Аракчеев, отбывающий уголовное наказание в виде лишения свободы, пытался оспорить в КС РФ статью 8 федерального закона «О государственной судебно-экспертной деятельности в РФ». Эта норма, в частности, позволяет не проводить вскрытие и лабораторное исследование трупа по религиозным убеждениям, а также обосновывать заключение эксперта его личным мнением, что, по мнению заявителя, нарушает право обвиняемого на доказывание своей непричастности к совершению преступления.
КС, изучив представленные Аракчеевым материалы, не нашел оснований для принятия жалобы к рассмотрению, определив, что оспариваемая статья закона «закрепляет требование объективности, всесторонности и полноты исследований в качестве общего принципа государственной судебно-экспертной деятельности и сама по себе не может рассматриваться как нарушающая права заявителя».
Дело офицеров Аракчеева и другого фигуранта Евгения Худякова рассматривалось в суде трижды. Дважды их оправдывали присяжные заседатели, однако Военная коллегия Верховного суда отменяла вердикты и направляла дело на новое рассмотрение. В декабре 2007 года профессиональные судьи признали военных виновными в похищении и незаконном удержании человека, а также убийстве трех сотрудников строительной компании, и приговорил их к 15 и 17 годам лишения свободы соответственно. Не явившийся на вынесение приговора Худяков по сей день находится в розыске. Аракчеев отбывает наказание в одной из колоний строгого режима. 25 января этого года военная прокуратура отказала Аракчееву в пересмотре дела.