Появление подобного издания было большим достижением Русской Православной Церкви в советское время. Разрешение на выпуск сборника было получено у советской власти под предлогом развивавшихся международных контактов Церкви, которая должна была обладать своим периодическим изданием. Первые попытки возрождения журналов Московской и Ленинградской духовных академий относились к 1945 и 1953 годам. Однако по причине нехватки сил у академий в 1953 году было принято решение организовать совместное более или менее регулярное издание. Таким изданием и стал сборник «Богословские труды», подготовка которого началась в 1957 году.
Долгие годы сборник (помимо «Журнала Московской Патриархии», где издавались небольшие статьи, обычно популярного характера) был единственным изданием, публиковавшим серьезные работы по основным научно-богословским дисциплинам. Отсюда тематическое разнообразие материалов, представленных на страницах «Богословских трудов»: труды по вопросам догматического богословия и патристики, церковной истории, литургики, канонического права, библеистики, агиографии и другим церковно-историческим дисциплинам. Значительное место занимала публикация архивных материалов. Сразу после выхода «Богословские труды» становились библиографической редкостью. В советское время сборник имел не только научное, но и громадное просветительское значение.
В 1990-х годах в связи с реорганизацией Издательского отдела Московской Патриархии, а также после появления у церковных академий и институтов своих собственных изданий журнал начал испытывать определенные трудности, что сказалось на снижении качества и разнообразия публикуемых в сборнике материалов: в основном преобладали исследования по истории Русской Церкви.
На заседании Священного Синода 26 декабря 2001 года председателем редколлегии сборника был назначен митрополит Минский и Слуцкий Филарет, председатель Синодальной богословской комиссии, что ознаменовало новый этап в развитии сборника. С 38-го выпуска, вышедшего в 2003 году, начался постоянный рост качества публикаций, что неоднократно отмечалось в рецензиях.
В настоящее время основная задача журнала по-прежнему состоит в консолидации лучших сил как церковных, так и светских ученых, в предоставлении им возможности печатать работы фундаментального характера, не будучи стесненными рамками обычных журнальных статей, и, что самое важное, — в поднятии уровня научных исследований.
«Богословские труды» призваны не только отразить научный и богословский потенциал, имеющийся в Русской Церкви и стимулировать рост церковной науки, но и дать возможность светским ученым публиковать результаты своих исследований. Ведь до сих пор из-за идеологических запретов прошлого многие светские академические издания остаются закрытыми для целого ряда областей гуманитарного научного знания, связанного с христианской тематикой.
При этом сборник не отказывается от своей традиционной просветительской роли в России и продолжает публиковать исследования исключительно на русском языке или в русском переводе.
Следует отметить также создание в 2010 году сайта btrudy.ru, на котором постепенно размещается архив журнала в электронном формате.