Начало истории храма святителя Николая на Трех Горах относится к XVII веку. Прародительницей его считается деревянная церковь Николы во Псарях, упоминаемая в летописях с 1628 года. Название возникло в связи с переводом сюда в первой половине XVII века (около 1637 года) Государева Псарного двора (царского «псаренного» приказа) - учреждения, отвечавшего за охотничье дело при царском дворе и за содержание царских зверинцев. Изначально Псарный двор обретался у западной стены Кремля на правом берегу реки Неглинки.
Еще в XVI веке псари - выходцы из Малороссии - ввели в практику приготовления пищи специальные приспособления - ваганы, представлявшие собой выдолбленные из дерева большие корыта. Со временем и сами «псаревики» стали именоваться «ваганами», а их слобода получила название Ваганьково. В наше время небольшой район Москвы позади комплекса зданий Российской государственной библиотеки называется Старое Ваганьково. А поселение псарей, возникшее за Пресней, получило название Новое Ваганьково.
Однако есть и другая версия происхождения данного топонима. Это место в древности было расположено между двумя крупными дорогами, одна из которых, ныне Знаменка, вела в сторону Новгорода, а другая - по нынешнему Арбату к западным землям. У развилки этих магистралей вблизи имения княгини Софии Витовтовны (1371-1453 ), супруги великого князя московского Василия I, в пятнадцатом веке возникло село, в котором был организован Государев потешный двор, притягивавший к себе бродячих артистов, коих в старину именовали вагантами. От них-то якобы село и получило своё название.
Здесь позднее стали устраивать гулянья для москвичей. Потехи эти имели столь широкий характер, что в 1627 г. царь Михаил Феодорович строго запретил люду ходить сюда, а ослушников приказал бить кнутом. Однако сам нередко посылал в Ваганьково за актерами, дабы те развлекали знать на различных празднествах.
В 1695 году храм полностью перестроил живший по соседству думный дьяк Гавриил Феодорович Деревнин, известный также как строитель каменной церкви Илии Обыденного на Остоженке.
В конце XVII века Три Горы были малолюдным местом с очень небогатым населением, но в первой половине следующего столетия ситуация резко меняется, так как урочище превращается в дачный поселок состоятельных москвичей. Некоторые вельможные особы впоследствии стали постоянными жителями Нового Ваганькова и были приписаны к Свято-Никольскому приходу.
Разрешение на строительство каменного храма на месте деревянного было получено в мае 1763 года (по другим данным, строительство каменного храма началось в 1762 году). Он был небольшим. В последующие годы его неоднократно расширяли, добавляя приделы - сначала святителя Димитрия, митрополита Ростовского, а затем, в 1785 году, - во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник».
На рубеже XVIII и XIX столетий по соседству с храмом на берегу Москвы-реки купцы Прохоров и Резанов основали ситценабивную фабрику, впоследствии ставшую знаменитой Трехгорной мануфактурой.
Василий Иванович Прохоров (1755-1815) был купцом 3-й гильдии, основателем династии московских промышленников Прохоровых. Он родился в семье крестьянина, приписанного к Троице-Сергиевой Лавре. Мальчиком его отдали учиться на пивовара, и до 1771 года Василий работал приказчиком по пивоваренному делу. Став взрослым, он оставил этот промысел, так как считал его несовместимым с христианским благочестием, и занялся ситценабивным делом. В 1799 году совместно с мастером красильного дела Федором Резановым В.И.Прохоров построил на холмах, носивших название Три Горы, ситценабивную мануфактуру. Впоследствии Резанов из дела вышел, и В.И.Прохоров выкупил его долю. В 1812 году предприятие пострадало от наполеоновских оккупантов. Это сильно сказалось на здоровье В.И.Прохорова, и он передал дело своему сыну Тимофею. Василий Иванович Прохоров скончался в 1815 году и похоронен в Москве на Дорогомиловском кладбище.
Почти сто лет, вплоть до 1896 года, Прохоровы были ктиторами и попечителями Свято-Никольского храма. Их деятельность оставила заметный след не только в экономической, но и в церковной жизни Москвы. Прохоровы активно участвовали в благотворительности, учреждая больницы и приюты. К примеру, талантливый скульптор Е.И.Беклемишева, урожденная Прохорова, открыла в 1892 году столовую для голодающих и тифозную больницу, где она заразилась и умерла.
Описывая в своей книге «По землям московских сел и слобод» достопримечательности в окрестностях храма святителя Николая на Трех Горах, С.К.Романюк сообщает: «Если спускаться вниз по Среднему Трехгорному переулку, то на краю холма можно увидеть особняк Прохоровых (№ 1). Его построили примерно в 1836 году, а во второй половине XIX века пристроили новые помещения. Другой прохоровский особняк, похожий на романтический средневековый замок, находится в Большом Трехгорном переулке, позади современного жилого дома № 1/26. Построен он был в 1884 году архитектором В.Г.Залесским».
Во время Отечественной войны 1812 года Три Горы пострадали от пожаров и грабежей меньше, чем другие районы города. Немалую роль в сохранения района и его храмов сыграли дипломатические способности В.И.Прохорова и его старшего сына, не покидавших город.
После эпидемии холеры, прокатившейся по Москве в 1848 году, в благодарность Господу Богу за избавление от нее Свято-Никольский храм решили полностью перестроить. К концу 1860 г. к храму пристроили обширную трапезную и высокую колокольню, увеличив его площадь в два с половиной раза. Строительство осуществлялось исключительно на деньги, собранные прихожанами.
Особо стоит упомянуть настоятелей храма, служивших в нем всю вторую половину XIX века, - протоиерея Руфа Ржаницына и сменившего его иерея Евгения Успенского, которые были выдающимися тружениками на ниве духовного окормления народа. Чтобы оценить их труд, достаточно отметить, что в период их настоятельства Свято-Никольский приход был самым многочисленным в Москве. Вечерние и утренние богослужения совершались ежедневно, а в воскресные и праздничные дни в храме нередко служили три литургии.
Приходом велась активная попечительская и социальная деятельность. Так, в 1861 году при храме был создан Попечительский совет о приходских бедных, который собирал сведения о неимущих прихожанах и доводил до них адресную помощь. Кроме того, отец Руф основал первую в Москве женскую двухклассную приходскую школу, призванную дать девушкам новые знания и навыки в условиях резко усложнявшейся жизни большого города. В начале 1900-х годов в этой школе обучались почти 90 воспитанниц.
Постоянный рост числа прихожан потребовал ещё одной капитальной перестройки храма. По другим сведениям, перестройка оказалась необходимой из-за отсутствия гармонии между старым зданием XVIII века и пристройками 1860 года. Она началась в 1900 года на основе проекта, подготовленного известным архитектором Георгием Александровичем Кайзером (1860-1931) и утвержденного лично Императором Николаем II. Средства на работы выделила семья Копейкиных-Серебряковых, владельцев крупной фирмы розничной торговли. Перестроенная церковь была заново освящена 1 декабря 1902 года, однако реконструкция полностью завершилась только в 1908 году (отметим, что проект Г.А.Кайзера был вновь воспроизведён при восстановлении храма в 1991-2000 годах).
События 1905 года, центром которых стала Пресня, не имели серьезного отражения на жизни и деятельности Свято-Никольского прихода. Численность его оставалась стабильной, а порядок вокруг храма поддерживали сами рабочие Трехгорной мануфактуры. Эта ситуация повторилась и в мятежном 1917 году: на Трёх Горах было относительно спокойно даже во время уличных боев. Наверное, тот факт, что приход на 90% состоял из рабочих крупного предприятия, объясняет и относительную безопасность причта храма во время репрессий 1918 года, унёсших жизни более 3 тысяч клириков только в центральной России.
Несмотря на мощное развертывание государственного атеизма, вопрос о закрытии храма не стоял до второй половины 1920-х годов. Как и все московские храмы и монастыри, весной 1922 года он пережил кампанию изъятия церковных ценностей, утратив более 12 пудов золотых и серебряных изделий. Но духовная жизнь не прекращалась. Стоит отметить, что в 1920-х годах одним из регентов храма был Александр Васильевич Александров, в дальнейшем автор гимна СССР и основатель Ансамбля песни и пляски Советской Армии. Многие считают, что именно в русской духовной музыке находятся истоки мощного, впечатляющего звучания работ этого незаурядного музыканта.
Храм святителя Николая на Трех Горах был закрыт в 1928 году, несмотря на многочисленные просьбы верующих. К концу 1930 года с церкви сняли главы, в стенах прорубили проемы, разобрали верхние ярусы колокольни. Здание использовалось как дом пионеров (или дом культуры) имени Павлика Морозова. Судьба клириков оскверненной святыни точно не установлена, но не исключается, что большая часть их погибла в годы безбожных репрессий.
7 июля 1992 года было принято постановление Правительства Москвы №472 о предоставлении в бессрочное (постоянное) пользование участка во вл. № 9 по переулку Павлика Морозова приходу храма святителя Николая на Трех Горах Московской епархии Русской Православной Церкви. Регулярные богослужения возобновлены в 2001 году. По воскресным дням с 8 часов совершаются молебен, часы, Литургия, по средам и пятницам с 8 часов - утреня, часы, Литургия, по субботам с 8 часов - утреня, часы, Литургия, с 17 часов - всенощное бдение. С 2009 года в храме поют певчие Московского Синодального хора под руководством заслуженного артиста России Алексея Пузакова. При храме действует воскресная школа.
В марте 2009 года при храме находится Синодальный отдел Московского Патриархата по взаимоотношениям Церкви и общества, председателем которого является настоятель храма протоиерей Всеволод Чаплин.
Местной достопримечательностью, расположенной в непосредственной близости от храма, является обсерватория МГУ имени М.В.Ломоносова. О необходимости астрономической обсерватории в университете начали говорить еще в 1803 году. Сначала предполагалось построить ее в ботаническом саду на Первой Мещанской улице, но для обсерватории необходимо было возвышенное место. Благодаря богатому греку Зое Павловичу Зосиме такое место университет получил в 1827 году. В дарственной мецената говорилось, что он жертвует "дачу, находящуюся в Пресненской части на Трех Горах, <...> на устройство на оном месте Обсерватории, или на что другое полезное с Высочайшего утверждения Его Императорского Величества". Место действительно было вполне удобным для астрономических наблюдений и измерений: на высоком холме, где горизонт не был загорожен строениями, достаточно далеко от больших проезжих улиц, где не было сотрясения от езды тяжелых экипажей. В 1830 году началось строительство. Возвели деревянный дом для астронома-наблюдателя и хозяйственные строения по линии Нововаганьковского переулка (№ 5). Главное здание обсерватории, поставленное в глубине участка, было закончено осенью 1831 года. Автором строений явился архитектор Д.Г.Григорьев, а все хлопоты по определению места постройки, наблюдению и приобретению инструментов лежали на профессоре университета Д.М.Перевощикове. Здесь, в одной из старейших русских обсерваторий, работали многие известнейшие ученые. Многие астрономы получили здесь первые навыки работы с астрономическими инструментами. Здание обсерватории находится сейчас на государственной охране и как памятник архитектуры, и как памятник истории.
Михаил Ефимов, кандидат богословия, сотрудник Синодального отдела по взаимоотношениям Церкви и общества.
