Место, на котором возвели этот храм, определила история - здесь в старину проходила из Кремля Большая дорога в Золотую Орду, поэтому с той поры одна из центральных улиц Замоскворечья, к которой прилегает Черниговский переулок, названа Ордынкой. По ее обеим сторонам тогда жили "ордынцы" - и сами татары, и русские дворцовые слуги, возившие в Орду грамоты от великого князя, и "толмачи" - устные переводчики. Мирные татары приезжали сюда торговать, в основном, лошадьми и выделанными кожами, и в Кожевниках, восточном районе Замоскворечья, находился Ногайский двор, куда на торг пригоняли целые табуны коней.
Эта московская окраина на правом берегу Москвы-реки против Кремля становится известна примерно с того времени, с XIV века, и именовалась поначалу Заречьем. Поскольку вода часто заливала ее во время весенних разливов реки, то здесь раскинулись превосходные заливные луга, где паслись царские стада и заготавливали сено, отчего появилось и второе название - Великий луг.
Отсюда открывался великолепный вид на сверкающий золотом Кремль, но знатные люди сперва не жаловали Заречье: почва здесь была топкой и заболоченной. Кроме того, добраться сюда из Кремля можно было только на переправе.
Во время татаро-монгольского нашествия здесь, на главном пути в Орду, по преданию, где-то в районе современного 2-го Новокузнецкого переулка стоял "болван" - будто бы языческий идол, которому поклонялись татары, или войлочное изображение хана. (Другая версия связывает болван не с языческим идолом, а с кузнечным делом, для которого изготовляли железные болванки. Такое же название есть и в Таганской слободе, где также "болвановки" соседствуют с кузнецами Котельников. А Сытин полагал, что это вообще были деревянные болванки для изготовления головных уборов.)
Так или иначе, но тогда в Замоскворечье точно был определенный политический центр, где русские князья присягали Ордынским правителям, подписывали с ними договоры и главное, приносили собранную дань - ее тогда должна была платить вся Русь, а не только Москва. В XIV веке в Орде были убиты черниговский князь Михаил и слуга его Феодор. Они погибли за христианскую веру и за отказ исполнить языческий обряд очищения- пройти между костров для безопасности хану.
Спустя столетие именно здесь, на Болвановке, Иван III, когда ему вручили ханскую басму о дани, разбил ее в гневе и втоптал в землю. А послов приказал казнить, считая, что усилившаяся и окрепшая Московия, обстраивающая в то время свой Кремль величественными соборами итальянских мастеров, больше не подчиняется татарскому хану. Хан Ахмет вышел тогда против Руси с войском и в 1480 году после двухнедельного стояния на реке Угре увидел "Сияющую Деву" - Божию Матерь, Которая велела ему уйти из Русской Земли. Хан со страхом обратился в бегство - и так поспешно, что удивились сами русские. Иго пало.
А в Заречье в конце XV века по повелению Ивана III был разбит великолепный Государев Красный сад, в котором разводили фруктовые деревья и цветы.
Церковь в Черниговском переулке построена, по легенде, на месте встречи святых мощей мучеников Михаила и Феодора, которые почивают в усыпальнице Архангельского собора Московского Кремля. Эта встреча, или, как писали в старину, "сретение", произошла 14 января 1578 года, при Иване Грозном, и еще в конце 17 века храм значился как построенный в честь встречи св. мощей.
Эта часть Замоскворечья очень древняя в московской истории: в далекую старину на месте Черниговского переулка был бор, с разбросанными вокруг маленькими слободками, где была построена церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи, "что под Бором", - в том же Черниговском переулке. По мнению специалистов, это доказывает, что селиться здесь стали очень рано, когда территория еще была покрыта бором. Есть и другая версия о том, что в названии этой церкви имеется в виду кремлевский сосновый бор, давший имя самому Боровицкому холму, а значит, шла речь о тех же древнейших временах. В Кремле издревле находилась Предтеченская церковь с монастырем, который, возможно, и перевели оттуда в Замоскворечье, а потом - на Кулишки близ Солянки где на крутой горке и сегодня возвышается Ивановский монастырь. Церковь Иоанна Предтечи, перестроенная в петровское время, а потом и в начале ХХ века Ф.Шехтелем, дожила до нашего времени и соседствует с церковью Черниговских чудотворцев.
Деревянный храм в их честь документально известен с 1625 года, и построен в камне в 1675 году (по другим данным, в 1695 г.) на средства купеческой вдовы Милютиной. Первоначально он возводился как придельный храм к упомянутой соседней церкви Иоанна Предтечи, а потом был к ней приписан.
Еще до революции один авторитетный московский краевед отмечал, что в Черниговской церкви, кроме старины, ничего ценного нет - и ошибся. В ней находилась икона "Троица ветхозаветная" школы мастеров Оружейной палаты, которая после закрытия храма была передана в Третьяковскую галерею. Сама церковь в 1924 году сначала была отдана баптистам, а потом использовалась как склад.
С середины 70-х годов минувшего века началась ее реставрация. Тогда купола церкви покрыли изумрудной глазурованной черепицей, а сам храм наконец-то поставили на государственную охрану - за ту самую ценную старину. В 1991 году церковь возвращена верующим.
За поворотом с Черниговского переулка открывается красивый вид на старинный особняк с палатами XVII века, в начале прошлого столетия перестроенный под московскую гимназию Касицына. Прекрасный архитектурный ансамбль - целая симфония старой Москвы, церковной и мирской, гражданской.