В 1540 году, на третий день Пасхи, к селению Боровичи (в Новгородской области) по реке Осте против течения приплыла большая льдина, на которой стоял гроб (дубовая колода) без крышки, а в нем лежало тело юноши. Боясь ответственности, крестьяне шестами оттолкнули льдину к средине реки, но она возвратилась к берегу. Так повторялось трижды. Ночью старейшинам села явился во сне юноша, виденный ими на льдине, и сказал: "Я такой же христианин, как и вы. Не гоните меня. Мое имя Иаков, я получил имя в честь святого Иакова, брата Господня".
Мощи святого отрока были сначала помещены в часовне, а в 1544 году перенесены в Святодуховский храм. Тогда же было установлено ему празднование. Господь, прославляя Своего угодника, даровал мощам святого Иакова целительную силу. Полиелейное празднование установлено с 1572 года. В Иконописном подлиннике о святом Иакове сказано: "Подобием млад, наг, препоясан платом". В 1657 году Патриарх Никон часть мощей святого перевез на Валдай, в Иверскую обитель.