Реформа российских академий, предложенная Правительством, вызвала бурную дискуссию в обществе. Авторитетный журнал «Эксперт» собрал мнения известных ученых России о реформе РАН. По поводу будущих перемен высказались многие видные российские ученые. В частности, президент Всероссийского Фонда Образования Сергей Комков заявил следующее:
«Это целенаправленные действия по уничтожению российской фундаментальной науки, которые члены экспертного совета Всемирного банка предпринимают уже несколько лет, еще с 1998 года. Они консультируют правительство, располагаются на базе ВШЭ, которая давно ведет с РАН упорную борьбу. А заместитель министра Ливанова Александр Климов официально является членом экспертной группы Всемирного банка. Этот банк только формально числится при ООН, финансируется он в основном США и большинство программ реализует под их диктовку».
По мнению Комкова, расформировывая действующую структуру РАН, правительство ставит науку на колени перед чиновниками и, что хуже всего, тем самым на руку США. Им всем Академия - как кость в горле, потому что когда ее разорят, нас можно брать голыми руками. «Я думаю, - говорит Сергей Комков, - все, что сейчас происходит - это ответный ход ВБ на смелые действия нового президента РАН Владимира Фортова. Да, не все в порядке в нашей Академии, но Фортов и собирался ее основательно реформировать. Но ему не дали даже начать реформирование и наведение порядка потому что поняли, что тогда у экспертной группы ВБ не останется главного козыря, который они все время и разыгрывали. А этим козырем были слабые стороны РАН, которые они активно использовали, чтобы наложить на нее лапу. Вот и решили сыграть ва-банк, действовать на опережение».
По его мнению, «сейчас будут наукой управлять по сути эти ребята, а значит, сократятся средства на фундаментальные исследования. Южная Корея тратит на науку и образование 25% ВВП, поэтому лидирует в техническом прогрессе и инновациях. А мы меньше 3% ВВП тратим на образование и 2% - на науку. Если будет еще меньше, то мы прекратим фундаментальные исследования и обеспечим себе отставания во всех сферах в долгосрочной перспективе».