Преосвященный Никодим был автором книги о подвижниках Архангельской и Олонецкой земли - "Архангельского Патерика" и "Олонецкого Патерика", житий преподобных Иова Ущельского и Трифона Печенгского, а также являлся одним из главных составителей многотомного труда "Жизнеописания отечественных подвижников благочестия ХVIII-ХIХ столетий". Кроме этого, им были написаны несколько сборников жизнеописаний святых угодников Божиих Санкт-Петербургской и Вологодской епархии, а также подвижников Соловецкого монастыря. Святитель Никодим являлся также автором акафиста святителю Иоанну Златоусту, за который получил благодарность от Святейшего Синода.
9 января 1911 г. в Петербурге архимандрит Никодим был хиротонисан во епископа. Хиротонию совершали митрополиты: Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский), Киевский Флавиан (Городецкий) и другие. Владыка Никодим был направлен в Курскую епархию викарным епископом. В то время в состав Курской епархии входила и Белгородская область. Будучи епископом в Белгороде, он "много потрудился в связи с состоявшимся вскоре открытием святых мощей святителя Иоасафа Белгородского. Преосвященным Никодимом были составлены две молитвы святителю, а также большой труд "Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа". В послереволюционные годы - годы гонений на Русскую Церковь, "архипастырь мужественно встал на защиту Христовой правды и бесстрашно обличал безбожную власть с амвона". В 1918 г., в праздник Рождества Христова, святитель Никодим был арестован ЧК. По просьбе верующих, требовавших отпустить владыку местные чекисты "освободили" его на один день, а просивших за него - арестовали.
На следующие сутки святитель Никодим был повторно арестован, очевидно, подвергнут пыткам и на четвертый день Рождества Христова убит. Когда Преосвященного вывели на казнь, он благословил производивших расстрел китайцев. Это произвело на них такое впечатление, что они категорически отказались стрелять в епископа, несмотря на угрозы. Были вызваны другие исполнители казни, к которым Владыку вывели уже в солдатской шинели. Это было 10 января (по новому стилю) 1918 г. Тело священномученика Никодима было брошено в общую могилу. Жители Белгорода ежедневно служили возле этой могилы панихиды, тем самым почитая память убиенного святителя.
Во время прихода в Белгород Белой армии, мощи священномученика Никодима были перенесены в Свято-Троицкий мужской монастырь и погребены близ раки святителя Иоасафа Белгородского. Определением Архиерейского Собора Русской Православной Церкви от 13-16 августа 2000 г. епископ Белгородский Никодим (Кононов) был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских.
Тропарь: Мученик Твой, Господи, во страдании своем венец прият нетленный от Тебе, Бога нашего: имеяй бо крепость Твою, мучителей низложи, сокруши и демонов немощныя дерзости. Того молитвами спаси души наша.