В августе 1998 Кононов оказался в латвийской тюрьме по обвинению в геноциде - Латвия признала его виновным в убийстве мирных граждан на территории республики в годы Великой Отечественной войны, когда он командовал партизанским отрядом. Защита ветерана утверждает, что коллаборационисты были казнены по приговору партизанского трибунала, из-за них гитлеровцы уничтожили партизанскую группу.
Кононов вышел на свободу в апреле 2000 года. Пройдя через все латвийские судебные инстанции, в 2004 году он обратился в Европейский суд по правам человека.
Малая палата ЕСЧП 24 июля 2008 года сочла приговор Латвии в отношении Кононова незаконным на основании статьи 7 европейской Конвенции о защите прав человека. Большая палата ЕСПЧ 17 мая 2010 года отменила это решение.
В России вердикт ЕСПЧ вызвал волну возмущения. Заявления, осуждающие решение Большой палаты ЕСПЧ, приняли обе палаты Федерального собрания РФ. Политическим и не основанным на нормах права названо решение ЕСПЧ в обращении Совета Федерации к Кононову. В своем обращении сенаторы заявили, что норма международного права прямо указывает на недопустимость осуждения граждан за действия, которые на момент их совершения не являлись преступными. В документе сенаторы указали на то, что решение ЕСПЧ развязывает руки активистам правого толка, стремящимся начать массовое преследование ветеранов Великой Отечественной войны. Кроме того, решение суда можно трактовать, как очередную попытку инициировать пересмотр решений Ялтинской и Потсдамской конференций и Нюрнбергского трибунала. МИД РФ расценил вердикт ЕСПЧ по делу Кононова как оправдание нацистов и их пособников.
Адвокат советского партизана Василия Кононова Михаил Йоффе продолжит добиваться пересмотра решения большой палаты Европейского суда по правам человека (ЕСПЧ). «Я продолжу добиваться пересмотра этого решения. Мы уже обсудили эту тему с дочерью ветерана. Кононов тоже был настроен бороться и отстаивать свою правоту....», - сказал Йоффе РИА Новости в пятницу. По его словам, в ходе процесса были выявлены различные технические ошибки. Также, по словам правозащитника, Большая палата приняла свое решение, основываясь на неправильном переводе.