Промыслом Божиим начало Великой Отечественной войны совпало с днем всех святых, в земле Российской просиявших. Духовные старцы, жившие тогда, увидели в этом чудесном совпадении перст Божий. Гонители Православной Церкви забыли, что кровь мучеников - это семена христианства. Вся Россия в предвоенные годы покрылась кровью святых новомучеников и исповедников. Умирая за Истину Христову, они одерживали величайшую победу, становясь святыми угодниками Божиими, молящимися у Престола Всевышнего за страждущую Родину. По молитвам новомучеников и всех святых российских Бог сделал так, что Великая Отечественная война стала очистительной грозой для нашего Отечества. С самого начала войны целое море народа хлынуло в православные храмы. Огненные испытания заставили преодолеть страхи и вновь обрести веру миллионам людей. Верующий народ усиленно молился о спасении России, и молитва была услышана. Сонм российских святых во главе с Пресвятой Владычицей пришли на помощь нашему воинству, покрыв небесным Покровом многострадальную Русь.
По всей стране в годы Великой Отечественной войны в православных храмах служились молебны о даровании победы русскому оружию. Ежедневно за богослужением возносилась молитва "О еже подати силу неослабну, непреобориму и победительну, крепость же и мужество с храбростью воинству нашему на сокрушение врагов и супостат наших и всех хитрообразных их наветов...".
Русская Православная Церковь отзывалась на всякое изменение в ходе войны, внушала народу мысль о духовном значении этой войны как войны христианского Креста с языческой свастикой. Высоким и трогательным языком псалмов и Евангелия говорила Церковь об усилении молитвы, о готовности к жертве, о ее святости, напоминала находящимся под оккупацией о том, что они русские, чтобы они сознательно или по недомыслию не оказались предателями Родины. Позиция Церкви по отношению к изменникам совпадала с государственной; предательство определялось однозначно: иудино, с той лишь разницей, что государство не знало милости к падшим. Партизаны провозглашались не только примером, но и предметом постоянного попечения. По всей стране собирались Церковью пожертвования на нужды фронта, а их общая сумма превысила к концу войны 300 миллионов рублей. На средства верующих были сооружены танковая колонна имени Димитрия Донского и авиационная эскадрилья имени Александра Невского. Однако главным оружием, врученным Церковью нашему Отечеству, была Благодать Божия, которая несокрушимой броней покрыла Россию и ее героическое воинство.
В годы Великой Отечественной войны государство было вынуждено начать сворачивать антирелигиозную борьбу, так как не могло не считаться с Православной Церковью, которая, несмотря на все гонения, выжила и сохранила великую паству. Началось улучшение государственно-церковных отношений, хотя со стороны государственной власти это было вынужденным отступлением, умелым маневром, диктовавшимся стремлением сплотить все антифашистские силы, повысить авторитет советской власти в СССР и в мире. Однако иерархи Православной Церкви учли благоприятный момент и в период войны не только сумели сохранить Церковь, но и усилить ее позиции в обществе с целью его последующего духовно-нравственного возрождения.
Так, к 1 апреля 1946 года в СССР утроилось по сравнению с довоенным временем количество действующих церквей, составив 10 547 храмов. Из них 6077 функционировало на Украине, 2827 - в Российской Федерации, 621 - в Белоруссии, 582 - в Молдавии и 343 - в Прибалтике. Если до войны могли свободно осуществлять свою деятельность всего 4 иерарха (2 митрополита и 2 епископа), то к 1 апреля 1946 года епископат Русской Православной Церкви составляли уже 61 архиерей (4 митрополита, 21 архиепископ и 36 епископов). Из них 3 были хиротонисаны до революции, 14 - в предвоенные годы и 41 - в годы Великой Отечественной войны и в первые послевоенные месяцы. Кроме того, из числа архиереев, находящихся за границей, в юрисдикции Московской Патриархии состояло еще 17 иерархов.
Численность приходского духовенства составляла на 1 апреля 1946 года 9254 человек. Из них большая часть имела еще дореволюционный священнический стаж. Приток в клир нового поколения кандидатов на священство требовал от церковного священноначалия заботы об организации их подготовки. Открытые в 1944 году московские духовные школы, безусловно, не могли удовлетворить нужды всей Русской Церкви. В марте 1945 года Святейший Патриарх Алексий обратился в Совет по делам Русской Православной Церкви с просьбой способствовать открытию пастырско-богословских курсов в городах Ленинграде, Минске, Киеве, Ставрополе, Луцке, Львове, Одессе и Таллинне. В каждом из названных городов, за исключением Таллинна, такие курсы были организованы.
В годы войны увеличилось и общее количество православных монастырей. Если к 1938 году на территории СССР не было ни одного действующего монастыря, то в 1940 году, после включения в состав Советского Союза западных областей Украины и Белоруссии, а также Бессарабии и Прибалтики, функционировало 46 монастырей. Во время Великой Отечественной войны на оккупированных территориях появилось еще около 30 монастырей, так что общая их численность к концу войны составляла 75, а количество насельников превышало 4000 человек.
Свидетельством признания за Русской Православной Церковью права юридического лица является предоставление Совнаркомом в 1945 году церковным органам Патриархии, епархиальным управлениям, приходским общинам и монастырям разрешения на приобретение транспортных средств, на производство церковной утвари и ее продажу общинам, на право аренды, строительства и покупки домов для церковных нужд.
Однако было бы неверно идеализировать взаимоотношения между православным клиром и государственной властью в годы Великой Отечественной войны. И хотя все официальные приемы и встречи завершались здравицами в адрес Верховного Главнокомандующего, червь сомнения - что милость правителя в любой момент готова обернуться гневом - точил многих священнослужителей. Но тягостные раздумья были запрятаны глубоко в душе и уступили чувству всеобщего ликования, которое вызвало известие о победном завершении войны. Среди простого верующего народа было распространено мнение, что война непременно окончится в великий христианский праздник. Так и случилось. Неисповедимой и всемогущей рукой Промысла Божия Великая Отечественная война окончилась тогда, когда Церковь праздновала праздник праздников - Пасху Христову. На улицах Москвы гремели залпы победного салюта, а в возрожденных храмах вечное пасхальное приветствие "Христос Воскресе!" оканчивалось поздравлением: "С победой!"
Невозможно полностью отринуть мысль, которую разделяло большинство верующих, что война воистину стала всенародной Голгофой, на которой фашизм предпринял попытку распять наше Отечество. В победном мае 1945 года, в Воскресении Христовом отчетливо просматривалась надежда на грядущее воскресение России.
Война длилась 1418 дней и стала великим испытанием для народа и Православной Церкви. Русская Церковь была на священной войне не безучастным наблюдателем, а самоотверженным воином и одновременно чудесным покровом и защитой. Русская Православная Церковь не уронила в Великой Отечественной войне своей чести и достоинства и ныне продолжает отстаивать и утверждать высокие миротворческие принципы.