Но в те времена у Русского государства не было сил бороться "на два фронта": в то же время шла война на западных границах против Литвы за возвращение исконно русских земель, оказавшихся под ее властью. И при Великом князе Василии III (отце Ивана Грозного) "казанская проблема" решена не была. Между тем, набеги казанских и астраханских ханов на московские пределы продолжались, а их гнет по отношению к населению, проживавшему на землях ханства, усиливался. Но так долго продолжаться не могло. "Казанская проблема" требовала "окончательного решения", и молодой русский Великий князь Иван Васильевич начал активно искать пути ее решения.
Так как основные боевые действия между русскими и татарскими войсками проходили на правом берегу Волги, то наиболее заинтересованными в усилении Московского государства были как раз народы, проживающие в этих местах: чуваши, горные марийцы и восточная мордва.
Ставленники крымско-турецких сил, захватившие власть в Казани, были в принципе неспособны сплотить народы ханства вокруг созидательной идеи. Москва же такую идею предложила - мир и безопасность для всех, уважение к вере коренных народов, свободная и взаимовыгодная торговля.
В 1546 году в Москву прибыло посольство горных марийцев и чувашей: "прислали к великому князю бити челом горная черемиса, Тугай со товарищи дву черемисинов, чтобы государь пожаловал, послал рать на Казань, а они с воеводами государю служить хотят". При помощи русских войск горные мари рассчитывали свергнуть про-турецкий режим в Казани и добиться независимости. Совершенно иные настроения царили тогда на левобережье Волги, заселенном луговыми черемисами. Исторически сложилось так, что здесь было сильно влияние Казани, в отличие от горного правобережья, контроль над которым Казанское ханство практически потеряло к 1546 году. Воинственные луговые марийцы в составе казанского войска ходили в набеги на Русскую землю. Дошло даже до того, что в 1462 году Великий князь Иван III послал "послал на черемису князя Семена Романовича, а с ним многих детей боярских двора своего; и совокупившеся, вси пойдоша из Галича на Николин день, декабря 6, и пойдоша лесы без пути, а зима была велми студена. Тоя же зимы генваря 9, на Крещение Господне, рать великого князя прииде в землю черемисскую, и много зла учиниша земле той; людей изсекоша, а иных в плен поведоша, а иных изожгоша; а кони их и всякую животину, чего нельзя с собою имати, то все изсекоша; а что было живота их, то все взяша, и повоеваша всю землю ту, а досталь пожгоша, а до Казани за един день не доходили и, возвратившеся, приидоша к великому князю вси поздорову." ".И была убиения человеческая велика, и кровьми полияся варварская земля; блата и дебри, и озера и реки намостишаяся черемисскими костьми".
В декабре 1546 года Иван Васильевич Грозный послал рать на Казань. К нему присоединилась и рать горных черемис. Но, не дойдя до Казани примерно 30 верст, войско застряло в начавшейся весенней распутице. Такими же неудачными были и походы 1548-49 годов.
Поэтому было принято решение построить на горной стороне Волги, при впадении в нее реки Свияги крепость. В 1551 году Иванов Город на Свияге,а проще - Свияжск, был построен. Этот год считается годом вхождения горных марийцев в состав России В июне 1551 года горные марийцы были приведены к присяге на верность русскому царю. " . А государь жаловал их великим жалованьем, кормил и поил у себя за столом .". Помимо таких почестей, царь своей грамотой освободил всю горную сторону от уплаты ясака сроком на три года. Сделано это было для стимулирования экономического развития края в новых геополитических условиях. Луговая же часть марийцев, более зажиточная, по-прежнему оставалась под властью Казанского ханства.
2 октября (15 по "новому" стилю) Казань пала. Наравне с русскими войсками участие в ее взятии принимало и достаточно большое количество горных марийцев под руководством национального героя сотника Акпарса. Но покорение столицы ханства еще не означало покорения всей территории. Значительная часть населения готова была сражаться с русскими войсками. Дальновидный же царь Иван Грозный, не желая лишнего кровопролития и надеясь на покорность местного населения, разослал во все концы бывшего ханства грамоты, в которых население призывалось "идти к государю и ничего не бояться". Это предложение не осталось без ответа: представители народов Среднего Поволжья пришли к царю. Иван Васильевич принял своих бывших врагов приветливо, после изъявления покорности он дал в их честь обед, подтвердил их "привелегии", установил размер ясака ("Ясак имати, как и прежние цари имали"), а своим воеводам запретил чинить обиды местному населению.
Но мир и согласие недолго властвовали на вновь обретенных Россией землях. После ухода основных сил русских войск началось восстание луговых марийцев, инспирированное местной знатью и жречеством, поддержанными казанскими феодалами. 20 декабря 1552 года Иван IV получил сообщение о том, что "луговыми людьми" при участии "горных" были убиты царские гонцы и купцы, разграблен обоз и люди, его охранявшие, перебиты. 25 декабря царь получил еще одно сообщение о выступлениях под Казанью, которые вскоре были пресечены.
Повстанческое движение луговых марийцев, начавшееся практически сразу после взятия русскими Казани, было направлено не только против русской администрации, еще слабой и малочисленной в это время, но и за право жить так, как захочет марийская знать и жречество. Но если на горном правобережье это движение вскоре сошло на нет, то луговые марийцы на левом берегу не успокаивались еще лет 30.
10 марта 1553 года луговые марийцы, подстрекаемые жрецами-картами, резко враждебно настроенными по отношению к Православной Церкви, вырезали отряд казаков и стрельцов. На реке Меше они построили довольно грамотно укрепленный город, откуда совершали набеги на русские остроги и гарнизоны. 24 марта этого же года луговые черемисы во главе со своими вождями Зейдетом и Сараем на лыжах проникли на горную сторону, напали на русский отряд Б.И.Салтыкова и захватили его в плен. Руководитель восставших черемисов - князь Мамич-Бердей, пригласил Ногайского царевича Али "на царство" и объявил его правителем Луговой стороны. Вот что говорит летопись: "А потом взяла была черемиса луговая царя собе с Ногайския Орды, браняшеся христианом и воююще: бо тот черемисский язык не мал есть и зело кровопийствен, и обирается их, глаголют, вяще двадесять тысящей войска; потом же, разсмотривши, иже мало им прибыли с того царя, убиша его и сущих с ним татар, аки три ста, и главу ему отсекоша и на высокое древо взоткнули и глаголали: "Мы бо взяли тебя того ради на царство с двором твоим, да обороняеши нас, а ты и сущие с тобою не сотворил нам помощи столько, сколько волов и коров наших поел: а ныне глава твоя да царствует на высоком коле". Потом избиравше собе своих атаманов, биющесь и воююще с нами крепце, аки два лета, и паки потом ово примиряхуся, ово паки брань начинаху".
Восстание Мамич-Бердея закончилось трагически. Объединившиеся русские войска и горномарийские рати перешли Волгу, до основания сожгли черемисский город на реке Меше, убили свыше 10 тысяч человек и почти под корень вырезали знатную черемисскую верхушку. Самого Мамич-Бердея горные марийцы заманили на пир, разоружили 200 человек его личной охраны и, схватив, передали в руки русских властей.
Но русские власти не преследовали простых, незнатных марийцев, живших своим трудом. Зато люто преследовались откровенные враги Руси из числа черемисской знати, "агенты влияния" из Крымского ханства и Ногайской Орды. Летопись сообщает, что во время Первой черемисской войны, которая продолжалась с 20 декабря 1552 года по май 1557 года, было убито свыше 10 тысяч врагов Руси, в числе которых - князь Янчура Измаильтянин и Алек-богатырь. В летописи говорится о физическом уничтожении марийской верхушки: ".князья Иван Мстиславский и Михайло Васильевич Глинский воевали луговую черемису, захватили 1600 именитых людей, князей, мурз, чиновников татарских и всех умертвили".
В 1557 году, как сообщает Патриаршья летопись, представители участников восстания явились с повинной к русскому царю: "А с Чебоксари писал Петр Симеонович, что Мамич-Бердеевы дети и Кака Сотцкий и все достальные люди государю добили челом и к нему приехали и правду дали, а черных всех людей послал к правде приводити Данила Чюлкова. а ко государю приехали от всей земли бити челом сотные князи их, Казимир, да Кака, да Янтемир с товарищи. И Царь и великий князь их пожаловал, вин им отдал и грамоту жалованную дал, как им государю вперед служити. И Божиим изволением и его царским великим подвигом и у Бога прошением и воевод, и всех людей службою к нему, государю, казанские люди лутшие, их князи, и мурзы, и казаки, которые лихо делали, все извелися, а черные люди все с одного в холопстве и в дани учинилися.", то есть русские власти не преследовали бывших мятежников, а великодушно, по-христиански простили их.
Вторая черемисская война началась в 1572 году, когда луговые черемисы, подстрекаемые по-прежнему сильными жрецами-картами, подпавшими под влияние крымско-ногайских агентов, поднялись против по-прежнему не особо сильной русской власти в этих краях. И хотя уже были основаны и Казанский приказ, ведавший делами новых территорий, и Казанская епархия, которая несла Слово Божие новым подданным, но сила русской власти тут была невелика. Одной из причин этой войны было, как уже сказано, подстрекательство со стороны крымцев, задумавших в тот год грандиозное нашествие на Русь. Но в битве при Молоди крымцы были разгромлены, и им стало не до поддержки "сепаратистского движения". К 1574 году эта война прекратилась сама собой. В тот же год на левом берегу Волги, при впадении в нее реки Большая Кокшага русскими был основан город Кокшайск, ставший первым русским городом на земле луговых марийцев. Основание этого города явилось важной вехой в социальном, экономическом и культурном развитии края.
Третья черемисская война началась в 1581 году и была вызвана чисто экономическими причинами: русские власти резко повысили уровень ясака, и, в первую очередь, "пушной" его части. Местное население, помнящее наказ "ясак имати, аки и прежние цари имали", резко не согласились с повышением сбора и начали активную борьбу. Во время этой войны русские основали укрепленные города Козьмодемьянск (1583, на правом, горном берегу Волги), Царевококшайск (1584, ныне - Йошкар-Ола, столица Республики Марий Эл), Царевосанчурск (1584, ныне - небольшой послеок-райцентр в Кировской области) и Яранск (1591, райцентр в Кировской области) для защиты русского населения, селившегося в этих местах, от набегов воинственных черемисов.
Это восстание было подавлено к началу 90-х годов 16 века.
Хотя черемисские войны и ослабили Русское государство, но они принесли и положительные плоды. Помимо того, что началось освоение этой богатой территории, русские, начав жить бок о бок с народами Среднего Поволжья, принесли им более прогрессивные методы ведения хозяйства, более высокую культуру, старались проповедовать среди них Слово Божие. А уже в 1612 году марийцы активно участвовали в ополчении, освободившем Москву от поляков.
С тех пор русские и марийцы живут в мире бок о бок. Но, видимо, не всем это нравится. При активной поддержке Татарского общественного центра, различных "общественных" организаций из Финляндии, Эстонии, Венгрии (по сути своей являющихся филиалами разведок этих государств) поднимают голову антироссийские сепаратистские силы типа "Марий Ушем", Всемарийского совета, возглавляемого В.Л. Николаевым, которые, выступая против мифических ущемлений прав марийского народа, стремятся вбить клин между русскими и марийцами и вернуть ситуацию к середине 16 века.