В день Святой Пасхи, 10 апреля 1821 года, святого Патриарха схватили и повесили на воротах Патриархии, а затем бросили тело в море.
Греческие моряки заметили место, где было брошено тело святителя, нашли его и на корабле кефалонийского капитана Макри Склавоса под русским флагом доставили в Одессу. Там в греческой Троицкой церкви тело святителя было погребено 19 июня 1821 года. Из Москвы для мощей священномученика было прислано патриаршее облачение и митра с крестом, принадлежавшая святейшему патриарху Никону (1652 — 1658).
В 1871 году по ходатайству греческого правительства разрешено было перенести мощи святителя Григория из Одессы в Афины к торжеству пятидесятилетия независимости Греции. В честь священномученика Григория в Афинах была составлена особая служба. Его подвиг возвестил о торжестве христианства в возрожденной Элладе.

