Впервые в России идея создания следственного ведомства, организационно и функционально независимого от иных органов государственной власти, была реализована Императором Петром I в ходе судебной реформы, одним из направлений которой стало разделение уголовного процесса на стадии предварительного расследования и судебного разбирательства.
В 1713 г. были учреждены первые специализированные следственные органы России — «майорские» следственные канцелярии, которые в соответствии с Наказом «майорским» следственным канцеляриям от 9 декабря 1717 г. были подчинены непосредственно Петру I. К подследственности этих органов были отнесены дела о наиболее опасных деяниях, посягающих на основы государственности, в первую очередь о преступлениях коррупционной направленности, совершаемых высокопоставленными должностными лицами органов государственной власти (взяточничество, казнокрадство, служебные подлоги, мошенничество).
В ходе реформ Императора Александра II было принято решение вывести следственные органы из состава полиции и передать их в организационную структуру судов. В 44 губерниях Российской Империи были введены 993 должности судебных следователей.
Серьезным изменениям следственная система подверглась в советское время. 22 ноября 1918 г. был образован единый следственный отдел ВЧК, а 11 августа 1921 г. — следственная часть при Президиуме ВЧК. Начиная с августа 1918 г. формировались следственные подотделы либо при каждом отделе губернской или уездной ЧК либо при соответствующем органе в целом. По постановлению СНК СССР от 5 ноября 1936 г. «О структуре Прокуратуры Союза ССР» в Прокуратуре СССР был учрежден следственный отдел. Согласно Указу Президиума Верховного Совета СССР от 6 апреля 1963 г. в Министерстве охраны общественного порядка (позже снова преобразованном и переименованным в Министерство внутренних дел) было создано следственное подразделение. При этом часть штатной численности следователей прокуратуры была передана в Министерство охраны общественного порядка.
Дальнейшее реформирование следственных органов осуществлялось в постсоветское время, в 1990-2000-е гг. Нынешний Федеральный закон «О Следственном комитете Российской Федерации» установил, что руководство деятельностью вновь созданного следственного органа осуществляет Президент Российской Федерации. В соответствии со статьей 13 Федерального закона «О Следственном комитете Российской Федерации» председатель Следственного комитета Российской Федерации назначается на должность и освобождается от должности Президентом Российской Федерации без одобрения органа законодательной власти, как это было ранее. Председатель Следственного комитета Российской Федерации ежегодно представляет Президенту Российской Федерации доклад о реализации государственной политики в установленной сфере деятельности, состоянии следственной деятельности и проделанной работе по повышению ее эффективности.
Названные нововведения создали благоприятные условия для эффективной борьбы с коррупцией, в том числе в высших органах представительной и исполнительной власти, что ранее представлялось затруднительным в связи с обусловленностью назначения руководителя следственного ведомства по согласованию с названными государственными органами и подотчетностью им.
В настоящее время Следственный комитет Российской Федерации не входит ни в структуру какого-либо органа государственной власти, ни в какую-либо из ветвей государственной власти. По сути, реализуемая им следственная власть является продолжением президентской власти и может рассматриваться как элемент сдержек и противовесов в системе разделения властей.
Несмотря на относительную «молодость», деятельность и дальнейшее развитие вновь созданного следственного ведомства будет строиться на принципах уважения и преемственности глубоких исторических традиций российского следствия, основы которого были заложены еще Петром I, и которые в новых условиях работы будут последовательно развиваться.