Антиохия
После убийства в 695 году патриарха Александра II начался период сорокалетнего безвременья - Церковь никем не управлялась, а многие христиане в условиях давления со стороны властей были исламизированы. Арабы явно покровительствовали несторианам в ущерб православным. Долгожданное рукоположение Антиохийского Патриарха состоялось около 640 года в Константинополе. Им стал Македоний, однако ни он, ни его преемники не решались появляться в завоеванной арабами Сирии, руководя делами Антиохийского патриархата из византийской столицы.
С IXв. предстоятелями Антиохийской Церкви все чаще стали избираться представители коренного населения Сирии, а арабский язык начал повсеместно использоваться в богослужении и делопроизводстве. Власти халифата в этот период открыто вмешивались в избрание патриархов, проводя к церковному главенству своих ставленников (которыми нередко были чиновники, не носившие ранее духовного сана).
Ослабление мусульманской империи породило в арабской среде всплеск фанатизма и нетерпимости. Эти тенденции нашли поддержку на высшем государственном уровне. Халиф аль-Мутаваккиль издал ряд указов, серьезно ограничивавших права немусульманского населения и предусматривавших разрушение всех церквей, построенных после арабского завоевания. После подавления восстания в городе Эмесе, поддержанного недовольными репрессивной государственной политикой христианами, халиф повелел изгнать всех православных из города и разрушить принадлежащие им храмы. Эти гонения привели к резкому сокращению христианского населения: часть «мелькитов» бежала в Византию, другая приняла ислам. Нападения на христиан и волнения на религиозной почве продолжались вплоть до середины X столетия.
Император Никифор Фока В 969 году византийский император Никифор Фока освободил Сирию, после чего обычной стала практика избрания Антиохийского патриарха в Константинополе при участии императора. Это, однако, не препятствовало предстоятелю Антиохийской Церкви проводить достаточно независимую от византийских церковных и политических властей политику. Короткий период ромейского владычества (970-1084) был отмечен обьявлением политики веротерпимости и административной церковной реформой. Среди антиохийских патриархов в этот период встречались не только греки и армяне, но и арабоязычные сиро-палестинцы.Этапным стало патриаршество Петра III (1062-1057), отличившегося попытками примирить Восточную и Западную Церковь и избежать между ними раскола. Он не захотел отлучать папу римского, надеясь на будущее покаяние Римской Церкви. Что, однако, не помешало ему в письменной форме выступить с осуждением латинских заблуждений, где, в частности, назвал интерполяцию Filioque в Символ Веры «худшим из зол».
Завоевав Антиохию (1098) крестоносцы враждебно отнеслись к сирийским христианам, не допустив их в правящее сословие и не ослабив на них государственного давления. В 1100 году на место изгнанного православного патриарха Иоанна Оксита был поставлен латинский прелат. Так был основан антиканоничный Латинский патриархат.
Мануил Комнин Православный патриарх вынуждено покинул свою паству, более чем на пятьдесят лет оставив антиохийских христиан без предстоятеля. В последующие годы борьба между латинским и православным патриархатом получила продолжение. Латинские патриархи замещали кафедры православных епископов католиками, продолжалось и параллельное преемственное существование православной иерархии. Сложные взаимоотношения между византийскими, местными и западными церковными и светскими властями способствовали перерастанию жизни антиохийских христиан в сложный клубок интриг и противоречий.В 1155 году Мануил Комнин добился поставления рукоположенного в Константинополе православного патриарха Афанасия I Манасси (1161-1170). Однако после его гибели в результате землетрясения трудности с доступом православных патриархов на кафедру продолжились. Многие из предстоятелей Антиохийской Церкви назначались и проживали в Константинополе. Они поставляли митрополитов на вакантные кафедры, но сами никогда не ступали на территорию своего патриархата, оставаясь вдали от своей паствы.
С 1268 по 1517 годы Сирия находилась под владычеством мамлюков. В ходе штурма Антиохии большинство жителей города было убито, ранено или продано в рабство. Главный город Сирии потерял былое могущество и превратился в небольшое малозначимое селение. Антиохийские православные патриархи также покинули город и после многолетних скитаний обосновались в Дамаске - новом административном и культурном центре региона.
Латинский клир был изгнан из страны, однако это никак не сказалось на жизни православной общины, которая по-прежнему оставалась непростой. Многие христианские храмы и учреждения были в этот период разрушены или конфискованы. Значительная часть чиновников-немусульман уволена со своих постов. Религиозная политика мамлюков отличалась значительно большим уровнем нетерпимости, чем это было свойственно прежним правящим мусульманским династиям. Особенно жестокими были гонения в правление мамлюкского султана Али ибн Шаабана (1362-1376). Было разрушено несколько монастырей и предан смерти патриарх Михаил I (1375).
Из последующих событий достойно упоминания случившееся в правление патриарха Михаила II (1395-1412) покорение Дамаска и Халеба Тимуром, принесшее городу большие материальные разрушения.
Флорентийская Уния не была принята Антиохийским патриархом Дорофеем (представителем которого на Фераро-Флорентийском соборе и был знаменитый Марк Эфесский).