1994-1995 гг. по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II Русская Православная Церковь совместно с Российской Академией наук и Правительством Москвы учредила Фонд по премиям памяти митрополита Макария и Комитет Фонда, которые взяли на себя организацию и подготовку присуждения премий в 1997 и в 1999 гг.
В 2000 году по благословению Патриарха Макарьевский фонд возглавил митрополит Мефодий (Немцов), активная деятельность которого дала новый импульс возрождению славной традиции "поощрения отечественных талантов, посвящающих себя делу науки и общеполезных занятий...".
В 2001 году 19 сентября трудами митрополита Мефодия в конференц-зале Президиума РАН состоялось торжественное вручение премий памяти Митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова) в день его 185-летия. Среди лауреатов Макариевских премий 2001 г. - видные ученые- историки, ведущие исследования в области истории Православной Церкви, истории России и истории Москвы. Вручали премии соучредители Макариевского фонда и премий - Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, президент РАН Ю.С. Осипов, мэр Москвы Ю.М. Лужков. Среди гостей присутствовали полномочный представитель президента РФ в Центральном Федеральном округе Г.С. Полтавченко, члены Правительства РФ и руководства Мэрии Москвы, вице-президенты и члены Президиума РАН, представителей дипкорпуса, Московского Государственного университета, Московской Духовной Академии.
Тогда же был объявлен новый конкурс 2003 года, в котором приняли участие десятки российских ученых. По словам председателя Экспертного совета Фонда декана исторического факультета МГУ доктора исторических наук профессора Сергея Павловича Карпова громадная работа по научной оценке представленных работ была приведена в срок, Комитету переданы рекомендации экспертов по каждой номинации Макарьевской премии. Но присуждения премий так и не произошло. Комитет по премиям так и не собрался для их присуждения.
Если в 1917 году присуждению Макарьевской премии помешала пролетарская революция, то в 2003 - кадровая. В самый разгар работ по присуждению премий в мае этого года Священный Синод нашей Церкви в нарушение Положения о Макарьевском Фонде, без согласования с соучредителями Фонда - Российской АН и Правительством Москвы, освободил от должности Председателя Макариевского фонда митрополита Мефодия и... не назначил нового.
Только через месяц спохватились и благословили архиепископа Екатеринбургского Викентия возглавить Фонд. Но, как оказалось, легко развалить дело, да трудно его наладить.
Согласно Уставу Фонда Комитет по премиям должен был утвердить лауреатов и обнародовать результаты конкурса еще в июле, а сегодня должно было состояться торжественное вручение премий. Но Комитет так и не собрался, и когда премия 2003 года будет вручена победителям конкурса и будет ли вручена вообще, остается неясным. Рекомендации Экспертного совета по присуждению премии уже стали известны научной общественности столицы, но конкурсанты ждут официального решения. Ждут ученые, представившие свои труды на соискание Макарьевской премии, ждут привлеченные к конкурсы эксперты, ждет научная общественность России. Долго ли придется ждать, и кто за все это ответит?