Преподобный Маркелл был родом из г. Апамеи в Сирии. Он рано лишился своих родителей-христиан. Образование он получил сначала в Антиохии, а затем в Ефесе. Все имение, доставшееся от родителей, он раздал нищим, порвав связь с миром.
В Ефесе под руководством опытного старца Маркелл вступил на путь подвижничества, но затем ушел в Византию к преподобному Александру, игумену обители "Неусыпающих". Обитель получила название от того, что в ней псалмопение совершалось непрерывно день и ночь. Преподобный принял Маркелла и постриг его в иночество. Ревностно подвизаясь в бдении, посте и молитве, святой рано удостоился великих духовных дарований и дара прозорливости. Он провидел день кончины аввы Александра и свое избрание игуменом, но, будучи сам еще молод, не захотел иметь подначальных и временно удалился из обители. Он стал обходить монастыри, получая назидание от старцев.

