Как сообщалось ранее, Первосвятительский визит в Японскую Автономную Православную Церковь начался 14 сентября с посещения Хакодате, откуда святитель Николай начал свою миссию на Японских островах.
В первом православном храме в Стране восходящего солнца - в храме города Хакодате Святейший Патриарх возглавил молебен святому равноапостольному Николаю. В этот же день Его Святейшество посетил могилы соотечественников, похороненных на Иностранном кладбище Хакодате, и совершил заупокойную литию, после чего было совершено освящение креста, установленного в центре русского участка кладбища.
15 сентября Святейший Владыка совершил молебен святому равноапостольному Николаю Японскому в Благовещенской церкви города Сендай. Настоятелям приходов Сендайской епархии, которые пострадали в прошлом году от землетрясения и цунами, были вручены сертификаты на бесплатное получение церковной утвари, изготовленной художественно-производственным предприятием «Софрино». У памятника жертвам стихийного бедствия Предстоятель Русской Православной Церкви совершил заупокойную молитву по погибшим и возложил к мемориалу цветы. В тот же день Его Святейшество встретился с мэром Сендая Эмико Окуямой.
16 сентября Святейший Патриарх Кирилл возглавил Божественную литургию в Воскресенском кафедральном соборе Токио в сослужении митрополита Токийского и всей Японии Даниила и собора архипастырей.
Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение учредить орден равноапостольного святителя Николая, архиепископа Японского. Первый такой орден I степени Святейший Патриарх Кирилл вручил митрополиту Даниилу. Орденом святителя Николая Японского (II степени) был награжден архиепископ Сендайский Серафим, ордена и медали также были вручены ряду японских клириков и мирян.
На токийском кладбище Янака у гробницы равноапостольного Николая Японского Предстоятель Русской Церкви совершил молебен просветителю Японии. Затем Святейший Патриарх отслужил заупокойную литию по православным архиереям, похороненным в этом же месте.
Патриарх Кирилл посетил также Подворье Русской Православной Церкви в Токио. В Александро-Невском храме Предстоятель возглавил молебен святому благоверному князю Александру.
16 сентября в Токио общественности был представлен японский перевод книги Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла «Свобода и ответственность: в поисках гармонии. Права человека и достоинство личности», а также книги «И вечный бой…». Тираж передан в качестве благотворительного дара Японской Автономной Православной Церкви, а вырученные от его продажи средства будут пущены на восстановление пострадавших от природной катастрофы марта 2011 года православных храмов.
18 сентября 2012 года, в завершающий день визита, Предстоятель Русской Православной Церкви встретился с Чрезвычайным и Полномочным Послом Российской Федерации в Японии Е.В.Афанасьевым.
Митрополит Волоколамский Иларион вручил церковные награды ряду сотрудников российского Посольства, оказывающим помощь Японской Автономной Православной Церкви.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл также наградил ряд православных мирян, принявших участие в переводе на японский язык и издании его книги «Свобода и ответственность: в поисках гармонии. Права человека и достоинство личности», а также книги А.А. Хлопецкого «И вечный бой…».
В этот же день состоялась встреча Святейшего Патриарха с Премьер-министром Японии Ёсихико Нода.
В завершение визита Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл встретился с Императором Японии Акихито.
Итогам Первосвятительского визита был посвящен брифинг в токийском отеле «Нью Отани», на котором Святейший Патриарх ответил на вопросы представителей средств массовой информации.