В 1864 году по инициативе генерал-губернатора М. Н. Муравьёва в Вильне был закрыт католический монастырь Сердца Иисуса женского ордена визитанок, а на его месте указом императора от 9 ноября 1864 года учреждёна православная Марие-Магдалининская обитель из прибывших в Вильно монахиней московского Алексеевского монастыря. Официальное открытие монастыря состоялось 22 июля 1865 года.
При переустройстве костёла в православный храм, была разобрана высокая четырёхугольная колокольня, украшенная большим позолоченным бронзовым сердцем, были переделаны детали наружного и внутреннего декора, добавлен купол посредине (над прежним куполом), и две башни на западной стороне, к входу пристроены сени.
В церкви, помимо главного, был устроен престол в приделе во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Придельный храм был небольшим, с колокольней. Иконостас главной церкви был трёхярусным, окрашенным под мрамор. Алтарь с большими коринфскими колоннами украшала копия известной картины Ф. А. Бруни «Моление о чаше».
При Мариинском монастыре действовала иконописная мастерская и школа для девочек сирот духовенства и дочерей чиновников, состоящих на службе в Северо-Западном крае. В школе при монастыре обучалось ежегодно до 40 девочек. В 1901 году школа была преобразована в епархиальное женское училище. Средства школы и монастыря составляли % от капитала местного духовенства (3585 руб.) и капиталов (3991 руб. 50 к.) упразднённых в 1874 году Тороканского монастыря (в Кобринском уезде Гродненской губернии близ местечка Антополь) и Борунского монастыря (в местечке Боруны Ошмянского уезда Виленской губернии). Борунский монастырь в 1886 году был восстановлен и приписан к виленскому Свято-Духову монастырю.
В начале XX века в монастыре числилось 89 монахинь. Во время Первой мировой войны с приближением германского фронта к городу монастырь был подготовлен к эвакуации. 22 июля (4) августа 1915 года архиепископ Виленский и Литовский Тихон (Белавин) в день престольного праздника св. равноапостольной Марии Магдалины совершил последнюю службу в храме женского монастыря, а 14 сентября игуменья и 114 монахиней, приют, училище на 50 человек со всем имуществом, были эвакуированы в город Минск. Через месяц из Минска монахини были направлены в Петроград. Сестёр обители по их желанию распределили по Петроградским монастырям и подворьям, многие уехали к родителям на родину, а оставшиеся 30 инокиней во главе с настоятельницей Верой (Потапенко) были направлены в Вохоновский Марие-Магдалинский женский монастырь Петроградской епархии, Царскосельского уезда.
В 1919 году,
по возвращении в Вильнюс, монахини были поселены в бывший Свято-Троицкий
монастырь, так как прежние монастырские здания возвращены католической
общине.
С 1938 года монахини обители жили при храме святого
благоверного князя Александра Невского, а в 1960 году были вынуждены
переселиться в один из корпусов Свято-Духовского мужского монастыря.
24 мая 2015 года сёстры монастыря переехали в помещения при восстановленном храме в честь св. князя Александра Невского, а монахиня Серафима (Иванова) возведена в сан игуменьи.
По материалам azbyka.ru
