Получив 18 июня 2001г. в результате двухлетнего процесса окончательную регистрацию, Минская Реформаторская Церковь приняла решение отметить 450-летний юбилей Реформации в Беларуси проведением международной конференции в октябре 2003г. В ходе ее подготовки организаторы столкнулись с определенными сложностями. Так, за три месяца до начала встречи руководство церкви арендовало зал в Центральном Доме Ветеранов Минска. За месяц до начала конференции кальвинисты узнали, что согласно действующему законодательству церковь должна была запросить разрешение местной районной администрации на проведение мероприятия в общественном месте. За неделю до начала конференции, в которой должны были принять участие гости из Нидерландов, Польши, Украины, Германии, Южной Африки и Чехии, ее организаторы, обеспокоенные отсутствием ожидаемой реакции руководства города, вновь обратились в районные органы власти. В ответ был получен отказ - несмотря на то, что "жанр конференции не имеет непосредственного отношения к каким-либо религиозным собраниям". Сотрудник городской администрации, курирующий вопросы религии, объяснил отказ тем, что Реформаторская Церковь не является общереспубликанской религиозной организацией. В последний момент минские баптисты предоставили помещение своей церкви для проведения конференции. Кальвинисты не смогли разместить сообщения о встрече в прессе, поскольку она проходила в полуофициальном режиме.
Проведение конференции, увы, не означало окончание сложностей для Минской Реформаторской Церкви. Вскоре у представителей городской администрации возник вопрос о месте совершения богослужений. Сотрудники администрации посетили Центр белорусского языка Франциска Скарины в тот момент, когда там проходила воскресная служба. Они предупредили, что кальвинисты должны получить официальное разрешение властей на проведение служб в данном помещении. Запрос религиозной организации остался без ответа. По мнению Алексея Фролова, власти города оказывали давление на руководство Центра белорусского языка, в результате чего кальвинисты были вынуждены искать другое пристанище.
Сложности, возникающие при решении насущных вопросов Минской Реформаторской Церкви, доказывают, что кальвинисты Беларуси не имеют возможности заявить о своем существовании.