Семинария основана в 1858 году, когда в Якутск по ходатайству святителя Иннокентия (Вениаминова) с острова Ситхи (ныне – остров Баранова, штат Аляска) была переведена Новоархангельская духовная семинария, переименованная в Якутскую. Возглавил ее протоиерей Дмитрий Васильевич Хитров, в последующем – первый епископ Якутский и Вилюйский Дионисий.
В 1884 году численность воспитанников семинарии не превышала сорока человек, но уже в начале ХХ века их количество возросло до 170-ти, и учебное заведение вышло на первое место в Восточной Сибири. Выпускники, получавшие превосходное образование, высоко котировались и были востребованы во всех областях жизни, а не только на епархиальной службе.
В 1920-м году деятельность семинарии была прекращена. И лишь в 2006 году стараниями епископа Якутского и Ленского Зосимы (Давыдова) в Якутске было открыто духовное училище. Однако преобразование в семинарию произошло только в 2011 г. – благодаря ходатайствам епископа Якутского и Ленского Романа, по благословению Патриарха Кирилла и решению Священного Синода Русской Православной Церкви. На сегодняшний день это единственное на Северо-Востоке Сибири высшее духовное учебное заведение Московского Патриархата.
Общее переживание момента как нельзя лучше передал епископ Якутский и Ленский Роман: «Новейшая история» еще совсем юная, и кажется, что мы не много значим – в количественном отношении. Но когда-то Христос, обращаясь к своим ученикам, сказал, что они – соль земли. Соли по определению не может быть много. Однако она является тем средством, которое и пищу делает пригодной, и сохраняет ее от разложения. Нас немного, но мы – соль земли. И основа нашего существования есть вера и благочестивая жизнь. Если мы утратим это, то можно будет говорить об опасности. А до тех пор, пока мы будем сохранять и приумножать знания богословские, и правильно, по-христиански жить, можно сказать, что возрождение нашей духовной школы продолжится».
Управляющий епархией сердечно поблагодарил ректора Якутской духовной семинарии игумена Андрея (Мороза) за неутомимые труды и генеральное направление, задаваемое им жизни школы, а также всех преподавателей, «наипаче же – выпускников Московской духовной академии прошлого года, не просто влившихся в коллектив, а составивших его костяк, трудясь жертвенно и самоотверженно».
Также он огласил послание Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, в котором сказано, в частности: «Теперь же для большинства из вас начинается новый период жизни. Приобретенные знания, умения, навыки вам предстоит употребить на пользу людям, да прославится имя Господа нашего Иисуса Христа в вас, и вы – в Нем, по слову апостола».
«Русская пословица гласит: век живи – век учись. Учись, прежде всего, науке из наук – науке духовной жизни, жизни во Христе. На этом пути множество искушений и соблазнов, но впереди и благодатное утешение свыше и познание милости Божией, Его долготерпения, премудрости, неизреченной любви. Чем больше мы будем устремлять свое сердце к источнику всякого совершенства, тем плодотворнее будут наши труды на пользу святой Церкви», - отмечается в поздравлении Патриарха.
Со словами приветствия и напутствия к присутствующим обратились ректор Якутской духовной семинарии игумен Андрей и гости мероприятия – руководитель Департамента по делам народов Республики Саха (Якутия), кандидат экономических наук А.Е. Сергучев; президент Академии наук РС(Я), профессор, доктор геолого-минералогических наук И.И.Колодезников; заместитель главы г. Якутска по социальным вопросам Е.И.Евсикова; директор Якутского филиала Байкалького государственного университета экономики и права Л.Н.Цой.