Основателем Православной церкви в Индонезии является архимандрит Даниил (Бамбанг Дви Бьянторо – Bambang Dwi Byantoro) – индонезиец, родившийся в 1956 г. на о. Ява.
Он вырос в мусульманской семье; в ранней юности, будучи ещё школьником, стал протестантом, а 6 сентября 1983 г. в Сеуле, где обучался в протестантском Азиатском центре теологических исследований и миссий, принял православие. Толчком послужило его знакомство с книгой «Православная церковь» епископа Каллиста (Уэра), которую он прочитал в поисках древнего христианства Востока. В том же году Бамбанг Дви Бьянторо отправился в Грецию и провёл год в православном монастыре Симона (Петра) на Афоне, где начал переводить богослужебные книги на индонезийский язык. С 1984 г. он обучался в США в греко-православных богословских школах. Завершив обучение, о. Даниил в 1987 г. был рукоположен в диакона, а в 1988 г. – в иерея епископом Питтсбургским Максимом (Агиоргусисом) и в том же году вернулся на родину.
Проповедь православия была начата о. Даниилом в 1988 г. на Яве, в родном городе Моджокерто, где он обратил в православие членов своей семьи, затем он переехал в г. Соло, где в 1990 г. был создан первый православный приход. В том же году митрополит Новозеландский Дионисий назначил о. Даниила викарием Корейской епархии Константинопольского патриархата в сане архимандрита. Для того чтобы получить легальный статус, православное движение было оформлено под названием Yayasan Dharma Тuhu (Общество прямого учения), но, поскольку название звучало слишком по-индуистски, было переименовано в Yayasan Ortodoks Injili Indonesia (Индонезийское православное евангелическое общество). В 1991 г. созданная о. Даниилом православная община была юридически признана – зарегистрирована под названием ИПЦ Министерством по делам религии в рамках Генерального директората христианских конфессий. В 1990–1997 гг. приходы Индонезийской православной миссии подчинялись Новозеландской митрополии Константинопольского патриархата. В 1997 г. была создана Митрополия Гонконга и Юго-Восточной Азии, в ведение которой была передана Индонезийская православная миссия. В 2000 г. о. Даниил обратился в Московский патриархат с просьбой, чтобы РПЦ оказала помощь становлению православной общины в Индонезии. Шесть индонезийцев прошли обучение в российских семинариях. Один из них – иеромонах Иоасаф (Тандибиланг), не завершив обучение в Белгородской семинарии, в апреле 2003 г. был рукоположен в клирики РПЦ.
В декабре 2003 г. состоялся визит председателя ОВЦС МП митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла в Индонезию. В ходе визита обсуждалось и обращение о. Даниила о переходе ИПЦ в юрисдикцию РПЦ. С учётом результатов этих бесед и в соответствии с личной просьбой глава ИПЦ архимандрит Даниил решением Архиерейского синода РПЦЗ 26–28 октября 2004 г. был принят в юрисдикцию РПЦЗ. В феврале 2005 г. в связи с нехваткой кадров он отозвал из России обучавшихся там семинаристов, и вскоре они были рукоположены в клирики архиепископом Сиднейским и Австралийско-Новозеландским Иларионом (ныне предстоятель РПЦЗ).
В настоящее время ИПЦ насчитывает свыше 2000 прихожан. Большинство общин находится на Яве, в том числе две в столице страны Джакарте, по одной в городах Соло (Суракарта), Сурабая, Моджокерто, Салатига и Бойолали, на о-вах Бали (г. Санур), Суматре (г. Медан), Сулавеси (г. Манадо), Тимор (г. Купанг) и Новая Гвинея (г. Джаяпура). Имеется 11 священников и 5 диаконов, 13 храмов и молельных домов. В Джакарте располагаются кафедральный собор Святого апостола Фомы (настоятель о. Борис) и домовой храм Св. равноапостольного князя Владимира в статусе представительства Московского патриархата в Индонезии (настоятель о. Иоасаф).
Глава ИПЦ о. Даниил всегда был сторонником сохранения церковного единства и сближения с РПЦ. Ещё до объединения РПЦ и РПЦЗ в индонезийских православных храмах осуществлялись требы для прихожан РПЦ, проживавших или пребывавших в Индонезии. С мая 2008 г. происходит евхаристическое общение, а на литургии возглашается имя предстоятеля РПЦ. Представители ИПЦ Давид и Кристина Хадининграты присутствовали на объединительном Соборе двух частей Русской православной церкви в мае 2008 г. и на интронизации Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в январе 2009 г. С 6 по 13 декабря 2008 г. по приглашению ИПЦ в Индонезии находилась делегация РПЦ в составе представителей Московского патриархата во главе с зам. председателя ОВЦС епископом Егорьевским Марком и РПЦЗ во главе с архиепископом Сиднейским и Австралийско-Новозеландским Иларионом. Это стало первым совместным визитом иерархов двух частей РПЦ, продемонстрировавшим успешное продвижение процесса воссоединения церквей. В ходе визита в Джакарте была проведена первая в Азии совместная литургия с участием иерархов двух частей РПЦ .
По материалам сайта Фонд Русский мир