Митрополит Серафим ранее раскритиковал решение провести собор, его документы и процесс подготовки как противоречащие традициям и как попытки ревизии Предания. В частности, он выражал несогласие пригласить на Всеправославный собор «инославных наблюдателей», напомнив, что прежде еретиков приглашали на Вселенские соборы лишь в качестве ответчиков. Синод Элладской Церкви включил митрополита Серафима в состав делегации, но он отказался ехать на собор, в пространном послании подробно изложив свою позицию по всем вопросам и пояснив, почему «не будет участвовать в «мерзкой игре» так называемого Святого и Великого Собора».
Предстоятелям Антиохийской Православной Церкви Патриарху Иоанну, Болгарской Православной Церкви Патриарху Неофиту и Сербской Православной Церкви Патриарху Иринею митрополит Пирейский направил «благодарственные письма за отказ от участия в созываемом Всеправославном соборе с конкретной повесткой дня и процедурой».
Митрополит пишет, что Предстоятели проявили благоразумие. «Вы сделали работу Святого Духа. Вы сделали работу живого триединого Бога. Долгих лет вам, блаженства, здоровья», — говорится в письмах митрополита Серафима.
Митрополит Пирейский регулярно выступает против экуменизма, безнравственности, несправедливости, критикует как решения церковных властей, так и гражданских.
Всеправославный собор, призванный стать первым более чем за тысячу лет собранием Предстоятелей и представителей Поместных Православных Церквей мира, оказался под угрозой срыва: ряд Церквей предложили отложить его проведение, намеченное на 16-26 на Крите (Греция), из-за несогласия с некоторыми проектами документов и вопросами процедуры собора. Однако созывающий собор Константинопольский Патриархат настаивает на его проведении в срок.