Утром в субботу 3 сентября, тело президента доставили из Ташкента в Самарканд. Встречать траурную процессию на улицы города вышли десятки тысяч человек, которые усыпали дорогу перед кортежем цветами.
Траурная церемония началась после обеда у мечети «Тилля Кори» на площади Регистан — главной исторической достопримечательности Самарканда. Здесь муфтий Управления мусульман Узбекистана Усмонхон Алимов прочитал джаназ-намаз (заупокойную молитву), на которой по мусульманским обычаям присутствовало несколько тысяч мужчин (женщины не участвуют).
После завершения молитвы тело Каримова, по мусульманскому обряду завернутое в 21-метровый саван, на руках отнесли к месту захоронения, на историческое кладбище Шахи-Зинда, где покоятся его родители.
На кладбище по мусульманским традициям тело президента отнесли его родственники и приближенные лица. От площади Регистан до комплекса Шахи-Зинда около двух километров. В последний путь Ислама Каримова провожали несколько тысяч человек — горожане, политики и иностранные делегации.
Последние двадцать лет на Шахи-Зинда никого не хоронят, но для первого президента Узбекистана сделано исключение.