Родился в подмосковном селе Пехорке и с юных лет стремился к иночеству. По воле родителей вступил в брак, принял сан священства, но через год овдовел и принял пострижение в Дубенском Успенском монастыре. За добродетельную жизнь был избран игуменом обители и так много потрудился для нее, что впоследствии она стала называться его именем – Серапионовой пустынью.
Желая предаться более строгим подвигам, святой слагает с себя настоятельство и переходит в Троице-Сергиеву Лавру, в которой в 1495 г. становится игуменом. Святой пользовался большим уважением великого князя Иоанна Васильевича, и известно, что по его ходатайству он помиловал троих осужденных на смертную казнь боярынь.
Присутствуя на Соборе (1504 г.), святитель горячо отстаивал церковные и монастырские имения как средство благотворительности.
В 1506 г. хиротонисан в архиепископа Новгородского. Во время большого пожара в Новгороде, в 1508 г., святитель своими слезными молитвами умолил Господа о его прекращении.
Много бед перенес святитель Серапион: в 1509 г. он был лишен кафедры и сослан в московский Андроников монастырь. В 1511 г. св. Серапион переселяется в Троице-Сергиеву Лавру, где в непрестанном подвиге богомыслия и молитвы проводит последние годы жизни, сподобившись от Господа дара прозорливости и чудотворения.
