По преданию, Николо-Перервинская обитель была основана во времена Куликовской битвы. С 60-х годов XVII в. монастырю принадлежала Иверская часовня на Красной площади. Никольский собор был построен в 1696-1700 гг., когда обитель являлась резиденцией Патриарха Московского и всея Руси Адриана. До построения собора в обители находились три каменных церкви: Успенская, Никольская и Сергиевская. По благословению Святейшего Патриарха Адриана эти престолы были объединены в здании нового собора. В его верхнем этаже разместился храм святителя Николая Чудотворца, в нижнем - трапезный храм во имя преподобного Сергия Радонежского, а в колокольне - церковь Успения Божией Матери. Величественный Иверский собор был построен в 1904-1908 годах по благословению священномученика митрополита Московского Владимира (позднее - митрополит Киевский и Галицкий). В 1775 году митрополит Московский Платон (Левшин) основал в Николо-Перервинском монастыре Духовные школы.
В 1940-41 годах храмы Перервинской обители были закрыты. Из рассказов старожилов известно, что в 1941 году перед Пасхой еще освящали куличи, но когда верующие пришли на Пасхальную заутреню, храмы уже были закрыты и опечатаны, а настоятель протоиерей Александр арестован.
Возрождение церковной жизни в обители началось в 1991 году. В 1996 году в понедельник Светлой седмицы, накануне престольного праздника Николо-Перервинского монастыря из Иверской часовни, что у Воскресенских ворот Кремля, в обитель крестным ходом был принесен список Иверской иконы Пресвятой Богородицы.
В 1996 году было открыто Перервинское Духовное училище, которое в 2001 году преобразовано в Духовную семинарию.