С начала 70-х годов на крепостных стенах монастыря развевается черный флаг с девизом: "Православие или смерть!" Эсфигмену порвал евхаристическое общение с христианами канонических Церквей и отказался поминать Патриарха Константинопольского (под омофором которого номинально находится Афон) за литургией. Община яростно сопротивляется попыткам церковных властей восстановить контроль над монастырем. В 2003 году греческие власти по распоряжению церковных властей послали небольшой полицейский отряд, чтобы выселить монахов из монастыря. Однако "осада" монастыря, продолжавшаяся несколько недель, не дала результатов, поскольку власти не решились на насильственные действия.
В 2005 году при поддержке церковных властей была создана "альтернативная" община монастыря Эсфигмену, лояльная Константинополю. Вселенский Патриархат признал за ней юридическое право на обладание монастырем.

