Митрополит Варненский Иоанн (Иванов) родился 13 февраля 1969 года в г. Ямбол. Среднее образование получил в том же городе. В 1991–1993 годы обучается в Софийской духовной семинарии им. св. Иоанна Рильского. Затем заканчивает богословский факультет Софийского университета им. св. Климента Охридского, после чего проходит стажировку в Московской духовной академии им. прп. Сергия Радонежского, где защищает кандидатскую диссертацию на тему «Учение о покаянии по творениям свт. Тихона Задонского». Полученная им ученая степень кандидата богословия приравнивается в Болгарии к степени доктора богословия.
1 июля 1998 года поступает в Кокалянский монастырь св. Архангела Михаила, где 6 ноября того же года был пострижен в монашество Макариопольским епископом Гавриилом (ныне митрополит Ловчанский). 24 апреля 1999 года рукоположен во иеродиакона, а 26 апреля — во иеромонаха. 1 апреля 2002 года назначен протосингелом Софийской митрополии, 28 апреля того же года возведен в архимандритское достоинство. 18 марта 2007 года хиротонисан во епископа Знепольского и занял пост викария Софийского митрополита.