Между тем, Миссионерский отдел Санкт-Петербургской епархии не первый год ведет просветительскую работу, объясняя петербуржцам вред этого учения. На официальном сайте Отдела опубликована аналитическая записка «Доктор Коновалов», подробно описывающая учение псевдоцелителя. Как следует из заключения Миссионерского отдела, «Коновалов пытается соединить христианство с оккультизмом. В книгах и лекциях внушается мысль, что только Коновалов может дать правильное понимание Библии, успокоить душу человека и разрешить все вопросы веры. Он подает свое откровенно оккультное учение в псевдонаучной упаковке, при этом, запугивая близким концом света. Таким образом, читатель или слушатель настраивается на то, что святоотеческое учение Православной Церкви - это вчерашний день, позиция “наших далеких предков”, а то, что объясняет Коновалов, современно и научно».
В документе отмечается, что «несмотря на кощунства и пародирование Евангелия и церковных Таинств, Коновалов постоянно подчеркивает свою связь с Православием. На сеансах и в книгах Коновалов использует православную символику, иконы, молитвы, зал клиники именуется “храмом”, а на сеансах он говорит “проповеди”. Книга “Энергия сотворения” называется “благой вестью”. Но его учение отрицает все члены Символа Веры, кроме первого, да и его “учитель” понимает в весьма извращенном виде. Таким образом, он подпадает по анафему II Вселенского собора, который запрещает как-либо изменять Никео-Цареградский Символ Веры. В случае с Коноваловым мы сталкиваемся с непомерной гордыней и претензией на философскую и научную глубину, а на деле видим нагромождение оккультно-эзотерических банальностей». «Учение и “лечение” Коновалова С.С., “посвященного”, обладающего тайными знаниями, приобретенными вне истинного Бога и вопреки Его заповедям, служат духовной гибели людей, а не их исцелению», - говорится в сообщении, опубликованном на сайте Миссионерского отдела Санкт-Петербургской епархии.
Священник Павел Гумеров в статье «Кощунствующий целитель» , опубликованной на портале Православие.ru, отмечает, что «авторитет Церкви используется Коноваловым для рекламы своего учения, что оно, дескать, не входит в противоречие с учением церковным. Но Церковь совершенно однозначно относится к подобным целителям. Правилом 61ым 6-го Вселенского собора она отлучает их от церковного общения». По мнению священника, «"учение" Коновалова - не более, чем еще одно оккультная галиматья, замешанная на рериховщине, абсолютной безграмотности и кичливой гордыне очередного псевдоученого, которых в последние годы появляется очень много. И хочется надеяться, что и "учение" Коновалова будет разоблачено и отторгнуто нашим обществом, потому что последствия деятельности "целителей", подобных Коновалову - смерть души и непоправимое повреждение здоровья "учителя" и его подопечных».
В.Ю.Питанов в статье «С.С.Коновалов: от медицины к оккультизму», опубликованной на сайте Саратовской епархии, на вопрос: «может ли православный христианин "лечиться" у таких "докторов", как Коновалов», отвечает: «Однозначно - нет!». По его мнению, «если православный христианин решил стать последователем "религии" Коновалова, это его право, однако после этого он уже не может считать себя православным христианином. Коновалов проповедует "иное Евангелие" (Гал. 1:6-8), оккультное по своему содержанию, что приводит к поклонению "иным богам" (Втор. 7:4)».