Будущий святитель родился 21 декабря 1596 года в семье молдавского господаря Симеона, носившего фамилию Могила, что значит возвышенность или холм.
Отец его был сперва господарем Валахии (1601 – 1607), потом Молдавии (1607 – 1609). В 1612 году Могилам, после поражения их Кантемиром Мурзой, занявшим господарство, пришлось бежать в Польшу, где у них были сильные и богатые родственники. В Львовском братском училище Петр получил образование в строго православном духе, решительно враждебном унии. Он закончил свое образование путешествием за границу, где слушал лекции в разных университетах. Хорошо владел латинским и греческим языками. Некоторое время был военным и даже участвовал в Хотинской битве. Позже решил принять духовный сан, вероятно, под влиянием киевского митрополита Иова Борецкого.

