Эта святыня, на которой находятся изображения Казанской иконы Божией Матери и священномученика Ермогена, Патриарха Московского и всея Руси, была принесена одним из прихожан в монастырь в середине 90-х годов. Хоругвь, длительное время хранившаяся на чердаке частного жилого дома, была в очень плохом состоянии. Она была отдана на реставрацию в мастерскую Троице-Сергиевой Лавры, где и было установлено время ее изготовления. По имеющимся данным, она является единственной сохранившейся хоругвью из подобных ей, созданных к торжествам, посвященным прославлению Патриарха Гермогена в лике святых 25 мая 1913 года.
24 сентября 2011 года во время проведения по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Всероссийского Крестного хода с новонаписанной иконой священномученика Ермогена, Патриарха Всероссийского по пути второго наградного ополчения Минина и Пожарского, крестоходцы посетили Борисоглебский монастырь. Там, у раки с мощами преподобного Иринарха и находилась эта хоругвь. Председатель правления Фонда по установке памятника Патриарху Гермогену, кандидат исторических наук Галина Васильевна Ананьина обратилась с просьбой к настоятелю Борисоглебского монастыря игумену Иоанну (Титову) о передаче Фонду этой хоругви на период проведения мероприятий, посвященных 400-летию со дня мученической кончины и 100-летию прославления в лике святых священномученика Ермогена, Патриарха Московского и всея Руси. Игумен Иоанн благословил передачу хоругви фонду на период проведения памятных мероприятий в рамках юбилейной программы «Гермогеновские торжества».
С этого времени Хоругвь участвовала практически во всех мероприятиях, посвященных подвигу, прославлению и почитанию священномученника Ермогена, Патриарха Московского и всея Руси. Она присутствовала на богослужениях, проводимых Святейшим Патриархом Кириллом в Успенском Соборе Московского Кремля, присутствовала на освящении закладного камня в основание памятника Патриарху Гермогену, в основание Храма во имя священномученика Ермогена в Крылатском, а также на церемонии открытия памятника Священномученику Ермогену в Александровском Саду у стен Московского Кремля. Информация об этих и других мероприятиях Фонда подробно освещалась в СМИ, ее можно увидеть на официальном сайте Фонда.
Церемония возвращения хоругви была организована Фондом при поддержке настоятеля Патриаршего Подворья Храма Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках игумена Иоанна (Ермакова) и президента Русского культурно-просветительного фонда имени святого Василия Великого, председателя оргкомитета партии «Народное движение "Святая Русь"» Василия Бойко-Великого, предоставившего делегации комфортабельный автобус с символикой «За возрождение России».
В состав делегации вошли представители Казачей общины во имя священномученика Гермогена – «Спас», общероссийского общественного движения «Народный Собор», Елизаветинского-Сергиево просветительского общества, общественного движения «Алтарь Отечества», общероссийского Женского православного общества, а так же нештатные сотрудники Фонда по установке памятника Патриарху Гермогену и прихожане Храма Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках. Делегацию сопровождал духовник политического общественного движения «За веру и Отечество», иеромонах Никон (Беловенец).
День возвращения хоругви совпал с торжествами, посвященными празднованию 650-летия поселка Борисоглебска. Крестным ходом хоругвь была доставлена на центральную площадь Борисоглебска, где в это время проходили праздничные мероприятия с участием Губернатора Ярославской области Сергея Ястребова, митрополита Ярославского и Ростовского Пантелеимона, епископа Рыбинского и Угличского Вениамина и множества почётных гостей, среди которых была первая женщина-космонавт Валентина Терешкова. Крестный ход органично влился в ход торжеств. Галина Ананьина обратилась с приветственным словом к собравшимся на площади гостям и жителям Борисоглебска. Она вручила подарочные иконы священномученика Ермогена с благословением Святейшего Патриарха Кирилла губернатору Ярославской области и митрополиту Ярославскому и Ростовскому. После этого хоругвь Крестным ходом была доставлена в монастырь, в Храм Бориса и Глеба, где у мощей Преподобного Иринарха был совершён молебен.
После проведения официальной части мероприятий, игумен Иоанн пригласил участников делегации посетить трапезную монастыря, где все смогли оценить непревзойденное качество и вкус блюд монастырской кухни.