Ходорковский был задержан 25 октября в Новосибирске и доставлен в Москву. В тот же день Басманный суд Москвы выдал санкцию на его арест. Генпрокуратура обвиняет Ходорковского по семи статьям Уголовного кодекса, в том числе в хищении путем мошенничества в крупном размере, уклонении от уплаты налогов - как главой организации и как физическим лицом. Кроме того, Ходорковскому предъявлено обвинение в злостном неисполнении вступившего в законную силу решения суда, причинении имущественного ущерба собственникам путем обмана, подделке официальных документов, совершенной неоднократно, присвоении или растрате. В частности, Ходорковский обвиняется в том, что, будучи председателем совета директоров ОАО КБ "МЕНАТЕП", он совместно с президентом этого банка Платоном Лебедевым и другими лицами организовал мошенническое завладение 20% акций ОАО "Апатит".
Суд вынес решение несмотря на сильное давление со стороны либеральной общественности. На защиту Ходорковского двинуты лучшие адвокатские кадры, в Москву прибыл даже адвокат из США. За Ходорковского поручились больше сотни политиков, общественных деятелей, журналистов и ученых, которых он в разное время финансировал, в том числе Григорий Явлинский, Борис Немцов. Однако суд проявил твердость и оставил Ходорковского под стражей.