С самого начала своего служения святитель Гермоген проявлял ревность в вере и твердость в соблюдении церковных традиций, заботился о просвещении верой Христовой казанских татар. За выдающиеся архипастырские качества митрополит Гермоген был избран на первосвятительскую кафедру, и 3 июля 1606 года возведен собором святителей на Патриарший престол в Московском Успенском соборе.
Деятельность Патриарха Гермогена совпала с трудным для Русского государства периодом - нашествием самозванца Лжедимитрия и польского короля Сигизмунда III. Первосвятитель все свои силы посвятил служению Церкви и Отечеству. С особенным вдохновением противостоял Святейший Патриарх изменникам и врагам Отечества, желавшим ввести в России униатство и католичество и искоренить Православие, поработив русский народ. Грамоты, рассылавшиеся святителем по городам и селам, возбуждали русский народ к освобождению Москвы от врагов и избранию законного русского Царя. В ответ на это поляки совместно с русскими изменниками насильно свели святого Патриарха Гермогена с Патриаршего престола и заключили его в Чудовом монастыре. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом смертной казнью. Святитель твердо отвечал: "Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога". Уже из заточения священномученик Гермоген обратился с последним посланием к русскому народу, благословляя освободительную войну против завоевателей. Более девяти месяцев томился он в тяжком заточении, и 17 февраля 1612 года скончался мученической смертью от голода.
Освобождение России, за которое с таким несокрушимым мужеством стоял святитель Гермоген, успешно завершилось русских народом. Тело священномученика Гермогена было погребено в Чудовом монастыре, а в 1654 году перенесено в Московский Успенский собор. Прославление Патриарха Гермогена в лике святых произошло 12 мая 1913 года.