейший Патриарх Алексий проследовал в Свято-Иоанновский ставропигиальный женский монастырь.
У ворот обители Первоиерарха встречали настоятельница и насельницы Иоанновского монастыря. Святейший Патриарх спустится в нижний храм-усыпальницу святого праведного Иоанна Кронштадского. Прочитав молитву Кронштадскому пастырю и приложился к гробнице святого.
Второй день визита Его Святейшества начался с посещения часовни блаженной Ксении Петербургской на Смоленском кладбище, где Святейший Патриарх совершил молебен.
Затем Святейший отправился в храм Успения Пресвятой Богородицы на Малой Охте, возведенный в 2001 году на правом берегу Невы в память о жертвах ленинградской Блокады и построенный исключительно на народный деньги. В его стенах около 7500 кирпичей с именами погибших жителей блокадного города.
Также Патриарх посетил храм Илии Пророка на Пороховых - первый петербургский храм, который Алексий II освятил, когда возглавлял Санкт-Петербургскую епархию. Как рассказал корреспонденту РИА "Новости" руководитель Воскресной школы при храме Николай Матвеев, во время визита Патриарх сожалел, что не может посетить все храмы, которые были возвращены Церкви в то время, когда он был митрополитом Ленинградским и Ладожским, и сказал, что поэтому выбрал те, что при передаче находились в самом плохом состоянии. Осмотрев церковь и его внутренне убранство, Патриарх отметил ее прекрасное нынешнее состояние. В дар храму Патриарх передал напрестольный крест. Святейшего сопровождали митрополиты Санкт-Петербургский Владимир (Котляров), Ташкентский и Среднеазиатский Владимир (Иким) и архиепископ Истринский Арсений (Епифанов).
Завершил свой визит по петербургским храмам Алексий II посещением Свято-Троицкого Измайловского собора. Патриарх осмотрел весь храм и даже спустился в подвалы, некогда затопленные водой. Сейчас подвальные помещения осушены, в них располагается трапезная.
Патриарх вспомнил, в каком состоянии был собор во времена его митрополичьего служения - посредине храма была огромная воронка от сброшенного 12-тонного паникадила, а в соборе было так холодно, что первые настоятели служили в валенках и пуховках. Алексий II осмотрел иконы, выполненные в иконописной мастерской собора. Храму Патриарх подарил выносной крест, а его прихожанам - иконки Казанской Божьей матери.
Вечером 9 июля Предстоятель Русской Православной Церкви отбыл на Валаам.