7 июня 1990 года на Поместном Соборе Русской Православной Церкви, после долгого и сложно, но искреннего и верного пути служения Богу и людям он был избран на Московский Патриарший Престол. Интронизация состоялась 10 июня 1990 года.
Большое внимание Святейший Патриарх Алексий II уделял подготовке кадров священнослужителей для Русской Православной Церкви, религиозному образованию мирян и духовно-нравственному воспитанию юного поколения. С этой целью по благословению Его Святейшества были открыты Духовные семинарии, духовные училища, церковноприходские школы; созданы структуры для развития религиозного образования и катехизации. В 1995 году устроение церковной жизни позволило подойти к воссозданию миссионерской структуры. Его Святейшество уделял большое внимание установлению в России новых взаимоотношений между государством и Церковью. При этом он убежденно придерживался принципа разделения между миссией Церкви и функциями государства, невмешательства во внутренние дела друг друга. В то же время он считал, что душеспасительное служение Церкви и служение государства обществу требуют обоюдно свободного взаимодействия между церковными, государственными и общественными институтами. При Его Святейшестве после многолетних гонений и ограничений Церкви была возвращена возможность проводить не только катехизаторскую, религиозно-образовательную и воспитательную деятельность в обществе, но и осуществлять благотворительность по отношению к малоимущим и служение милосердия в больницах, домах престарелых и местах заключения. Пастырский подход Святейшего Патриарха Алексия II снимал напряженность между учреждениями государственной системы сохранения памятников культуры и Церковью, что вызывалось неоправданными опасениями, узко корпоративными или личными интересами. Его Святейшество подписал ряд совместных документов с Министерством культуры Российской Федерации и руководством отдельных музейных комплексов, находящихся на территории церковно-исторически и духовно значимых монастырей, которые разрешают названные проблемы и дают монастырям новую жизнь. Святейший Патриарх Алексий II призывал к тесному сотрудничеству между представителями всех областей светской и церковной культуры. Он постоянно напоминал о необходимости возрождения нравственности и духовной культуры, преодоления искусственных преград между светской и религиозной культурой, светской наукой и религией. Ряд подписанных Его Святейшеством совместных документов заложил основы для развития сотрудничества Церкви с системами здравоохранения и социального обеспечения, Вооруженными Силами, правоохранительными учреждениями, органами юстиции, учреждениями культуры и другими государственными структурами.
По благословению Святейшего Патриарха Алексия II создана стройная церковная система окормления военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов. В ходе политических, социальных и экономических реформ Святейший Патриарх Алексий II постоянно напоминал о приоритете нравственных целей перед всеми иными, о преимуществе служения благу общества и конкретного человека в политической и экономической деятельности. Продолжая традицию христианского миротворческого служения, в период общественно-политического кризиса в России осенью 1993 года, чреватого угрозой гражданской войны, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял на себя миссию умирения политических страстей, пригласив к переговорам находящиеся в конфликте стороны и посредничая на этих переговорах. Патриарх выступал со многими миротворческими инициативами в связи с конфликтами на Балканах, армяно-азербайджанским противостоянием, боевыми действиями в Молдавии, событиями на Северном Кавказе, ситуацией на Ближнем Востоке, военной операцией против Ирака и так далее.
За время Патриаршего служения Его Святейшества было образовано большое число новых епархий. Таким образом, возникло множество центров духовного и церковно-административного руководства, расположенных ближе к приходам и содействующих оживлению церковной жизни в отдаленных регионах. Наряду с неустанным внутрицерковным устройством, в котором он постоянно призывал более активно и ответственно участвовать всех без исключения членов Церкви на подлинно соборных началах, Предстоятель Русской Православной Церкви уделял большое внимание вопросам братского взаимодействия всех Православных Церквей для совместного свидетельствования Истины Христовой миру. Сотрудничество между различными христианскими конфессиями ради нужд современного мира Святейший Патриарх Алексий II считал христианским долгом и путем к исполнению Христовой заповеди о единстве. Мир и согласие в обществе, к которым неустанно призывал Патриарх Алексий, обязательно включали в себя благожелательное взаимопонимание и сотрудничество между приверженцами различных религий и мировоззрений.
Голос Алексия II звучал на всю страну в самые трудные и переломные моменты современной истории. Святейший Патриарх стал достойным лицом этого непростого периода в истории Русской Православной Церкви и своего рода символом новой России. Заслуга Алексия II в том, что он всегда старался созидать новое, не разрушая старое, не вычеркивая из нашей истории даже самых тяжелых, кровавых и позорных страниц. Патриаршество этого великого человека, ознаменовались широчайшим возрождением Русской Православной Церкви. За эти годы вера стала важной составляющей жизни десятков миллионов россиян, по всей стране вновь открылись тысячи церквей и сотни монастырей. Гораздо больше людей, особенно молодых и принадлежащих к среднему возрасту, стали приходить в храмы. Стараниями Святейшего Патриарха с сентября 2003 года в российских школах стал вводиться предмет "Основы православной культуры". "Его изучение дает возможность открыть для ребенка родную культуру не в урезанном и искаженном виде, как она часто преподносилась, а во всем ее многообразии и великолепии, во всей ее духовной глубине и красоте, помочь ему полюбить эту культуру, которая по природе своей религиозна. И если мы сможем научить ребенка понимать православную культуру и сопереживать ей, то и до самой веры останется один шаг", - считал Святейший Патриарх. Христианское понимание любви и справедливости, верность Православию, точное соблюдение канонических установлений - вот основа независимой, ясной и реалистичной политики, которую проводил Святейший Патриарх Алексий II в области внешних церковных связей. Его молитвы, а Святейший Патриарх служил более 200 дней в году, возносились за каждое чадо. Святейший Патриарх - признанный духовный лидер России, ученый-богослов, миротворец, известный далеко за пределами страны, созидатель, делатель, чья работоспособность, умение добиваться поставленной цели порой просто поражают.
И конечно, символом возрождения Русской Церкви стало восстановление колосса - храма Христа Спасителя, варварски разрушенного в 1931 г. Святейший Патриарх возглавил это поистине всенародное дело.
Помимо того, что Святейший Патриарх смог восстановить единство Русской Православной Церкви, в годы его Патриаршества произошло: обретение мощей преподобного Серафима Саровского; обретение мощей святителя Иоасафа Белгородского; обретение мощей Святейшего Патриарха Тихона; обретение в Троице-Сергиевой Лавре мощей святителя Московского Филарета и преподобного Максима Грека; обретение нетленных мощей преподобного Александра Свирского. При Святейшем Патриархе Алексии II свершилось прославление св. прав. Иоанна Кронштадтского. Архиерейскими Соборами 1992 и 1994 годов были прославлены девять новых мучеников. Архиерейский Собор 1997 года канонизировал трех священномучеников, включая Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра. Кроме того, еще несколько мучеников и исповедников прославлены были в 1990-е годы как местночтимые святые в отдельных епархиях Русской Православной Церкви. Юбилейный Архиерейский Собор, состоявшийся в августе 2000 года, принял решение прославить для общецерковного почитания в лике святых новомучеников и исповедников Российских XX века более 1200 угодников, включая также тех подвижников веры, кто ранее был прославлен для местного почитания. Собором в сонме новомучеников и исповедников Российских прославлены как страстотерпцы Император Николай II, Императрица Александра, царевич Алексий, великие княжны Ольга, Татиана, Мария и Анастасия. Архиерейским Собором 2000 года было также канонизировано еще 57 святых, послужиших Богу и Церкви в разные исторические периоды. Таким образом, на Архиерейском Соборе совершен был акт, беспримерный в истории Церкви. Сонм новопрославленных русских святых, по меньшей мере, троекратно превзошел число русских святых, канонизированных за всю прежнюю историю Русской Церкви. Сонм новомучеников и исповедников Российских по числу угодников оказался соизмеримым с собором древних христианских мучеников.
Сферой особой пастырской ответственности Патриарх считал окормление лиц, находящихся в местах лишения свободы. Первосвятитель был убежден, что пастырское служение в тюрьмах и колониях - совершение Таинств, оказание заключенным гуманитарной помощи - может и должно содействовать исправлению людей, некогда преступивших закон, наилучшим образом способствовать их возвращению к полноценной жизни. За годы Предстоятельства Патриарха Алексия только в Российской Федерации в местах заключения и тюрьмах создано более 250 православных храмов и 1000 молитвенных комнат. Постоянно заботясь об укреплении братских отношений между Поместными Православными Церквами, Патриарх Алексий с особым сочувствием относился к Сербской Церкви и оказывал ей поддержку в годы страданий сербского народа от внешней агрессии. Весной 1999 г., в разгар эскалации военной агрессии НАТО против Югославии, Патриарх Московский и всея Руси прилетел в подвергаемый бомбардировкам Белград, чтобы совместной молитвой поддержать братский народ. Твердая позиция и поддержка Патриархом Алексием канонического Священноначалия Болгарской Церкви, ее Предстоятеля Патриарха Максима помогли преодолеть раскол в одной из древних православных Церквей, так же как позже он сможет предотвратить раскол в самой Руссой Православной Церкви.
Он стал символом возрождения духовности России, расцвета Русской Православной Церкви, просвещения и победы над еретиками-раскольниками, пытающимися разделить тело русской Православной Церкви. Он был духовным отцом Главы Российского Императорского Дома Ее Императорского Высочества Великой княгини Марии Владимировны, был наставником других членов Императорской Фамилии. Еще в 1991 году в Санкт-Петербург на торжества по случаю возвращения северной столице ее исторического имени прибыл Глава Российского Императорского Дома Великий князь Владимир Кириллович с супругой Великой княгиней Леонидой Георгиевной. Великий князь встретился со Святейшим Патриархом Алексием II, вместе с ним посетил Петропавловский собор и Пискаревское кладбище, Иоанновский монастырь и Царское село, Исаакиевский собор и подворье Валаамского монастыря. 21 апреля 1992 года Государь Великий князь Владимир Кириллович скоропостижно скончался. С благословения Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и с согласия властей Глава Российского Императорского Дома Государь Великий князь Владимир Кириллович был похоронен в Усыпальнице Петропавловского собора. Отпевал Государя в Исаакиевском соборе сам Святейший Патриарх. Первосвятитель Русской Церкви отечески поддержал новую Главу Императорского Дома Великую княгиню Марию Владимировну, ее Августейшую мать и Сына - Наследника Цесаревича и Великого князя Георгия Михайловича. Долгие годы Главу Российского Императорского Дома Великую княгиню Марию Владимировну и Святейшего Патриарха связывали теплые отношения, в которых Государыня воспринимала Святейшего Патриарха, как духовного отца, а Святейший Патриарх - Государыню, как духовное чадо. При этом он всегда стремился подчеркнуть, что относится к Великой княгине Марии Владимировне, как к единственной законной Главе Российского Императорского Дома, так, например, в письмах к Великой княгине Святейший Патриарх Алексий II обращался к Ней не иначе, как Ваше Императорское Величество. Когда благодаря многолетним трудам Святейшего Патриарха подписывался долгожданный "Акт о воссоединении", он посчитал, что на этом грандиозном по важности для Русской Православной Церкви и России событии обязательно должна присутствовать и Великая княгиня Мария Владимировна. В 2004 году за труды на благо возрождения России и Русской Православной Церкви Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II удостоил Ее Императорское Высочество Орденом Святой Равноапостольной Великой Княгини Ольги I степени. Вручая высокую церковную награду, Его Святейшество, в частности, сказал: "Я поздравляю Вас с юбилеем и сердечно благодарю Ваше Высочество за поддержку, которую Вы оказываете Православной Церкви, Отечеству и народу нашему".
В 2005 году с официальным визитом в Россию по благословению Священноначалия Русской Православной Церкви, чтобы принять участие в торжествах празднования 45-летнего юбилея Архиерейской хиротонии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II прибыл Цесаревич Великий князь Георгий Михайлович. А незадолго до своей смерти Святейший Патриарх Московский и всея Руси удостоил высокой церковной награды члена Российского Императорского Дома, Ее Императорское Высочество Великую княгиню Леониду Георгиевну. 7 ноября 2008 года Высокопреосвященный Епископ Корсунский Иннокентий вручил Ей грамоту и знак церковного Ордена Св. Равноапостольной Княгини Ольги 1 степени.
Святейший Патриарх удостоен высших орденов канонических Православных Церквей, а также высоких государственных наград России, Греции, Ливана, Белоруссии, Литвы и ряда других стран, являясь при этом профессором, богословом, академиком и членом многочисленных научных, общественных и благотворительных организаций.